余晖表示，看了新医改方案，他对一些提法感觉比较模糊和困惑。

　　一、收支两条线。新医改方案要求城市社区卫生服务中心（站）和乡镇卫生院等基层医疗卫生机构“探索实行收支两条线”的管理办法，提高资金使用效率。余晖认为，在探索收支两条线管理的同时实行管办分开，这两条道路只能越走分歧越大。管办分开是要让卫生行政部门承担行业管理者的职能，并非所有者的职能。而试行收支两条线管理，肯定还是卫生部门来做这件事儿，如此一来，就又把所有者和管理者的职能合而为一了，难以达到医改的目的。

　　二、基本药物制度。新医改方案主张“建立国家基本药物制度”，由中央统一制定和发布基本药物目录。余晖说，设立基本药物制度的原则是防治必需、安全有效、价格合理、使用方便等。基本药物制度能否顺利实施关键取决于医院使用的环节上。在目前公立医院药价实行“顺做加价15％”的大背景下，医院更倾向于采购和使用比基本药物价格高的非基本药物，基本药物制度形同虚设，老百姓看病越来越贵。

　　余晖建议，大力推进付费机制改革，促使医院采取人头付费和病种付费方式，使医生主动约束自己的用药行为。前不久，有关部门说要搞“差别加价”，就是让便宜的药多加一点儿，贵的药品少加一点儿，以促使医疗机构尽量使用便宜药，而便宜药恰恰都在基本药物目录里面。

　　三、公立与非公立医疗机构的主辅关系。为进一步完善医疗服务体系，新医改方案强调“坚持非营利性医疗机构为主导，营利性医疗机构为补充”。可是，究竟应该“补充”到什么程度，新方案中没有明确。余晖认为，这说明新方案忽略了市场机制在医疗服务领域中配置资源的基础性作用，同时也有歧视民办医疗机构的含义在里面。

　　余晖表示反对医疗机构进行营利性与非营利性的分类。他建议让所有具备准入资格的医疗机构都来参与医疗市场竞争，由政府通过购买的方式，为老百姓提供安全、有效、价廉、便捷的服务。