深化科技体制改革，建设国家创新体系，关系我国科技的健康发展，关系建设创新型国家的全局。在此间举行的两院院士大会上，如何建立健全科学合理、富有活力、更有效率的科技体制机制，受到高度关注。
　　院士们表示，面对创新驱动发展的紧迫需求和国际科技竞争的压力，要切实解决原始创新能力不足、关键核心技术受制于人等创新能力问题，首先必须切实解决科技体制不适应科技生产力发展要求等深层次的体制机制问题。
　　“好的机制会促进发展，否则就会浪费人力财力。广大院士对国家科技体制应当提出自己的建议。”褚君浩院士说。
　　“我们的科研需要注入新的活力，其中最重要的是体制上的改革，现在包括导向问题，包括人才培养，仍存在不少问题。”包信和院士说。
　　推动科技与经济紧密集合、建立企业为主体的技术创新体系、深化科研经费管理改革、完善科技评价奖励制度……就科技体制改革中的一些难题和关键点，院士们分析原因、提出建议。
　　科技和经济“两张皮”一直是“老大难”问题。“科技发展除了引领社会的进步以外，服务经济发展也是非常重要的。”来自浙江的杨卫院士举例说，比如浙江现在到了产业转型升级的关键点，以前的优势不再明显，想树立新的优势，就必须要在核心技术等方面有比较大的创新。
　　如何推动科技与经济紧密结合？夏建白院士认为，实现创新驱动发展，既要从经济社会发展中找准科技创新主攻方向，又要把科技成果迅速转化为现实生产力，要从根本上扭转重点产业关键核心技术严重依赖国外的局面。
　　“科研工作者要更加自觉地把自己的科研工作与经济社会发展有机联系起来。”中科院院长白春礼院士表示，在科研课题的选题和方向上，要更加关注我国经济发展的实际需求，从实际需求中提炼科技问题；在科研过程中，要大力加强协同创新，带动和帮助企业提升自主创新能力。
　　科技资源配置过度行政化与分散重复并存过去一直制约着我国创新能力提升，夏建白院士对此十分关注。“这几年国家对科研上的投入增加很快，可为什么转变不大，我觉得是科研体制的问题。”他说，“比如说关于核心电子器件的问题，国家设立了专项，投入很大，但一分下去，谁也完成不了这个事情。我们必须集中力量、集中兵力打歼灭战。”
　　当前，我国科研评价机制不够合理。院士们表示，为了使科技人员潜心研究和创新，必须破除束缚人才成长的体制机制障碍。
　　“近年来，我们论文专利数量、科技成果数量以相当快的速度增长，但和国外比，真正的创新确实有很大的差别。”中国工程院副院长干勇认为，其中的原因之一就是体制机制方面没有创造一种创新的环境。
　　他表示，这些年科研人员为了完成任务，为了发表论文，出现一种急功近利、浮躁的风气，没有精力和时间在创新上下工夫，这在科技界相当严重，尤其对年轻科技人员影响很大。
　　“ＳＣＩ导向一定要取消，它的危害太大了，一方面把很多高质量的论文都引到外国去了，导致我国很多优秀的杂志发展不起来，另外还助长了一些人崇洋媚外的思想。”葛昌纯院士强调，对此必须在制度上作出一些规定。
　　建立以企业为主体的技术创新体系，是增强我国自主创新能力的关键所在。石碧院士认为，我国企业缺乏高层次的人才，而国外高级人才却都聚集在企业里面，这是中国企业没有成为真正的创新主体的主要原因。
　　“现在我们国家成立了很多企业研发中心，但往往缺乏高层次的人才，缺乏创新思维，这是一个问题。要鼓励高层次人才大量到企业，企业才能真正成为创新的主体。”石碧院士说。
　　周绪红院士同样谈到了人才问题。来自高校的他表示，人才培养体制改革十分重要和紧迫，要以推动科研和教学有机结合来推动人才培养机制改革，建立三位一体的人才培养模式。
　　葛昌纯院士则认为，引进一些有真才实学的高水平人才非常必要，但同时要重视本土人才的培养和使用，缩小待遇差别。