在新一轮政府机构改革中，医保基金管理权归属迷雾重重。据估算，截至2012年末，人社部管理的医保资金规模近1.2万亿元，卫计委管理的新农合资金接近3000亿元，两者相差悬殊。一时间，人社部接管新农合被认为铁板钉钉。但卫计委方面并不甘心。多位重量级人物或上书高层或是直接表态，鼓吹由卫计委系统“一手托两家”（即既管医疗机构又管医保基金），总计1.5万亿元的医保资金管理权归属仍待确定。
　　医保基金是公众的治病钱和救命钱，建立收支明晰、管理完善的医保基金，需要有一个专业而独立的监管机构。现如今，城乡医保基金却分属两个部门管理，多一套行政系统就会多一套行政开支，这不仅是毫无必要的机构职能重叠，更是无谓增加成本的严重资源浪费。“整合城乡基本医疗保险管理职能”因此势在必行。现在的问题是，谁整合谁？因为涉及部门既得利益，于是在公众看来非常简单的事情，也变得异常复杂起来。
　　按照财务制度设计常识，如果负责管钱的和负责用钱的是同一家，发生财务风险的概率必然大大增加。因此，卫计委提出的“一手托两家”，既管医疗机构又管医保基金，其实是有矛盾的。谁都知道，卫生部门监管公立医院，基本上是老子与儿子的关系；如果再由卫生部门负责与公立医院“谈判”医保基金支付，怎么可能做到客观公正？现在的新农合基金所遭遇 的“一堆乱账，没法清理”批评，根源正在于卫生部门的“一手托两家”。
　　医保是保险型的制度安排，不是公款福利性制度安排，卫生部门和公立医院的利益链条不切断，很难赢得公众信任。与之相比，人社部门主管医保基金，显得要相对独立一些。但是同吃财政饭，真正能独立到哪里去亦很难说，否则医院虚挂病床套取基金也不会那么泛滥。说白了，人社部门管理的城镇医保也没能展现出“看得见”的高效公正。比如设立医保定点，主要考虑的是医保机构的管理方便，而不是医保患者的就医方便和医疗机构的竞争公平。
　　医保机构代表患者的利益，去与医疗机构讨价还价，以比弱势患者更强的话语权，限制医院的大处方大检查，遏制药物价格和检查价格的虚高——这是我们所期待的画面，也是真正独立的医保机构，所理应具有的负责任的专业素养。可惜，无论是人社系统还是卫计委系统，它们所分管的医保基金都没能展现出这种秉性。因此，我们不得不担忧：部门争抢管理医保基金背后，除了部门利益的直接角逐之外，可曾还有以患者利益为本？
　　社科院专家朱恒鹏指出，两大系统其实都管不好，因为这是一个公立医院垄断的格局。医保付费方式要发挥作用就要有选择权，你干不好我明年不用你，而现在的公立医院，什么样的付费方式都管不住它。是的，管办不分、医疗体制不理顺，所有医保付费方式都不能发挥有效作用。人社系统也好，卫计委系统也罢，争管医保基金不能只冲着部门利益，更应该努力实现患者利益的最大化，努力解决一些根本性的问题。