近年来，随着高房价的压力，社会对住房公积金的关注度日益增强，负面评价也日渐增多，主要有三种观点：
一是“劫贫济富”说。一般中低收入者无力购房，其住房公积金只能存于公积金管理中心；相反，随着高收入者的住房消费需求增加，以及希望通过投资房产抵消通胀压力，在住房公积金利率、资金成本双低的情况下，许多人将公积金购房作为头等选择。
二是“资金贬损”说。按照政策规定，住房公积金保值增值的渠道有三个：银行存款、住房公积金贷款、购买国债，其中，主渠道是公积金贷款。而根据全国住房公积金贷款资金平均使用率加权计算，2011年综合利率约为2.13%，同期CPI涨幅达5.4%，相差3.27%。有关数据测算，2011年全国住房公积金综合收益率不足1%。
三是“使命完成”说。住房公积金制度源于上海，当时为应对住房与资金紧缺双重压力，由政府财政与个人分别出资建立一个资金“池”，专门用于职工住房消费的制度。作为国家住房制度改革上的一种创新，曾起到积极、健康的作用。随着福利分房政策的终结，以及依靠市场解决住房资金需求的方式逐渐成熟，住房公积金集中、互助的作用受到质疑，许多人建议将住房公积金直接计入个人工资。个人如需资金，可直接通过信贷市场，住房公积金的使命已经完成。
以上“三说”表明目前住房公积金制度的可持续性存在严重缺陷，为推动住房公积金健康、持续发展，对其改革势在必行。同时，应该坚持几点基本原则：
制度创新。住房公积金制度是一种制度创新。梳理其产生的前因后果，不难发现，它的出现是由中国“二元化”的经济、社会基础决定的。上世纪90年代，城镇住房供给由政府与市场两部分构成，以政府为主体，面对旺盛的需求，政府供给压力过大且已不堪重负，市场供给虽已发挥作用，但受制于资源流动的障碍，无法有所作为。住房公积金的产生对于减轻政府负担、拉动市场、疏通供给与需求起到了极大的促进作用。
随着改革的深入与社会主义市场经济体制的不断完善，原有的住房供给“二元化”结构被打破。住房公积金制度的使命是否就此完成，还需要具体看待：第一，虽然“二元化”结构形态已打破，但现实中“二元化”仍然存在，只不过政府与市场的角色互换。第二，收入分配的差异决定了部分社会人群无力依靠市场手段获得住房，需要政府来解决他们的住房问题，而政府力量有限，仍然需要公积金的支持。
只要收入分配“二元化”依然存在，住房公积金制度就有发挥作用的时间与空间。
准确定位。《住房公积金管理条例》(下称《条例》)规定“住房公积金是指国家机关、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位、民办非企业单位、社会团体及其现有职工缴存的长期住房储金。”,“住房公积金应当用于职工购买、建造、翻建、大修自住住房，任何单位和个人不得挪作他用。”可以说定位是十分明确的。但是，由于多种原因，出现了对公积金的定位逐渐模糊的现象。住房公积金负担了不该负担的义务与责任，极大地冲击了《条例》权威性。
确定住房公积金的定位十分必要，当前存在三个主要问题。首先，作为一种长期住房储金，互助性是其内在属性，但是现实中相关政策却语焉不详。其次，住房公积金管理中心“四不像”，引发诸多问题。《条例》规定“住房公积金管理中心是直属城市人民政府的不以赢利为目的的独立的事业单位”。不以盈利为目的，却从事资金的经营活动，本身就有冲突。第三，《条例》规定“住房公积金是长期住房储金”，但却对住房公积金作用范围的界定过于笼统。
目前，事业单位改革处于决策前的研究、论证阶段，国家有关部门应当抓住这一有利时机，本着实事求是的精神与态度，科学、合理地明确住房公积金制度的定位。
效率优先。住房公积金制度的建立是为了有效满足缴存人的住房资金需求。建立以来，解决了大量的住房资金需求。以上海市为例，至“十一五”末，累计归集2534亿元，发放贷款2391亿元，涉及151.2万户家庭，累计支持购房建筑面积1.4亿平米。成就巨大，有目共睹。
近年来，中国房地产市场异常火热，受监控的70个大中城市的住房价格已连续上涨十几个月，且在可预见的较长时期不会有大的变化，这直接导致许多地方住房公积金使用率已达到75%的警戒线，有些地方甚至接近或超过100%，不得不采用“公转商”(住房公积金贷款转商业贷款，商贷超出住房公积金贷款的利息，由住房公积金管理中心负担)或“轮候”办法来满足住房资金需求。
“公转商”或“轮候”只是权宜之计。改变这种状况的根本出路仍在准确定位住房公积金的作用范围。首先要认清住房公积金有多大力量、能办多大事，权衡哪些消费需求应当满足，哪些应当“拒绝”。住房公积金只能解决缴存人最基本的资金需求，而不是所有的需求，真正做到“有所不为，才能有所为”。
兼顾公平。目前住房公积金公平性欠缺。如何解决这个问题。其一，制度附带的“不公”，应该通过管理加以调适。比如高收入群体已经享受过一次优惠——个人与单位缴存额高，按照同比例对称原则，其缴存的住房公积金就应当在互助方面、在支持中低收入者住房消费方面发挥应有的作用。在提取、贷款方面，按照政策优惠不得重复享受的原则，应当予以适当控制，使其缴纳的超过平均水平的住房公积金较长期存储于住房储金“池”内，为中低收入者住房消费服务。其二，保持政策稳定。近年来全国各地为应对流动性紧张，均在提取、贷款审批及额度方面调整了政策，存在通过政策调整掩饰管理失准的嫌疑，保持政策稳定刻不容缓。其三，节制资金使用。