1994年实现分税制改革后，为解决地区收支均衡问题，国家开始实现转移支付制度。1995年，随着中央财政收入占全国财政收入比重的提高，中央财政宏观调控能力的增强，我们在立足我国国情的基础上，借鉴成熟市场经济国家经验，开始建立了一般性转移支付制度。
这一制度的建立，改变了一对一谈判、讨价还价的理财方式，树立了规范、公正、透明的理财观念，增强了财力薄弱地区基层财政的保障能力，加快了公共服务均等化进程，推动了社会主义和谐社会建设，促进了经济社会的持续协调发展。
2009年，地方政府转移支付占地方政府总的支出额是47%，即地方政府每支出100块钱里，有47块钱是中央政府转移支付的。
转移支付分两种，一般性转移支付和专项转移支付。一般性转移支付往往是比较透明，是根据公式计算的，比如义务教育、公共卫生等方面的资金缺口，中央政府可以根据人头标准算出。专项转移支付是与许多中央部门掌握的专项资金相联系的，其使用不透明，容易受到各地政府和企业的“跑部钱进”的影响。
随着中国经济的发展，在财政转移支付过程中出现的各种问题已经引起社会的高度关注，尤其是巨额资金在各级政府间转移其安全问题、效率问题、透明度问题更加突出。
中国社科院副院长李扬认为，转移支付需要建立一套完整的制度化的程序，而现在大部分基于项目的转移支付存在很大的弊端，加重了“跑部钱进”的现象。一定程度上增加了财税部门犯错误的可能性。
全国人大预算工作委员会预决算审查室主任夏光透露，中央的财政收入已占到全国财政收入的52.4%的水平，但中央本级的财政支出不到20%，大量的资金通过体制收上来，再转移到地方去。这么多的资金，在各级政府间转移，它是很不安全、很不经济、很不效率的。
如何完善转移支付制度，使之更加合理、安全和透明成为关键。夏光认为，有三个问题需要重视。
第一，财政转移支付的功能定位一定要有法律的规定。在西方发达国家，不管是宪法还是其他的法律中，对在什么条件下进行财政转移支付，在什么条件下进行一般性转移支付，什么条件下进行专项转移支付都有很明确的规范。如果没有清晰的法律规定，它就像一个筐，什么东西都往里装。这是很不规范的。
第二，一定要建立优化的结构。现在专项转移支付占到整个转移支付的比重的50%多，大部分的钱是通过立项，通过审批的模式进行转移，这样在管理上存在很多问题。从规范的转移支付制度考虑，应该确立一个合理的财政转移支付的规模。
第三，2010年中央的财政转移支付已经达到了3万多亿，它还会持续增长。所以对财政转移支付制度的分配、管理和使用，它应该逐步走向公开和透明，这也就是我们人大、媒体非常关注的一个问题，分配上一定要公开、透明，让大家能够看得到，能够实施监督。
夏光认为，不光是转移支付问题需要建立一套更加完善的制度，在研究财政支出方面，有三个问题特别应该引起高度重视。
首先，在调整支出结构前应该划清中央和地方、政府和市场的责任。“现在政府的财政支出大幅增长，达到7万多亿。我们的债务也在大幅度增长。在这种情况下，我们的政府能否保障这样的支出水平？到底能达到何种程度，这要划一个很大的问号。”夏光说。
其次，要建立一个基本的财政支出的制度。夏光表示，多年来，我国的财政支出大幅度增长，民生支出也大幅度增长。但总体来讲，很多最基本的支出制度还没有完全建立起来。今天出一个政策、明天出一个方案，随意性太强，这样给我国支出的稳定增长和长效机制的建立造成很大困难。在中国目前这样一个经济发展阶段和财政收入规模的情况下，应该形成一个最基本的财政支出制度作为先决条件。
第三，建立财政支出的绩效评价制度。夏光认为，现在政府正在积极探索这样一种支出绩效评价体系，最重要的是要提供一个财务报告的制度，就是政府的资产和负债的状况是怎样的，每一笔钱花的是否有效，支出一定要讲求效率。
分税制改革应深入下去、进行到底