公平与效率的关系是辩证统一的。公平包括权利公平、机会公平、规则公平以及结果公平等。从机会公平的角度分析，公平与效率是统一的，所有促进机会公平的措施都会提高效率。从结果公平的角度探讨，公平与效率又存在矛盾，过分强调结果公平，往往会造成巨大的效率损失；而发挥物质利益的激励功能，又必须打破收入分配的平均主义，拉开收入差距。不过，这种矛盾不是绝对的。如同收入分配的平均主义会影响经济效率一样，收入差距过大也会抑制有效需求，导致社会冲突，从而严重影响经济的正常运行。这就是说，存在一个使公平与效率相互促进的收入差距适度区间。深化收入分配制度改革，关键是使收入差距保持在公平与效率相互促进的适度区间。
　　处理公平与效率的关系，应以发展的观点看待和分析问题。在经济发展初期，生产力发展水平较低，产品供给能力严重不足；劳动力供给充分，资本要素稀缺。这一阶段的主要任务是通过资本积累带动劳动就业，提高产品供给能力。因此，在公平与效率的权衡上通常会更加重视效率。进入中等收入阶段以后，一方面，产品供给能力大幅度提升；另一方面，收入分配差距过大会制约消费需求的增长、影响社会稳定。因此，无论保持经济持续健康增长还是促进社会和谐发展，在公平与效率的权衡上都要求更加注重公平。党的十八大报告指出，“初次分配和再分配都要兼顾效率和公平，再分配更加注重公平。”这就为深化收入分配制度改革指明了方向。
　　初次分配是指直接与生产要素相联系的分配。在初次分配中，国民收入分解为劳动者报酬、生产税净额、企业营业盈余三部分。在社会主义市场经济条件下，要素按贡献参与分配的实质是要素价格决定问题。正确处理收入分配中公平与效率的关系，在初次分配领域，首先应保证生产要素所有者参与市场竞争的起点公平、过程公平，完善要素参与分配的市场机制。现阶段的工作重点是，坚决根除涉及权钱交易的腐败收入和寻租收入；打破行政垄断与资源垄断，完善自然垄断行业的政府规制；破除生产要素市场分割和市场壁垒，促进劳动、资本、土地等生产要素合理流动，创造各类生产要素公平参与市场竞争的条件。应当指出的是，由劳动和资本各自特点所决定，劳动与资本相比一般处于弱势地位。为了保证劳动要素所有者与资本要素所有者在市场竞争地位上的平等，政府有责任通过就业政策和集体谈判制度等增强劳动者的博弈能力，通过劳动保障与监察制度保障劳动者的权益。现阶段的重点是，促进城镇化和中小企业发展，努力扩大劳动就业；推行企业工资集体协商制度，理顺资本所有者、经理层与一般职工的收入分配关系；完善最低工资制度，建立健全工资正常增长机制。
　　在市场经济条件下，政府以间接税方式和国有资本所有者的身份直接参与国民收入的初次分配。正确处理公平与效率的关系，还要求政府通过税种、税率和国有企业利润上缴比例的调整，协调好政府、企业与劳动者的利益关系。目前，我国间接税比重高达70%以上。由于间接税会直接进入市场价格，间接税比重高不仅严重影响企业的市场竞争力，还会通过税收转嫁，加重中低收入群体的税收负担。此外，我国国有企业上缴利润比例过低，一些企业高管人员薪酬福利侵蚀企业利润；还存在少数人无偿或低价占有、使用公共资源等问题。因此，深化初次分配领域改革，应在保持宏观税负水平基本稳定的前提下，逐步降低间接税比重，切实减轻中小企业税负；提高国有企业利润上缴比例，改革国有企业高管人员的薪酬分配制度，严格征收资源占用税，进一步完善国有资本和公共资源的收益分配机制。
　　再分配是在初次分配的基础上，政府通过直接税和转移支付等手段对国民收入在全社会范围的第二次分配。再分配的目的是弥补初次分配的不足，把收入差距控制在有利于效率与公平相互促进的适度区间，并尽可能促进起点公平。现阶段我国分配领域存在的突出问题是再分配存在逆向调节问题。目前，我国直接税比重不足30%，其中个人所得税不仅因占比过低难以发挥对居民收入差距的调节作用，更由于高收入群体具有更多的避税手段，导致个税收入主要来自中低收入的工薪阶层；财产税所占的比重更低，遗产和赠予税还无从谈起。从转移支付角度看，我国城乡之间、地区之间在社会保障支出以及教育、医疗等公共服务支出上还有较大差距。基于这种情况，再分配领域收入分配制度改革的重点是在减少间接税的同时增加直接税；减轻中低收入者税负，完善高收入者个税征收与监管；适时开征房产税、遗产税、财产赠予税等财产税。按照全覆盖、保基本、多层次、可持续方针，以增强公平性、适应流动性、保证可持续性为重点，全面建成包括社会保险、社会救助、社会福利制度在内的、覆盖城乡居民的社会保障体系。进一步加大对贫困地区和“三农”的财政支持；加大教育、医疗、就业、扶贫开发等方面的支出，并重点向农村、边远、贫困、民族地区倾斜。