●加工贸易符合我国国情，是我国参与国际分工的客观存在，今后仍将是我国利用国际国内两个市场两种资源、增加就业岗位、提高产业发展水平、增强国际竞争力的重要方式。
●在产业发展上，产业链由短向长转变，即促进加工贸易配套体系向研发设计、创立品牌、生产制造、营销服务产业链上下游延伸，延长加工贸易国内增值链。
●对加工贸易中的国有、民营企业加强品牌和专利意识的培养，要采取优惠政策让其积极创新、注册品牌和申请专利。
●上海自由贸易区的建立，也在一定程度上也为我国加工贸易的转型升级发展提供了新的发展机遇。
改革开放以来，我国加工贸易顺应国际分工的发展趋势，从无到有，从小到大，已成为对外贸易的“半壁江山”和主要贸易方式之一，在吸纳就业、促进技术进步、优化产业结构、密切内地与台港澳经贸关系以及实现区域经济发展等方面做出了积极的贡献。
同时，加工贸易在其发展过程中，也出现了一些弊端和不协调之处。诸如，由于处在国际分工产业链的低端，我国加工贸易基本上是贴牌生产，技术含量和附加值较低，增长数量与增长质量不平衡，由于交通成本等原因，加工贸易企业在区域发展上还不平衡；由于粗放型生产，一些加工贸易产品生产与营造良好的生态环境不平衡，等等。
由于国际金融危机和劳动力成本上升等因素，近年来我国加工贸易已出现增长缓慢的趋势。据统计，2010—2012年，我国加工贸易进出口总值为11577.6亿美元、13052.1亿美元和13439.5亿美元，同比增长27.3%、12.7%和3%，分别占当年我国进出口贸易总值的34%、35.8%和34.8%，因此，即使从数量上看，目前加工贸易也不足以构成我国对外贸易的“半壁江山”了。
但是，尽管加工贸易目前发展缓慢，且还存在许多问题，我们认为，加工贸易符合我国国情，是我国参与国际分工的客观存在，今后仍将是我国利用国际国内两个市场两种资源、增加就业岗位、提高产业发展水平、增强国际竞争力的重要方式。在新的形势下，根据中国的具体国情和国内外经济发展的现实，我国仍然需要发展加工贸易。我国加工贸易的发展不能因噎废食，而是需要痛定思痛，加快加工贸易的转型升级，并制定一个中长期的发展战略。
我国加工贸易发展的战略目标
目前及今后十年，在国内外经济发展的大背景下，加工贸易发展战略目标是：作为我国涉外经济体制改革中的重要环节之一，应进一步提高加工贸易增值率，通过延长国内产业链以及提高产品技术含量和附加值，增加国内收益；应拥有自主品牌和自主知识产权，以推动外贸发展方式转变；应促进区域经济协调发展，把加工贸易发展与实现工业化、城镇化、农业现代化发展结合起来，与扩大就业、改善民生结合起来，切实完成好十八大报告中提出的“促进加工贸易转型升级”的战略任务。
加工贸易转型升级的实现路径
事实上，早在2003年10月14日，中共十六届三中全会《决定》就指出，“继续发展加工贸易，着力吸引跨国公司把更高技术水平、更大增值含量的加工制造环节和研发机构转移到我国，引导加工贸易转型升级。”，也就是说，促进加工贸易转型升级是党的十六届三中全会以来党中央提出的一项重要任务。近十年以来，我国加工贸易转型升级有所发展，特别是广东等地已总结出一些较成功的经验；重庆等地在中西部承接加工贸易转型升级中也作出了显著的成绩。
理论和实践表明，我国加工贸易转型升级的实现路径为：
从国家层面上看，主要是：第一，在产业发展上，产业链由短向长转变，即促进加工贸易配套体系向研发设计、创立品牌、生产制造、营销服务产业链上下游延伸，延长加工贸易国内增值链。第二，在区域布局方面，由东部沿海地区主导向东中西部协调发展转变，即遵循市场经济规律，按照中国国情和各地区的实际情况，继续发展传统优势劳动密集型加工贸易，培育和建设一批加工贸易梯度转移重点承接地及承接转移示范地，引导加工贸易由发达省区(或发达省区内发达地区)向欠发达省区(或发达省内欠发达地区)有序进行梯度转移。第三，在贸易方式方面，进一步加大来料加工向进料加工转变，即推动来料加工企业转型，减少来料加工贸易，进一步扩大拥有自主经营权的进料加工贸易。第四，在管理方式方面，加工贸易企业增量由区外为主向区内为主转变，发挥并完善海关特殊监管区功能，引导增量入区发展，促进区内外加工贸易协调发展。
从企业层面上看，主要是：首先，在产品质量上，产品加工由低端向高端转变，即逐步由以简单加工组装为主向高水平、精加工为主转变，提高产品技术含量和附加值，把产品做好、做精致，要符合国际标准，把有创新的关键部分申请专利和注册商标，使加工贸易企业拥有更多的自主品牌和自主知识产权。其次，从市场需求看，加工贸易企业可从单一外贸型向内外贸一体型转变，即按照内外需的市场导向进行加工贸易，其产品即可满足外需，又可合法转内销，使企业真正以市场需求调节产品的内外贸走向。最后，在投资方式上，条件成熟的加工贸易企业可由境内加工向境外加工转变，发展向外直接投资，实施走出去战略，在境外设立加工贸易企业，在增强企业国际化经营能力的同时，增加当地就业，以实现“双赢”。
制度保障加工贸易转型升级
——建议在商务部设立加工贸易司
鉴于加工贸易发展在我国经济发展中的重要地位，目前加工贸易转型升级又面临重要的战略机遇期，其不仅涉及对外贸易，而且与海关、工业、就业、金融、区域经济以及社会保障等方面密切相连。我国加工贸易业务领域广，对外联系多，管理头绪多，现仅在商务部机电和科技产业司内设置加工贸易处，面对全国3000余万加工贸易从业人员及其管理人员，既与其所管辖的领域极不相称，也不利于加工贸易转型升级的发展。事实上，我国有不少省区的商务厅都设有加工贸易处。为加强对加工贸易转型升级工作的推动，实现有效、系统的管理，建议调整相关机构，在商务部设立加工贸易司。
加工贸易司的主要职能是：制定国家加工贸易发展战略、中长期规划以及加工贸易方针政策，督促各省加工贸易发展政策的落实监督其组织实施；制定并完善加工贸易商品分类管理，协调国家产业政策和贸易政策，及时调整加工贸易禁止类、限制类商品目录；负责指导、协调加工贸易企业转移，引导加工贸易企业开拓国际市场，推动加工贸易转型升级；指导加工贸易企业创立品牌，加强知识产权培训教育，依法对加工贸易企业进行业务监管；负责加工贸易项下产品的进口关税配额管理，以及专项资金管理；指导协调全国出口加工区、特殊监管区业务工作；负责全国加工贸易统计工作，对加工贸易统计数据进行综合分析；承担与加工贸易相关的协调工作。
——加强加工贸易企业中自主品牌和知识产权的管理
调研数据表明，加工贸易企业中“三资”企业申请专利的数量较高，但仍需进一步加强其知识产权的管理。一是应注意研究合资、合作企业内中方专利权的合法归属问题；二是对加工贸易中的国有、民营企业加强品牌和专利意识的培养，要采取优惠政策让其积极创新、注册品牌和申请专利。三是应采取鼓励措施，促进加工贸易企业积极申请国际专利，主动占领国际市场。四是加强对加工贸易企业自主品牌和知识产权的统计工作。
——加强加工贸易企业的人力资源建设
一是对管理人员的教育培训，二是对技术工人的教育培训。理论和实践均表明，人力资源是企业转型升级的重要支撑，实现加工贸易转型升级主要靠人的素质提高，各级政府应在企业管理培训和技术培训方面给予指导与资金支持，社会组织、研发机构和高校也可与企业联合培训，形成就业、培训的良性机制，培育一支业务精良的技术工人队伍和高素质管理人员队伍。我们在调研中发现，在加工贸易企业中，本科以上学历的管理人员和技术人员都发挥了各自很好的作用；各国工业的实践也表明，产品的精致与否首先取决于人的管理素质和技术技能的高低。
——坚持举办每年一度的加工贸易产品博览会
2012年6月在广东东莞召开的首届加工贸易产品博览会，共有来自全国28个省市的1300多家加工贸易企业参展，近5000家采购企业超万名专业采购商到会，取得了很好的成效，深受加工贸易企业的欢迎。加工贸易产品博览会搭建起国内外产供销的平台，使产品信息对称，促进了商品交流和质量提高。建议把加工贸易产品博览会做成系列展会，做成品牌，形成制度，每年召开，年年创新。
我们认为，在我国加工贸易发展战略目标、实现路径和制度保障的协调落实中，我们还应注意到，作为货物贸易的两种贸易方式——加工贸易与一般贸易之间需平衡发展。在我国加工贸易转型升级之时，还要关注企业根据市场需求改变业务模式，即可向一般贸易方式转化，以提高我国对外贸易的自主性。创新加工贸易保税政策思路，尝试以“生产出口产品的国内采购部分”缓缴增值税的方式(提前退税制度)，为一般贸易方式提供与加工贸易进口部分保税的同等政策效力，鼓励加工贸易企业在资金积累、技术创新、掌控国际销售渠道后，向“微笑曲线”两端延伸。当然，企业以加工贸易方式还是以一般贸易从事对外贸易，最终取决于国际市场的需求。
目前，上海自由贸易区的建立，也在一定程度上也为我国加工贸易的转型升级发展提供了新的发展机遇。