4月5日下午，东航给媒体发了一封致歉信——对于3月31日航班返航事件给旅客带来的诸多不便表示诚挚的歉意。同时，东航仍表示，返航缘由是“天气原因”。

    民航局派出的工作组已于昨天抵达昆明，开始调查“返航”事件。中国民用航空局与东航都曾表示，一旦出现飞行员有悖职业道德的行为，将责成有关方面视情况依法依纪对当事人作出严肃处理。
    其实在展开调查之前，媒体和舆论将“返航”事件的事实和细节几近披露清楚，就如同“周老虎”照片一样，不过是在等待一个官方的调查结果。从民航局和东航的调查方向看，飞行员成了主要调查对象。但是，调查不能仅仅止于飞行员。这次“返航”事件实质上是目前航空公司内部管理问题的一次集中爆发，不解决这些问题，事态虽可平息，但隐患犹在。
    首先是飞行安全漏洞不缩反张。按照民航飞行安全管理条例，只要飞行员出现情绪波动，航空公司就应要求其停飞。这次事件如有人为因素，那么飞行员无疑已经出现了较为严重的情绪波动，允许他们上机飞行已经是管理部门的失职。更为遗憾的是，5日有媒体报道，事后东航发放了拖欠的住房补贴等各项经费，参与“返航”事件的飞行员已经开始执行飞行任务。在民航局“最高可至终身停飞”的处理尚未落地之前，飞行员的情绪很难说已经稳定，为平息事件进一步加大飞行隐患，有关部门仿佛就在开安全的玩笑。
    其次，飞行员与航空公司的利益纠缠愈发突出。近年来，飞行员强行辞职被索赔天价培训费几乎年年发生，到这次“返航”事件，飞行员与航空公司的利益纠葛显然在以不断升级的显性形式表现。这其中固然有飞行人才短缺的因素，但不同航空公司间的恶性竞争难逃其责，航空公司内部的利益沟通受阻也在推波助澜。这种隐患不在根本上清除，只能积累更深层的矛盾并且可能以更危险的方式爆发。
    再次，民航的行政管理与市场运行相隔膜。从天价索赔到发放拖欠费用简单行事，再到此次坚持掩耳盗铃式的“天气原因”，民航公司沿袭着行政权力的强权魅影，一方面没有调整市场、规范市场的积极姿态；另一方面更无视市场的信息公开和信息对称。以行政手段简单处理市场问题和内部问题，无疑将使矛盾、隐患愈积愈深。
    在一项相关调查中，71.4%的人表示“闹事飞行员飞的所有航班均不考虑乘坐”。实质上，“返航”事件已经严重关涉到民航信用问题，并非或许处理几名飞行员就能根本扭转的。有中国“航空案第一律师”之誉的航空法专业委员会主任张起淮认为“东航云南分公司的领导应该引咎辞职”，也表明“返航”事件调查不能止于飞行员，还必须在管理层面查找原因。