2006年，代课教师是舆论关注的热点问题。
    处理代课教师主要存在以下问题：代课教师数量大，非一日之功即可解决；清退代课教师，地方财政压力大，艰苦的山区将面临缺乏教师的境况；教学水平受当地认可的代课教师，往往因一张考卷而被清退。2006年11月，甘肃省宁县良平乡惠家小学代课教师惠志敏代课21年却被辞退，不得不进城搬石头，此事引起了全国媒体的关注。惠志敏感慨说：“我很爱教育，但是教育却不爱我。”鉴于此，解决农村代课教师问题，要根据实际情况依法清退。
    清退代课教师要严格遵循《教师法》和《劳动法》。
    《劳动法》规定：劳动者在同一用人单位连续工作满10年以上，当事人双方同意续延劳动合同的，如果劳动者提出订立无固定限期的劳动合同，应当订立无固定限期的劳动合同。“也就是说，代课10年以上的，如果本人愿意，就应当与其签订无固定期限劳动合同，直至其退休为止。而《教师法》规定教师应当取得教师资格证。有的10年以上代课教师未取得教师资格证，其责任不在代课教师而在教育部门。如果说代课教师无资格从教，教育部门应该及早清退；既然长期让其站讲台，就应该给其核发资格证书。
    要因地制宜，渐进地消亡，而不要一刀切。对那些清退代课教师条件成熟的地区，可以按照政策采取公平稳妥的清退措施。而对那些清退教师后学校正常教育教学受到很大影响的农村地区，特别是偏远的西部山区，不要急于采用一刀切的做法。尽管教育部有关人士说清退代课教师没有时间表，但各地普遍的做法几乎都是一考了之，清退了之。代课教师是“过渡性”的概念，退出历史舞台只是时间问题，但是，武断地下令其消亡，也不符合国情。渐进的“消亡”比起一刀切的“猝死”，更符合实际、更为有效。
    要有公正的遴选与补偿。
    对一位教师来说，客观的考核其优劣是很难的。惠志敏在招考考试中，分数距录取分数线只差四分。所以，必要情况下，对教育教学能力较强，工龄较长的代课教师，在考核录用时可给予一定的优惠政策。因此，成立相关的考核评价委员会等类似机构，采取多种办法全面考核录用代课教师就显得尤为重要。遗憾的是，现在很多地方的清退标准只有一个：通过考试录用。对那些已到退休年龄或工龄较长但不适于继续担任教师的代课教师，理当给予更加妥当而公平的经济补偿，由国家财政一次性拨付给他们足额的养老金，或者给予退休教师的待遇，以便他们能衣食无虑，安享晚年。否则，不足以彰显社会的公正和教育的公平。
    对教育人口浮动较大的地区（包括经济发达地区），鼓励实行“教师雇员制度”。其实，代课教师不仅在贫困地区有，在发达地区也有，只是没有引起注意。比如在深圳这样经济发达的地区，代课教师也不少。深圳全市共有教师6万余名，其中代课教师大约8000名。但是，深圳的代课教师不属于国家规定的清退范围，都是持教师资格证上岗的、具有较高职业水平的优秀教师。据了解，深圳正在酝酿全面实施“教师雇员制度”，这个制度成功实施后，不在编的代课教师一旦通过招聘考试，将成为深圳市教育局正式聘用的雇员制教师，他们的待遇将远远超过“代课教师”。
    可以预期的是，教师雇员制度将是非常有创新意义的教师人事制度改革模式，值得教育人口浮动较大的地区借鉴。