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贯穿清代历史的改革，大致可以分为五个历史阶段。
第一阶段，是始于顺治朝、完成于康熙朝的一系列触及根本的政治变革，即通过科举扩大执政基础、通过祭孔宣示普世价值、通过祭朱承接中原道统。
这场改革，对于清政权来说，是一次深刻的定位转型，是从“造反者”转型为“执政者”的关键改革；也是大清凭借枪杆子里出政权之外，能够迅速夺取并巩固全国胜利的三大法宝。
清代第二阶段的改革，主要发生于第三代领导核心雍正的治下。
开国百年后的这一轮改革，焦点不再如第一阶段那般涉及政权合法性的建设，而是集中在完善和改良政治体制和经济体制的“技术”层面上。在政治体制改革方面有重大的举措：一是改革了接班人制度，将延续千年的嫡长子公开立储制度，改成了秘密建储制；二是建立了军机处，并在实际上取代了内阁，成为最高行政机构。同时，“摊丁入亩”和“耗羡归公”这两项改革，是典型的政改影响到经济和民生，推动了经济和民生的重大变革，影响极其深远。但是，这两项改革更像是应急式的维稳措施。通过在原则上的退让和技巧上的更新，起到了短时强心针的作用，却为今后埋下了巨大的隐患，掉入了“黄宗羲定律”的泥潭之中。
发生在雍正朝的第二阶段改革，面广点多，雍正也因此成为中国历史上少见的改革皇帝。他的这些改革措施，在随后的乾隆朝得到了巩固和深化，成为国家制度。乾隆时的中国，成为世界上头号强国和富国，依托的正是此前100多年来乃祖、乃父在政、经两方面改革红利的积累。
但是，乾隆朝本身的变革，乏善可陈，反倒进入了铺张浪费的拜金时代。到嘉庆、道光时期，因循守旧吃老本成为主流，改革几乎从中国官方舞台上彻底退场。从嘉庆彻底掌握中枢权力（1800年）开始，到鸦片战争爆发，仅仅相距40年，到太平天国运动爆发，仅仅50年，其间不仅毫无改革，而且贪腐横行，将前几次的改革红利迅速耗尽，最后迎来了内忧外患的中国近代史，中国的国运也因此与世界发展方向呈现了完全相反的走势。
在改革停滞的同时，“制度腐败化”与“腐败制度化”却因为缺乏改革的冲刷和荡涤而越演越烈。最为典型的，是在国力最为辉煌的1770年，“腐败化的制度”催生了行贿基金这种“制度化的腐败”工具，如此制度“创新”，加速了整个体制乃至整个社会的腐败和沉沦，而在这整体腐败与沉沦中，原本可以发挥自我矫正功能的改革，却缺位了。
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在太平天国的风暴中，清代开始了第三阶段的改革。
当狂飙席卷大半个中国之时，无论在军事还是财政上都已经捉襟见肘的帝国中央，剩下的唯一资源就是权力了。这个资源被迅速地投入使用，官员和缙绅受到鼓励，自行招募并训练军队——这在中国历史上，以中央政府的名义鼓励和支持地方练兵，是极为罕见的。
以曾国藩、左宗棠和李鸿章为代表的一批“军政两用人才”，迅速崛起。
在相当长的一段时间内，中央虽然下放了军权，却坚持将财权抓在手上，通过饷银来调控和制衡曾国藩等坐拥雄兵的将领。其具体的体现，就是坚决不任命曾国藩等人兼任地方行政职务，将“军”“政”严格分开。军队的粮饷供应，必须仰赖行政体系的支持。
这一对枪杆子设防的政策，在局势复杂的战区，实际上难以执行，造成前线将领十分被动，曾国藩曾感慨说“无土无财，无位无民”，“武不能补千把外委之实，文不能辖府厅州县之官”，筹粮筹饷处处受到地方掣肘，甚至在一怒之下，干脆借奔丧为名，撂了挑子在老家静观局势。直到局势日益糜烂，中央不得不同意赋予其地方实权，他才出来工作。
咸丰皇帝死后，恭亲王和两宫太后发动“祺祥政变”，打倒了肃顺为首的顾命大臣“八人帮”。
令曾国藩大感意外的是，政变后18天，新的中央就发布上谕，命令曾国藩出任两江总督，统辖江苏、安徽、江西三省，并掌管浙江全省军务，还命令杭州将军瑞昌帮办。以一个汉人总督而节制四省，并且明确驻防将军只能做副手，这一放权力度之大，创下大清国历史记录。
美国著名汉学家费正清（John King
Fairbanks）认为，曾国藩被授予两江总督，“这是内战的一个转折点，就许多方面说也是中国近代史上的一个转折点。正是满族君主政体与汉族上层分子中的领袖人物融为一体的这个强大的保守联盟，才使王朝得以苟延到20世纪，并对整个共和时期中国政治生活的机制发生了深远的影响。”不久，刘长佑、左宗棠、李鸿章等，也纷纷出任封疆大吏。
这一改革当然是被动的，但其红利比较丰厚。这是八旗入关推行“科举”之后，最大规模的一次“扩大执政基础”的实践，也标志着清政权执政集团身上的“全民党”色彩更为浓郁，标志着在“异端邪教”的挑战下，道统再度超越了种族，成为凝聚体制内精英的最重要黏合剂。湘军、淮军、楚勇等，与其说是“勤王”之师，不如说是“卫道”之师，这个政权的合法性，通过道统而得到了加强。
但是，这一被动改革的成本也极大，那就是中央权威的日益丧失。
在战争中下放的军权，战后却难以回收。虽然曾国藩兄弟主动解甲交权，但依然需要其他人如左宗棠、李鸿章等以同样的方式带兵——军队成为将领的子弟兵，而将领则成为中国近代军阀的发端。
对政局有着更大影响的，是战时财权的下放，在战后也难以回收。传统的“奏销”制度实际上名存实亡，更为致命的，为了确保财政收入，中央退而求其次，以行政命令的方式，规定了“京饷”定额，硬性摊派给地方。这种“改革”措施，看似强悍，实际上色厉内荏，等于变相承认：地方只要足额缴纳“京饷”，就可以自由支配其余的财政收入，而且，中央根本就不问“京饷”的饷源税种，只要真金白银。
可以说，在此前几轮改革给清帝国带来巨大红利之后，因征剿太平天国而推行了以全面放权为特色的改革，虽在短期内挽救了帝国，代价却是高昂的。帝国在50年后的毁灭，很大程度就是种因于此。从这个角度来看，这样的改革，或者说“被改革”，可以说是饮鸩止渴。