实行大部制管理，可以大大减少政府部门之间职能的交叉重叠，改“九龙治水”为“一龙管水”，这对提高行政效率，降低行政成本具有重要意义。
目前国务院的组成部门有28个，而日本是12个，美国是15个，英国是17个。与成熟的市场经济国家相比，我国政府部门设置依然较多，削弱了政府的决策职能，也不利于集中统一管理。
尽管大部制这一管理模式在国外有比较成功的经验，但是我们也不可能照搬照套，需要根据我国国情探索推进。推进大部制改革面临三大挑战：
一是对权力的约束与监督问题。实行大部制管理后，一个部门的权力更大了，能不能建立起有效的权力约束机制，按照“决策、执行、监督”的改革思路，重构政府权力结构和政府的运行机制至关重要。
二是党政权力对接问题。大部制改革最终会涉及党政部门权力的对接，必须靠政治体制改革配合推进。近些年来，中纪委与监察部合署办公，成效显著。如何进一步整合党政部门，是下一步“大部制”改革中必须思考的问题。
三是改革的策略和方法选择。应该看到，大部制改革的最大阻力，仍然是多年来被强化了的部门利益。在具体推进的过程中，改革的策略和方法就显得很重要。
中国的大部制改革很难一步到位，而应该是一个循序渐进的过程。首先应该选择那些职能交叉突出、涉及公众、服务对象广泛、外部改革呼声比较大的部门开始，然后逐步扩大，而且一定要把结构调整和功能的定位进行有机结合。在设计机构改革方案时，要借助专家力量，加上民众的讨论，经过充分论证，坚持科学性，立足长远，用智慧和制度规范大部制改革。
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