近年来，随着政府信息公开制度和收入分配制度改革的不断深入，我国住房公积金制度所固有的管理体制、增值收益分配和个人账户保值增值等内在积弊日渐显现出来，饱受学界和广大社会公众诟病。十八届三中全会《决定》指出，“建立公开规范的住房公积金制度，改进住房公积金提取、使用、监管机制。”这是党中央高度重视民意表达、及时回应民生关切，对进一步规范和完善我国住房公积金制度作出的重大决策部署。
毫不讳言，这里的所谓住房公积金制度“积弊”，其实就是《决定》所指的“部门利益法制化”在住房公积金制度中的具体体现形式。正因如此，深入推进住房公积金制度改革，
就必须破除“部门利益法制化”羁绊，趟过“深水区”，释放住房公积金制度改革红利。
改革完善住房公积金管理体制
由国务院颁发的《住房公积金管理条例》(下称《条例》)第三十条规定，“住房公积金管理中心的管理费用，由住房公积金管理中心按照规定的标准编制全年预算支出总额，报本级人民政府财政部门批准后，从住房公积金增值收益中上交本级财政，由本级财政拨付。”由此可知，住房公积金管理中心属于典型的“自收自支”事业单位，实行的是类似于财政性资金“收支两条线”管理模式，“增值收益”是其“收支”的唯一来源。
但问题的关键是，这里的所谓“自收自支”，并非真正意义上的“企业化”经营的“自收自支”，而是以挤压和“法制化”强制分配公积金缴存者个人利益为代价的“自收自支”。从优化调整政府公共服务职能，提高公共资源配置效率角度分析，这样的“自收自支”，其实质是政府缺位——公共服务“卸包袱”行为。由此，改革住房公积金管理体制的关键，就是要让政府合理“补位”。具体地说，要按照事业单位分类改革的要求，借鉴社会劳动保险管理中心的管理体制机制，将住房公积金管理中心由“自收自支”事业单位改制为财政全额拨款事业单位，叫住房公积金管理中心“不拿群众一针一线”，让住房公积金制度回归公益属性。
实行住房公积金增值收益分红政策
按照《条例》规定，住房公积金增值收益主要由使用住房公积金累积余额购买国债收益、住房公积金管理中心在银行专户存储利息收入和无法支取的住房公积金账户存储款收入三部分构成。
“职工个人缴存的住房公积金和职工所在单位为职工缴存的住房公积金，属于职工个人所有。”(《条例》第三条)而在公积金增值收益的分配和使用上，则只能“用于建立住房公积金贷款风险准备金、住房公积金管理中心的管理费用和建设城市廉租住房的补充资金。”(《条例》第二十九条)与缴存者个人没有任何关系，这显然是违背了《物权法》中的“孳息归属”的原则。
截至2011年底，全国住房公积金存款余额已高达2.1万亿，据初步估算，仅十二五期间，扣除风险准备金和管理费用后的全国住房公积金增值收益就不少于1400亿元。这些本来可以用于缴存者个人分红的资金却被“法制化”给了政府及有关部门，这于情于理都是说不过去的。
为此，应修订《条例》第二十九条，明确规定公积金增值收益只能“用于建立住房公积金贷款风险准备金和向住房公积金缴存者个人派发红利。”
实行公积金增值收益分红政策后，“建设城市廉租住房的补充资金”由财政资金补贴解决，让政府和公共财政合理“补位”和“归位”;“住房公积金管理中心的管理费用”则由财政全额拨款解决。
实行住房公积金个人账户保值增值政策
《条例》第二十一条规定，“住房公积金自存入职工住房公积金账户之日起按照国家规定的利率计息。”但在实际执行时，个人账户存款利率明显偏低。根据住建部《关于调整住房公积金存贷款利率的通知》(建金〔2012〕88号)规定，公积金个人账户存款年利率是：当年缴存为0.4%;上年结转为2.85%。而个人住房公积金贷款年利率标准是：五年以下为4.2%;五年以上为4.8%;试点项目贷款为按五年以上个人住房公积金贷款利率上浮10%。住房公积金管理中心将公积金累积余额存放在银行的年利率高于个人账户上年结转存款利率约1个百分点。这样的利率结构，不能不让人费解，除了“部门利益法制化”外，实在找不到其他任何可以合理解释的理由。
为了维护住房公积金缴存者合法权益，应提高个人账户存款利率，按其累存期限，适用同期普通储蓄存款利率。让公积金缴存者个人得大头，住房公积金管理中心和银行得小头。
从住房储金与养老储金替代的角度看，对于大多数住房公积金缴存者而言，只有等到他们正式退休时才能支取和使用，住房公积金事实上已被赋予了补充养老储蓄的功能。住房储金替代养老储金，能够在一定程度上弥补养老金替代率过低问题，显著提高退休养老保障水平。实行住房公积金个人账户财政保值补贴政策的理论依据也就在于此。
实行财政保值补贴具有针对性强、灵活性高的特点，能够消除传统的使用利率手段通过加息方式应对储蓄存款“缩水”问题产生的负面影响。补贴幅度可考虑以下两种方式;一是相对保值，也即消费者物价指数(CPI)涨幅与银行基准利率之差;二是绝对保值，也即CPI涨幅。