政府的重要职责。公共卫生服务是公共产品，难以通过市场途径提供，需要政府无偿提供。基本医疗服务应该是安全、廉价、方便、可及的，是群众能够承受得起的，因而要求政府举办的医疗卫生机构不能以市场化为导向，不能以营利为目的，不能追求利润最大化。
调控医疗服务市场、维护人民群众利益的客观需要。医疗服务是特殊商品，市场难以有效调节。政府举办的基层医疗卫生机构在基层医疗卫生服务体系中起主导作用，能够保障基本医疗服务的供给，起着平抑和稳定药品价格、诊疗服务价格的重要作用。
维护社会公平正义的必然要求。医疗卫生资源是有限的，如果仅仅通过市场提供医疗服务，就有可能使一部分低收入群众难以公平享有基本医疗服务，影响社会公平正义，影响社会和谐稳定。
基层医疗卫生机构公益性管理体制和新的运行机制全面建立。落实公共医疗卫生的公益性质，必须建立政府主导、体现公益性的基层医疗卫生机构管理体制。要坚持公平与效率的统一，既要彻底破除以药补医机制，又要避免回到计划经济时代的“大锅饭”机制。基层医疗卫生机构的保障与经济社会发展水平要相协调。因此，要全面建立一个坚持公益性、调动积极性、保障可持续的充满活力的基层医药卫生体制机制。
人民群众基本公共卫生和基本医疗服务需求得到满足，并从降低药品价格和改善服务中得到明显实惠。要把满足人民群众基本医疗卫生服务需求、让人民群众得到明显实惠作为改革的首要目标。要构建健全的服务体系，让群众看得上病；提高新农合报销比例，降低虚高的药品价格，让群众看得起病；改善医疗服务，让群众看得好病；强化公共卫生服务，让群众少生病。
基本公共卫生服务和基本医疗服务能力明显增强。基层医疗卫生机构存在着医疗资源短缺、服务能力不强、群众信任度不高等问题。因此，要着力强化基层，把更多的财力、物力投向基层，把更多的人才、技术引向基层，使基本医疗卫生服务的能力明显增强，逐步使基层医疗卫生机构成为群众的首选。
医务人员队伍结构明显优化。基层医疗卫生机构医务人员队伍结构不优，不少人甚至没有从业资格，严重制约医疗卫生事业发展，这是需要通过改革努力加以解决的重大现实问题。要通过改革将低素质的人员分流出去，不断优化队伍结构。改革后，安徽有近两万人分流安置，大多数是无从业资格的人员。同时有一大批优秀医科大学毕业生通过竞聘充实到基层医疗卫生机构。
只有进行综合、系统、全面的改革，才能革除以药补医机制，重新构建新的基层医药卫生体制机制。
取消药品加成是促进基层医疗卫生机构回归公益性的重要环节，但如果仅仅停留在取消药品加成上，还难以建立起新的体制机制。２００９年国家在全国部分基层医疗卫生机构建立基本药物制度，取消药品加成。由于基层医疗卫生机构药品加成率差异很大，取消药品加成进行财政补偿，很难确定合理的补偿标准。同时，仅仅在取消药品加成进行财政补偿上做文章，由于没有切断基层医疗卫生机构、医务人员与药品销售之间的利益关系，没有根除由以药补医机制演变而来的利益驱动机制，公益性很难实现，改革也难以持久。因此，只有系统地推进综合改革，才能打破旧机制，建立新机制。
建立坚持公益性、调动积极性、保障可持续的充满活力的新体制机制，是基层医药卫生体制机制的重大变革，需要统筹推进综合改革才能实现。
以药补医机制在基层医疗卫生机构的运行中起着核心作用。实施基本药物制度，实行药品零差率销售，切断了以药补医机制的链条，建立在其基础之上的原有管理体制、分配、人事、药品、保障等制度失去了存在的依据，必然会引起一场涉及管理体制和运行机制的根本性变革。因此，必须统筹推进基层医疗卫生机构管理体制、人事、分配、药品、保障等制度的综合改革，使基层医疗卫生机构回归公益性定位，而不是营利性的机构；医务人员回归到看病防病的角色，而不是经营企业的商人；药品回归到治病的功能，而不是赚钱的工具。
建立机制是管全局、管根本、管长远的治本之策。推进综合改革，必须建立改善服务、提高效率的长效机制。
推进管理体制改革，建立政府举办的基层医疗卫生机构公益性管理体制。将政府举办的乡镇卫生院、社区卫生服务机构定性为公益性事业单位，主要提供基本公共卫生服务和基本医疗服务。合理核定人员编制，实行总量控制、集中管理、统筹使用。这种核定编制与传统意义的核编完全不同，实施的是定编定岗不定人，只是作为聘用人员和核定收支确定补助的重要依据。鼓励和支持社会力量办医，满足多样化、多层次的需求。
推进人事制度改革，建立竞争上岗、全员聘用、能上能下、能进能出的用人机制。人事制度改革的核心是打破铁饭碗。要坚持公开、平等、竞争、择优的原则，采取招考或民主推荐的方式选聘基层医疗卫生机构的负责人，实行任期目标责任制。期满考核不合格的，重新选聘。合理设置岗位，全员竞聘上岗定期考核，优胜劣汰，能上能下，能进能出。
推进分配制度改革，建立科学公平、体现绩效的考核分配机制。分配制度改革的核心是打破大锅饭。要实行“两考核、两挂钩”，建立以服务数量、质量、效果、居民满意度为核心，公开透明、动态更新的工作任务考核机制。卫生部门组织对基层医疗卫生机构进行绩效考核，考核结果与经费补助挂钩。建立按岗定酬、按工作业绩取酬的内部分配激励机制。基层医疗卫生机构定期组织对职工进行绩效考核，考核结果与职工个人收入挂钩。
推进药品制度改革，实施基本药物制度，取消药品加成。这是一项全新的制度，是让人民群众受益的关键环节。全面实施基本药物制度，基本药物和补充药品由省统一网上集中招标采购、统一定价、统一配送到基层医疗卫生机构，取消药品加成，实行基本药物和补充药品零差率销售。
推进保障制度改革，建立科学合理的补偿机制。政府举办的基层医疗卫生机构基本建设和设备购置等发展支出，由县（市、区）政府统筹安排；人员经费和业务经费等支出通过服务收费，不足部分由政府给予补助；所有收支全部纳入县级国库支付中心管理。
一是人员分流安置。人员分流安置涉及分流人员及其家庭的切身利益，要增强分流安置工作的透明性，充分兼顾各方利益诉求妥善安置分流人员，确保社会稳定。
二是绩效考核。坚持公益性，同时避免回到大锅饭机制，关键是要建立健全有效的激励机制。实施绩效工资制度是建立激励机制的重要内容。绩效工资是绩效考核的结果体现，如果绩效考核不能如实反映实际绩效，拉不开绩效差距，职工的收入水平也难以拉开差距，长期下去，就会回到“大锅饭”机制。因此，要制定科学的绩效考核办法，从制度上保障绩效考核客观公正。
三是药品统一招标采购配送。解决人民群众反映强烈的药价虚高问题，重点要探索统一招标采购配送的有效模式。近期以来，安徽研究了新的招标采购配送办法，由省医药采购服务中心代表全省基层医疗卫生机构作为采购主体，主要面向药品生产企业采购，实行“双信封”招标制度，同时投技术标书和商务标书，并采取量价挂钩的办法。今年８月，安徽按照上述办法进行招标采购，中标的药品价格大幅度下降，效果比较明显。