为进一步加强宏观统筹、促进科技资源的优化配置，推动科技六部门的工作沟通与配合，2009年1月8日，由科技部牵头，科技六部门（科技部、教育部、中国科学院、中国工程院、国家自然科学基金委、中国科协）在北京召开第一次会商会议，全国政协副主席、科技部部长万钢，科技部党组书记、副部长李学勇，教育部部长周济，中国科学院常务副院长白春礼，中国工程院常务副院长潘云鹤，国家自然科学基金委员会主任陈宜瑜，中国科协副主席、书记处第一书记、党组书记邓楠出席会议。
会议听取了科技部计划司对科技六部门会商筹备工作的通报，并重点围绕建立科技六部门会商机制，科技人才服务企业技术创新行动实施方案以及“十二五”科技发展规划相关工作进行研究和讨论。
万钢部长在讲话中指出，建立和健全国家科技决策和宏观协调机制，加强宏观统筹和促进科技资源的优化配置，这是党中央、国务院根据科技工作的新形势和发展的新趋势提出的明确要求。他传达了中央领导近期关于科技创新应对金融危机的一系列指示，万钢部长表示，当前中央把科技摆在了特别突出的位置，对科技工作提出了更高的要求，这也是我们科技事业前所未有的机遇。科技六部门在共同推动我们国家的科学技术事业的发展和创新型国家的建设当中，历来就有着很好的合作传统和基础。新形势下要求科技六部门进一步加强联系，创新工作机制，及时和充分地针对就科技工作中的重大问题进行沟通和协商。科技会商机制的建立将为我们搭建一个科技六部门相互沟通和交流的高层次平台，有助于形成推动科技事业发展的合力。
针对科技六部门共同关注和推动的几项工作，特别是科技发展战略和“十二五”规划研究、国家创新体系建设、科技人才培养和引进、科技评价和科研诚信体系建设等，万钢部长希望各部门在目前工作的基础上，要充分发挥各自的优势，利用会商机制这个平台，进一步加强协作，共同努力推进自主创新战略的实施。万钢部长还在会上介绍了2009年科技部的几项重点工作。
李学勇书记强调，科技会商机制要着眼长远发展，进行全面的协调和沟通，不但要研究科技发展战略层面的重大问题，而且要落实到各部门可以共同推动的工作实际上来。特别是在当前的经济形势下，科技六部门更要加强协作，利用已有基础，创新工作方法，从“扩内需、保增长、调结构”的大局出发，充分发挥科技创新在应对金融危机中的作用。
各部门都非常赞同科技部牵头建立科技会商机制并表示将全力参与和支持，大家一致认为，搭建科技六部门之间高层次交流平台，是国家科技宏观管理和决策的一项制度性创新，也是新形势下落实科学发展观、转变政府职能、加强宏观管理和统筹的具体体现，将有利于加强相关部门和单位之间工作的衔接和协调，共同推进自主创新能力的提高和创新型国家的建设。科技会商工作目前在各个单位的大力支持和配合下，已经组成由各部门分管部长组成的领导小组，以及由具体司局和处室工作人员组成的工作小组，今后将根据需要定期或不定期召开会商会议，就科技工作的重大问题进行协调沟通，为党中央、国务院以及相关部门决策提供意见建议。
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