国内曾流行一种看法，认为区域税收优惠政策已经不合时宜，不应成为税收优惠政策的主体，税收优惠政策应以行业优惠为主、区域优惠为辅。这样一种观点对新一轮税制改革导向产生重大影响。增值税优惠政策、企业所得税优惠政策等都已体现了这一导向。这样一种税制改革导向与缓解区域发展差距、提高后发区域竞争力相悖，与解决非均衡式城镇化相悖。中国税制改革应重新回到“行业优惠与区域优惠并重”的轨道上来。
影响企业投资区域选择的因素较多，如劳动力成本、交通便利状况、土地成本以及政府公共管理能力等，而税收是其中一个重要因素。税收是企业成本的组成部分，税收优惠政策是构成区域吸引力的重要因素。利用税收优惠政策吸引投资、吸引企业“筑巢”是国际通行做法。税收竞争力已成为一个国家竞争力的关键性构件之一，而税收优惠政策又是体现税收竞争力的一个重要指标。
区域非均衡发展问题是中国经济发展中面临的一个重大问题，也是一个亟待解决的问题。区域非均衡发展过度不仅对后发地区发展不利，也会制约先发地区和整个国家的经济发展。如果区域发展差距过大，发达地区生产要素投入边际收益会呈现递减趋势，同量生产要素投入到落后地区产生的边际收益在一定时期内会呈现递增状态。
中国要解决区域发展差距过大问题，必须继续重视区域税收优惠政策。“行业优惠为主、区域优惠为辅”的税收政策导向不利于解决区域经济发展不平衡问题。中国区域税收优惠政策不仅不能退到次要位置，而且应该置于与行业税收优惠同样重要的位置。中国区域发展差距过大问题远未消除，而且在相当一段时期内难以消除。重区域税收优惠政策应成为中国一项长期性财税政策，应成为未来税制改革的重要指导。
中国推动城镇化建设，缩小先发地区与后发地区差距，应采取的一项重要战略是增强后发地区的城市吸引力，吸引跨国有竞争力的企业以及国内有实力的企业向后发地区投资，吸引人流、物流向后发地区集聚。而要实现这个战略意图就必须实行有吸引力的区域税收优惠政策。一般而言，如果一国总体税负较高，后发地区税收优惠政策导致的税负越低，该地区的区域吸引力就越大。
深圳特区、上海浦东新区的高速发展与税收优惠政策密不可分。税收优惠政策对深圳特区以及上海浦东新区初期的发展起到至关重要的作用。
深圳特区建立初期推行了一系列税收优惠政策，如特区“三资”企业减按15%的税率征收企业所得税；对进口生产所必需的生产资料免征工商统一税；依外商投资企业行业、年限、投资额等，两年免、三年减半征收企业所得税等等。1994年税制改革，在全国性税制统一的条件下，深圳市保留了增值税、消费税“地产地销”的免税优惠政策。毫无疑问，税收优惠政策对推动深圳特区的高速发展起到至关重要的作用。税收优惠政策的实施，吸引大量外资企业进驻深圳特区投资。
上海浦东新区的发展同样也与税收优惠政策的实行密不可分。如自2009年5月1日起注册在洋山保税港区内的纳税人从事海上国际航运业务取得的收入免征营业税；上海浦东新区内在2008年1月1日之后完成登记的国家需要重点扶持的高新技术企业可以享受一定的企业所得税优惠政策。
为了振兴东北老工业基地，国家在东北地区也推行了一系列税收优惠政策，如率先在东北老工业基地推动增值税转型改革，有力地促进了东北老工业基地的发展。
实践经验表明，先发地区经济高速发展与国家实行区域性税收优惠政策是密切相关的。区域性税收优惠政策的实施，可以增强该地区的“磁场力”，可以吸引生产要素在该地区集聚。
在“行业优惠为主、区域优惠为辅”这样一种指导思想下，中国在制定税收优惠政策时偏重行业性税收优惠。如按照增值税条例，增值税优惠政策主要集中在行业优惠上，如黄金生产和经营单位销售符合一定条件的黄金和黄金矿砂免征增值税；对节能环保、新能源、信息等产业都实行税收优惠政策。再如按照企业所得税法，企业所得税优惠政策也主要集中在行业优惠上。如对软件、集成电路企业实行企业所得税优惠政策等等。
为了促进产业结构升级，支持新兴产业发展，行业性税收优惠政策是必要的。但同时我们也应该看到，在重视行业性税收优惠政策的同时，也应该重视区域性税收优惠政策。先发地区从区域性税收优惠政策中获得了发展的动力，现在税收优惠政策的重心应当向后发地区转移，而不是“轻”区域税收优惠政策。尽管有一些行业性税收优惠政策对后发地区有利，如对农业生产实行一定的税收优惠，但后发地区长期依赖发展农业显然难以追赶先发地区。新兴产业税收优惠政策也适用于后发地区，但受到其他因素制约，与先发地区相比，后发地区显然处于劣势。
中国未来税制改革应重新注重区域性税收优惠政策，对后发地区实施更多、更有力度的税收优惠政策。此外，现行税收优惠政策主要体现在财税部门的“文件”中，这些相关税收优惠政策应适时充实到企业所得税法、增值税条例等法规中去。