目前新医改争议最多的地方，发生在基本药物制度上。争议主要发生在两大部门之间———卫生部和人保部。11月5日《21世纪经济报道》称之为：卫生部人保部激烈争议新医改基本医药制度。

　　争议主要在两个焦点展开：一个是新目录之争，即：是要保留现行《医保目录》还是要重修《基本药物目录》；二是基本药物制度的生产供应模式，卫生部要定点生产、直接配送，统一定价，并“强制”医疗机构使用，而人保部要发挥医保机构作为药品主要付费者的“团购”力量，与药品供方谈判出一个合理的基本药物价格。
　　《医保目录》与《基本药物目录》，在外行看来无非只是一个称谓问题，然而对于人保部和卫生部这两个不同的编制者来说，意味着采纳哪个部门提出的基本药物目录，谁就主导基本药物采购、生产、供应等的整个链条：卫生部要单设基本药物供应体系，从生产到使用一管到底；而人保部要发挥团购力量实行基本药物集中采购。
　　再来看各自的方案本身。卫生部的方案有明显的计划色彩，如何实施有效监管，防止滋生定点垄断，铲除权力寻租空间，恐怕是一个不太好解决的难题，人保部有关人士也敏锐地指出了这一点。可是，反过来医保机构也不能充当真正意义上的市场力量，由它来和药品生产者谈判议价，是否也同样存在着寻租空间？
　　如果所谓“激辩”，只是指出对方方案中的缺陷，而无视同样的缺陷亦存在于自身，只是要以“我的不完善方案”来代替“你的不完善方案”，那么“激辩”将无法达到完善基本药物制度，让民众满意的目的。
　　笔者认为，既然是对基本药物制度的“激辩”，当然应该以基本药物制度为核心，一切都应该是为了完善基本药物制度着想。显然，完善基本药物制度的关键，不在于把主导权给谁更好，这是没有完美答案的；而在于对相关权力实施怎样的约束与监督，才能使基本药物制度的设计初衷真正得以实现。