三峡库区移民搬迁安置工作于１９９３年正式实施，至２００５年底，国家已累计投入三峡移民资金５１０亿元；库区累计搬迁移民１１１．３２万人，还建各类房屋３３８９．２５万平方米，搬迁、破产关闭工矿企业１５２８家。
　　此次审计抽查的移民资金管理和使用单位中的绝大多数财务管理机构比较健全，会计核算较为规范，用于移民搬迁安置的资金能够及时下拨，给移民户和移民个人的补偿款能够按照国家规定的标准发放。移民资金的管理使用情况总体是好的，保证了各主要搬迁任务完成进度总体提前。
　　审计共抽查了４９个移民工程项目和１２０户搬迁、关闭破产工矿企业。从抽查情况看，这些搬迁项目基本能够按照移民安置规划和有关要求组织实施，遵守基本建设程序，积极推行项目法人负责制、招投标制、监理制和合同管理制等工程管理制度。移民工程的项目管理基本规范，质量总体良好。

发现各类违规问题金额２．８９亿元

　　此次审计共发现各类违规问题金额２．８９亿元。
　　一是违规使用移民资金２．７２亿元。主要用于超规模移民项目或非移民项目建设、行政开支、办企业、平衡预算、购房、付息等。如：云阳县交通局出借１４４０万元移民资金用于非移民项目；重庆市移民局超计划和重复安排计划使用移民资金５４２．２４ 万元购建办公用房、培训中心和职工住宅。此外，审计还发现５起涉嫌侵占移民资金的案件，已移交公安机关和纪检监察部门处理。
　　二是虚报多得移民补偿和政策性补助资金１６９４．３２万元。如２００１至２００５年，交通部第二航务工程勘察设计院江北分院万州项目部利用受托对万州红溪沟码头项目进行建设管理之机，串通施工单位采用虚假设计变更、高套定额和提高材料价格等手段虚增工程造价，套取移民资金４７６．３２万元。

移民培训费支出不合理，大量资金用于盖楼

　　此次审计发现，两省（市）至２００５年底累计支出的２．８４亿元培训费中，用于对移民进行技能培训的仅为５９５２万元，占２１％，远远低于国家规定的６０％的比例；而用于建设培训中心等“土木工程”和购置设备的支出却高达１．３９亿元，占４９％。重庆市个别区县建购的培训中心规格很高、而利用率却极低。

移民扶持项目申报审批程序复杂，大量资金滞留财政部门

　　审计抽查了重庆市万州区等６个区县的移民后期扶持项目实施情况，均发现存在资金拨付滞后、项目实施缓慢问题。
　　万州区２００４、２００５年的１５３个移民后期扶持项目、６５４９万元后期扶持补助资金，至２００５年底仍有８７个扶持项目未开工、５５６３万元补助资金滞留在区财政局和移民局。
　　由于申报审批程序复杂，重庆市２００４年度的产业发展基金投资补助和贷款贴息两类投资计划２００５年５月、９月才分别下达到区县。

耕地量少瘠薄，就业岗位不足，部分移民安置质量不高

　　审计随机走访了２８个乡镇的４２９户后靠安置农村移民，发现受访移民的人均耕地数量不足，且多数土层较薄、保水保肥效果差，部分移民生活较为困难。
　　三峡库区２０个移民区县中，有１１个区县为国家扶贫开发工作重点县，经济比较落后，缺乏产业支撑，迁建期间又破产、关闭了近６３％的工矿企业，让很多移民就业无门。

已整改违规问题金额２．４２亿元，整改率达８３．７％

　　目前，国家审计署已依法出具审计报告，并下达了审计决定书。对审计发现的违规使用移民资金等问题，国务院三峡办高度重视，至２００６年１２月底，两省（市）通过收回、归垫被挤占挪用的资金和补办相应手续等方式，已整改违规问题金额２．４２亿元，整改率达８３．７％。