加入WTO标志着我国对外开放进入了一个新阶段。在此背景下，保障国家粮食安全面临着诸多新的挑战，压力进一步增大。
⒈国内外粮价差距大，国内生产面临国际竞争压力
在市场经济条件下，相对价格是决定套利交易和国际贸易的一个关键因素。小麦和玉米的国内价格在入世后的大多数年份高于国际价格。2009年小麦和玉米国内价格折合为每吨235美元和269美元。同期，国际市场价格分别为每吨194美元和146美元，国内价格分别高出国际价格41美元和123美元。我国稻谷价格2009年5月低于国际市场价格228美元，到2010年5月价差缩小为78美元，价格优势在明显缩小。
人民币升值将使进口的农产品价格降低，从而我国小麦和玉米的竞争劣势将进一步扩大，稻谷的竞争优势将缩小甚至消失。不仅如此，国际农产品的竞争优势还表现在品质上，其标准化生产和无公害、有机农产品的优势是不可忽视的。
世界主要粮食出口国一直希望进入中国市场，而我国主要粮食品种一旦出现大量进口的局面，将面临着粮食生产和流通被操纵的极大可能。大豆就是一个典型的例子，国际粮商通过控制生产或流通环节，不仅打击了我国豆农和油脂加工企业，获取高额利润，而且使我国大豆和豆油价格剧烈波动。
⒉农业生产的比较劣势对粮食安全构成威胁
从劳动生产率的角度看，目前我国农业和非农产业与发达国家相比都存在着一定的差距。同时，农业劳动生产率的差距相对于非农产业而言更为明显。因此，在我国经济发展中就客观地存在着出口工业品、进口农产品的内在动力。这种农业生产的比较劣势对维护我国的粮食安全是不利的。
以日本为例。相对于美国来说，日本工业品生产具有比较优势，而农产品生产具有比较劣势。基于此，日本更倾向于生产和出口工业品，进口农产品。这导致了日本的耕地面积大幅减少，由上世纪50年代中期的608万公顷，降到2006年的467万公顷。不仅如此，耕地的复种指数明显降低，在土地短缺的情况下依然出现弃耕抛荒现象。这是导致日本目前的粮食自给率不足30%，粮食安全问题凸显的重要原因。
我国农业生产与日本属于同一类型，而且相对于日美间的劳动生产率差距，我国农产品生产的比较劣势更为突出。这就意味着，我国经济发展容易形成“重工轻农”的倾向，因而尽管确保了18亿亩耕地红线，但在农业比较劣势的压力下难以从根本上遏制弃耕抛荒现象。
⒊难以依靠国际粮食市场解决粮食安全问题
从上面的分析可以看出，一方面，国际势力有着进入并控制我国粮食生产和流通的冲动；另一方面，在农业比较劣势的作用下，地方政府有着“重工轻农”的倾向。由此，通过粮食的国际贸易满足国内粮食需求似乎就顺理成章了。但从更深的层面来看，这其实难以实现。
其一，世界每年的粮食贸易总量不足以满足我国的粮食需求。近年来的全球年粮食贸易量仅相当于我国粮食需求量的50%左右。不仅如此，世界主要粮食品种的出口集中在以美国为首的少数几个国家。无论从粮食安全还是经济安全的角度考虑，依靠进口来满足国内粮食需求都是不现实的。
其二，国际粮食价格在大起大落中维持高位运行。随着经济全球化的深入发展，影响国际粮食价格的因素日益复杂。近年特别是国际金融危机以来，以美国为代表的主要粮食出口国加快了生物能源技术的研发和产业化。生物燃料的兴起为粮食开辟了新的用途，从而扩大了粮食需求，改变了以往由传统的粮食需求与供给共同决定国际粮食价格的格局。当国际粮食价格下跌时，粮食出口国依托于生物燃料生产对粮食的新需求而减少出口，从而抑制了国际粮价的下跌。由于粮食的这一新用途，粮食出口国在维持粮食价格方面越来越处于主动地位。
一旦依靠进口来满足国内粮食需求，以我国的需求规模来看，必将拉高国际粮食价格。这一方面不利于自身，必然导致国内粮价普遍大幅上涨，引发通货膨胀，影响社会和谐稳定；另一方面也损害了依靠粮食进口的其他发展中国家利益。
⒋国际规则赋予我国扶持农业发展的空间狭小
对于中国这样的大国而言，不可能依靠粮食国际贸易来保证自身的粮食安全，而必须坚持立足国内实现粮食基本自给的方针。因此，对农业予以有效的保护和扶持十分必要。然而，从国际规则来看，其赋予我国扶持农业发展的空间将十分有限。
按照世贸组织规则，我国须取消“红箱政策”，即价格补贴和进出口补贴。目前可运用的“黄箱政策”又有着严格的上限，用综合支持总量来衡量，对特定农产品的支持总量不能超过该产品相关年份生产总值的8.5%，对所有农产品的支持总量不能超过相关年份农业生产总值的8.5%，我国目前的“黄箱补贴”已近饱和。
