9月19日，审计署向社会公布了49个部门单位的2006年度预算执行和其他财政收支审计结果。
　　审计结果表明，预算资金未细化到具体单位和项目，项目资金未批先拨，项目资金闲置浪费，虚报冒领、挤占挪用资金以及违规乱收费等问题较为突出。

年度预算未将资金落实到具体单位和项目

　　审计查出，一些部门单位在年度预算中，未将预算资金落实到具体单位和项目上，影响了资金的分配使用。
　　教育部2006年度59.51亿元预算资金年初未细化到具体单位和项目。其中，“教育振兴行动计划”预算45亿元，“大中小学修购专项”预算12.4亿元，“宣传文化”发展基金预算1.82亿元，“科技三项经费”预算2900万元。
　　中科院28.36亿元预算资金未细化到具体项目和单位。中科院在财政部批复其部门预算后，未能在年初将31.35亿元预算批复至所属单位；在财政部、科技部等追加的预算中，未及时批复预算12.32亿元。截至2006年底，上述资金累计仍有28.36亿元未细化且未批复到所属单位。
　　国家烟草专卖局2006年年初预算未细化到项目和单位，造成16.93亿元预算资金当年未安排使用。

项目资金闲置严重，使用效益不高

　　一些部门单位项目结余资金过大，导致资金使用效益不高，闲置严重。
　　截至2006年底，海关总署18个直属海关的1137个项目资金历年累计结余5.89亿元，为海关总署当年批复这些项目支出预算总额的108.7％。
　　2006年，财政部在“国库司政府采购及国库管理制度建设专项”等12个项目上年结余为1.03亿元的情况下，仍向这些项目新增财政拨款1750万元，当年实际支出1575.94万元，年底新增结余174.06万元。
　　国家环境保护总局某行政事业类项目因立项时未经充分论证，在2004年立项后基本没有开展项目建设，致使该项目1.19亿元财政资金闲置。
　　截至2006年底，水利部批复水利部水利水电规划设计总院的32个基本建设类项目，仅完成项目3个，资金结余3533.61万元，占这些项目总投资的63％。
　　2006年，农业部下达所属全国畜牧兽医总站“草原监测信息系统”等9个基本建设项目中央预算内投资2.38亿元，实际支出1.14亿元，结余1.24亿元，为收到的财政拨款的52％。

挤占挪用专项资金发福利

　　在审计中，挤占挪用专项资金，为职工发放福利现象也较为突出。
　　国家发改委管理的国家某石油储备基地有限公司，违规占用和挪用国家建设资金4938万元。其中，2005年9月至2006年11月，挪用建设资金发放奖金251.08万元。
　　2004至2006年，国资委本级（含监事会）挤占项目资金共计5190.32万元。其中，在“统计评价及清产核资工作经费”专项中，列支统计评价局有关人员出国费用、经济责任审计工作培训费用等106.86万元。
　　2006年，人民银行南京分行及其所属3家分支机构在邮电费、差旅费等科目中，列支发放在职人员补贴奖金等1735.77万元；分行本级在办公费用中，发放岗位责任奖等392.68万元。
　　2005年、2006年，国家邮政局所属北京市邮政局在应付福利费尚有1亿元结余的情况下，在管理费用中分别列支补充医疗保险1000万元和1900万元。
　　楼堂馆所修建超标问题也引人瞩目。比如，信息产业部部分省级通信管理局超面积购建办公楼。国家广电总局招待所改建项目投资超概算7299万元，建设规模超概算3039平方米。

违规收费仍未得到根治

　　审计结果显示，乱收费这一顽疾，仍未得到根治。
　　铁道部违规收费1517.82万元。2006年，在未办理收费许可证的情况下，铁道部对进入铁路营运线的企业新建和维修自备车，按照新建车辆造价的2％。、修理车辆检修费6％。的标准收取车辆验收费，共计收费1517.82万元，作为经营服务性收入。
　　农业部所属中国绿色食品发展中心违规收费3953.93万元。2006年，中国绿色食品发展中心持过期的收费许可证，执行旧的收费标准，收取绿色食品认证费和标志使用费3953.93万元，其中用过期收费许可证收费2079.79万元。
　　卫生部所属部分单位未经批准收取费用3754.15万元。2000年至2006年，卫生部所属全国继续医学教育委员会、医院管理研究所等单位未经国家发展改革委和财政部批准，收取证书工本费等3754.15万元。

对审计查出问题，49个部门单位反应积极，不少问题已得到有效解决

　　对于审计出的问题，49个部门单位积极采取措施进行整改，不少问题已经得到了有效解决。
　　国家烟草局年初预算未细化到项目和单位造成预算当年未安排使用的问题，已通过采取严格审核安排项目及建立健全监督制度和问责制度等措施加以解决；教育部对年初预算未细化到具体单位和项目的问题，已于7月份前完成今年项目预算的细化工作，并将资金拨付到项目单位。
　　财政部对项目结余资金和批复预算宽松导致资金结余较大的问题，将根据年度部门预算并结合预算执行情况分析成因，并在编制2008年部门预算时，申请财政拨款项目支出预算比2007年减少10%。海关总署对18个直属海关部分项目支出管理不规范、资金使用效益不高的问题，正在对各海关单位的项目资金进行全面清理。
　　国家发改委正会同财政部抓紧制定项目建设奖励办法，纠正挪用建设资金发放奖金问题。人民银行认真清理纠正工资管理中的违规问题，严格按照国家统一部署及政策清理和规范违规发放津补贴项目。国家邮政局和中国邮政集团公司对北京市邮政局补充医疗保险挤占成本费用的问题，2007年进行了账务调整，在“应付福利费”科目中列支。
　　铁道部对违规收费的问题，已通知有关部门暂停收费，并报财政部、国家发展改革委审批，补办收费许可证。农业部相关单位已停止了违规收费行为，正在办理新的收费标准和收费许可证审验。卫生部已要求有关单位采取措施加强收费管理，坚决杜绝乱收费，并正在与收费主管部门研究进一步规范收费行为。
　　信息产业部对省级通信管理局超面积购建办公楼的问题，要求违规建设的坚决停建，并对已有和在建办公用房进行全面彻底的自查和整改。广电总局对招待所改建项目超概算问题，正在补办调整概算手续。