我国2001年设立的“股权代办转让系统”被称做“老三板”。2006年1月，中关村科技园区非上市股份公司开始进入代办转让系统进行股份报价转让试点，因挂牌企业均为高科技企业，不同于原转让系统内的退市企业，故被称为“新三板”。我国设立“新三板”主旨是，让暂时不符合主板及创业板上市标准的创新型公司通过“新三板”挂牌，可以由原股东和愿意购买公司股票的投资者直接交易，实现最快速的股权流通和融资，推进中小企业的发展壮大和科技进步。由于种种原因，新三板市场目前面临着挂牌区域单一、挂牌企业数量少、缺乏流动性、转板制度不健全等主要问题。新三板市场的发展亟待制定出台一系列合理的扶持政策。
首先，挂牌区域单一，挂牌企业数量少，融资效应低。新三板市场尚处于试点阶段，唯北京中关村园区具备条件的企业方有资格进入挂牌。试点6年来，挂牌企业家数不足120家，每年平均增加20家。由于挂牌公司数量少，加之股本规模小，企业定向增资金额仅有20亿元，且企业单次融资规模大都在数百万元或2000-3000万元。
其次，市场低迷，成交稀少，流动性差。缺乏流动性是“新三板”最大的缺陷，由于场外市场挂牌公司没有经过公开发行，股本集中度甚高，交易涉及的资金量非常有限，加之参与对象受限、原始股东惜售等原因，市场低迷，成交稀少，缺乏流动性，市场功能难以发挥。据统计，2011年1月1日至今，成交金额仅有7.32亿元，平均换手率3.4%，而同时期场内市场换手率超过230%。从最新数据来看，2012年3月31日，三板仅有14家企业有卖家买家报价，仅有1家成交。市场交投冷清，导致直接融资功能大打折扣。没有交易，不能给企业融资，场外市场功能难以发挥。
再次，个人投资者禁入，股份转让受人数限制。新三板市场推出后，对参与投资对象的身份及数量上的限制十分严格。我国《公司法》、《证券法》均对未上市股份公司的股东人数设200人上限。《证券法》第十条规定向特定对象发行证券累计超过200人的，即达到公开发行的标准，要经过证监会核准。根据《中关村科技园区非上市股份有限公司报价转让试点办法（暂行）》规定，自然人投资者除原始股东和因增资、激励、继承成为股东外，其余自然人全被拒之于新三板市场之外。新三板企业转让如果达到这个极限，便会暂停报价。
第四，公司缺乏挂牌动力，券商利润空间有限。由于新三板挂牌企业仅限于中关村园区企业，区外企业无缘。企业要挂牌，规范的税收成本也很高。同时，新三板公司规模都比较小，对各级政府及国家高新技术园区的补贴有较大依赖，如无政府鼓励，小企业很难有动力“贴”钱挂牌。对于券商来说，在三板挂牌交易挣到的费用只有几十万元，相对于大投行而言，许多券商此项业务入不敷出。
要大力发展新三板，亟待完善新三板发展的相关制度，制定并出台一系列合理的扶持政策。
首先，挂牌公司打破地域限制，范围应扩展至全国。新三板市场目前仅服务于中关村科技园区内注册的高新技术企业。中关村科技园区非上市股份有限公司报价转让试点自2006年1月启动，至今已整整6年，其探索、试点的使命业已完成。过于局限的试点范围对新三板以及我国场外交易市场的发展极为不利。因此，亟需国家出台“新三板扩容政策”，即新三板市场挂牌公司在原有中关村科技园区试点的基础上，将范围扩大到全国所有符合条件的股份公司。对于参与的企业制定统一的标准和条件，公平竞争，择优挂牌。把新三板市场建设成全国性、统一标准、高效的资本场外交易市场 。
其次，推出做市商制度，合理估值定价，提高流动性。做市商制度不同于竞价交易方式，一般为柜台交易市场所采用，以纳斯达克市场最为著名和完善。做市商最主要的功能是对挂牌公司定价估值，提供流动性。新三板市场为创新企业服务，创新企业未来业绩波动剧烈，上市公司披露的信息很难准确反映其未来，一般投资者没有能力自行直接分析创新公司，只有依靠做市商。在企业挂牌前，应允许做市商持有挂牌公司一定比例（5%-15%）的股份，以保证双向报价和合理的流动性交易。
再次，建立投资者适当性管理制度，放开个人投资者。适当性管理是实施合格投资者制度的基本要求，原因在于新三板市场在制度建设、监管强度力度以及信息披露方面都无法比拟A股市场 。显而易见，投资新三板存在着太多的不确定性与风险，保护投资者的利益成为监管部门首先必须面对的问题。自新三板市场启动以来，普通个人投资者能否参与其中一直是市场争论的焦点。境外成熟的市场，都是对公司股东人数设下限。纳斯达克小型资本市场的持续上市标准中，要求股东人数不得少于300人；我国台湾的上柜股票要求持有股份1000-50000股的记名股东人数也不能少于300人。新三板不允许普通个人投资者参与，限制了市场的流动性，具有一定风险承受能力和一定投资经验的个人投资者，完全可以进入新三板市场 。在投资者资质上，符合新三板市场投资者适当性管理的个人投资者，可进入新三板市场参与报价转让交易。
第四，发行监管回归证监会，适当突破200人限制。根据《中关村科技园区非上市股份有限公司报价转让试点办法（暂行）》规定，新三板挂牌企业的性质属于非上市公众公司，因此在股份转让过程中，股东人数始终不能突破200人，这也是被市场诟病新三板交易不活跃的主要原因。根据《证券法》规定，经过证券监管机关的核准，企业才能公开发行股份。因此，建议新三板市场的发行（备案）扩容权和监管权收归中国证监会，股权托管至中国证券登记结算中心，而企业在证监会备案后即可公开发行。突破200人限制，将直接有利于新三板市场的活跃和发展，有利于转板机制的建立和完善。
第五，建立转板机制，把新三板建成孵化器和蓄水池。“转板制度”是企业在不同层次的证券市场间流动的制度，是资本市场体系中各个层次资本市场之间的桥梁，是资本市场中不可或缺的重要环节。目前我国并不存在真正的转板制度，三板挂牌企业和非三板企业，都需要通过首次公开发行的程序才能在场内资本市场的相关板块上市。新三板企业仍只能通过IPO的方式首次公开发行并在场内市场上市，且其IPO的条件与其他企业无异。因此，建立规范、灵活的转板机制符合场外市场的特性。在新三板挂牌的公司，一旦达到在主板市场或创业板市场上市的条件，可直接申请转板，不再需要通过发审委IPO的审核程序。这样将大大缩短三板公司在主板上市的步伐，而且将极大地增强三板市场对于高科技中小企业的吸引力。之前曾出现所谓“转板成功”的案例，均是通过增量发行的方式进行的，这和一般公司提出首发申请并没有太大区别，转板通道只是名义上存在而已。我们建议，在转板机制中应推行存量发行，即不发行新股，也不进行融资，而是将原来在新三板上运行的股本“平移”到创业板或者中小企业板块上，此办法将有效防止转板公司股票在二级市场上高溢价圈钱冲击证券市场 。