体制改革三大难题
相比中国铁路在高铁建设领域的突发猛进，近年来在体制改革方面却鲜有大的进展，即使有新的改革政策出台执行时也是困难重重，这也是外界批评铁道部改革滞后的一个主要方向。中投顾问高级研究员黎雪荣对时代周报表示，此番新书记的上任也许会加快铁路体制改革的进程。
在黎雪荣看来，中国铁路改革存在三大难题，首先就是运价改革。中国铁路现行的运价体系还是1995年就开始执行的，现在已经抑制改革进程，是全局改革滞后的一个重要原因。而且，货运和客运的不平衡发展造成了对货运的过度需求，从而容易滋生腐败现象。
而要解决这个问题还是需要铁路部门真正执行政企分开的原则，让下面的铁路局真正成为法人主体，拥有市场自主权，同时还要打破垄断引入竞争局面，铁道部层面将来主要起到行业监管作用，同时也可以有效把铁路的经营性和公益性结合起来。
其次，中国铁路投融资体制近年来虽有小幅改动，但是并没有真正吸引社会上民营、外资等资本进行投资。按照铁道部透露的数据，过去五年来，中国新建的合资铁路公司已经到138家，但是这些合资基本都是铁道部和地方国资的联合，其他民营资本等并不能有效介入。
黎雪荣指出，投融资体制的难题导致了目前铁路建设过于依赖政府，同时在缺乏制度保障的情况下，铁路建设很容易受到影响。政府如果真的想让民间资本进入铁路领域，那就需要在市场准入、税收、财务等各个方面营造一个公平公正的环境。
最后是债务方面，截至2009年年底，铁道部负债已经达到1.3万亿元，按照上述相关财务数据测算，2009年铁道部资产负债率为53%，2010年全年负债率或突破56%。黎雪荣指出，债务风险如果无法消化就可能转移到政府财政上，导致政府负债进一步扩大，所以外界都在担心过于庞大的债务负担会拖累甚至压垮铁道部乃至政府。
短期难有大动作
上海同济大学交通运输学院孙章教授表示，铁道部此前八年，体制改革方面做的最大动作就是撤销分局，现在我们也可以回头来总结分析他主导的改革的利弊，用实践检验一下这个决策的正确性。
据了解，新中国第三任铁道部部长万里在上世纪80年代曾说过：“铁路改革关键就是搞活分局、站段”，而后来刘志军在2005年却是直接把分局、站段撤销了。孙章表示，撤销分局、站段从正面说是扁平化管理，有利提高效率，但是新设的铁路局的灵活性和自主性有多大都是需要研究的。
由于是铁路行业出身，尽管得到了全路职工的热烈欢迎与期待，不过一个明显的事实是，新任铁道部党组书记盛光祖已经62岁，接近省部级干部退休年龄，留给他施展的时间还有多少实际上存有疑问。
李红昌表示，前任领导留给盛光祖的问题有很多也很困难，比如提高铁路职工收入的问题如何解决，在铁路部门整体亏损的局面下，从哪里找钱，由于以前他在济南局时作出业绩让外界充满期待，盛光祖肩上的担子并不轻。
孙章认为，现阶段对于铁路部门来说，首要任务还是稳定军心、保证安全，这些工作对于盛光祖来说正好适合，至于体制改革等方面可以慢慢涉及。黎雪荣也认为，铁路改革困难重重，需要在相当长一段时期内才可能取得重大进展。
据一位沪宁线的列车长向时代周报记者表示，铁路职工常年在外奔波，工资却很低，有很多乘客觉得有些列车乘务员服务态度不好，确实有收入方面的原因，坐车的很多农民工其实收入都比铁路职工高多了。很多列车员工资其实也就是1000多。“在南京站，铁路上的老职工，45岁以上的也就2000出头。”
但是这位列车长也承认，近年来的铁路改革还是有所前进，“几项改革的主要内容是撤销了所有的60个铁路分局
，将工程、工厂等改出去了，让他们到市场里自己找饭吃，不再由上面养着；再一个就是提速，这几年，铁路一共进行了6次大提速；伴随着提速，铁路的基础建设也得到加强，而且建新线较快”。
“铁路弊端最有特色的是，它是全国性的，或者说是全国连锁的企业，它是一个行业，可以说全国铁路是一家，牵一发动全身。铁路改革的难点是没有人敢于承担，也承担不起铁路改革带来的一丁点失败。”一位铁道部工作人员向时代周报记者这样谈及铁道部的改革。
在该人士看来，从傅志寰时代主导的路网分离，客运公司的建设，到后来的大提速、客运专线、动车组计划，都是在不断地摸索铁路的改革，成功还是失败，都很难说，毕竟是改革途中的事情，无法下定论。