从金融市场发展的历程看，场外交易一直是发达国家的债券市场的主流。正是借鉴国际成熟市场的经验的基础上，自1997年成立以来，中国银行间债券市场从无到有、从小到大，实现了跨越式发展，其对实体经济的支持作用日渐加强，对金融市场乃至整个经济社会的发展都发挥了不可替代的作用。
因此，不能因为这次债市规范和整顿就因噎废食，我们更愿意将此次规范和整顿类比于当年中国证券市场上对基金黑幕的规范，正是在基金黑幕事件之后，随着基金行业运行机制的不断规范，中国的基金业获得了快速的发展。
当前我们关注的重点，不应仅仅局限在银行间市场与交易所市场谁存谁废问题的争论上，而是更应当转换到对相关市场监管和内控制度的完善上来，在不伤害市场效率的前提下查疏堵漏，通过建立相对公平透明的市场交易制度，通过规范市场秩序等市场运行机制，为未来新的发展阶段我国债券市场的健康稳步发展奠定坚实的基础。
随着一系列金融机构参与债券市场交易的黑幕利益链条的逐一曝光，银行间债券市场稽查引人关注，利益输送在银行间债券交易模式下的生存空间，一定程度上也反映出当前我国债券市场存在的制度性问题。
债券登记结算制度设计存在一定缺陷。目前银行间债券市场的投资者账户分为甲类户、乙类户和丙类户。甲类为商业银行，乙类一般为信用社、基金、保险和非银行金融机构，丙类户则大部分为非金融机构法人。丙类账户与甲、乙类账户的区别在于不能通过中央债券综合业务系统联网交易，必须通过结算代理人来交易。这就为“代持养券”的应运而生提供了特定的制度条件。理论上而言，与对手方完成这一笔交易，丙类户需要大量的资金作为周转，但由于甲类户的银行为其提供了“垫资”，丙类户只需付给甲类户一定的费用，便可完成整个交易。这无疑是一种放大杠杆的模式，不仅存在着利益输送的可能性，也给银行间市场带来潜在交易风险。
债券发行制度没有实现完全市场化。我国现阶段的债券发行，根据品种、规模等不同，一般会采用公开招标和簿记建档两种方式。目前采用公开招标方式发行的债券品种主要为利率产品（国债、政策性金融债、央票）和部分3A企业债，这种招标方式根据利率区间进行公开招标，透明程度更高，但易于出现流标等情况；而采用簿记建档发行方式主要为中低等级企业债、中票和短融等信用类债券，这种招标方式是以主承销商为桥梁，在债券发行人与投资人之间进行询价和询量。一般可以实现足额发行，但招标过程和结果不公开，极易滋生寻租及利益输送。无一例外，迄今发生过的绝大部分涉债案例，其债券品种均为采用簿记建档方式发行的信用类债券，反映出低透明度的簿记建档发行方式存在较大的灰色空间。
做市商制度尚未真正发挥作用。银行间债市是一个场外市场，采取一对一撮合的交易方式，市场监管更多地依赖行业自律。虽然一对一的交易方式提高了市场效率，但也使得市场透明度大为降低，其所具有的隐蔽性的特点，使得是否涉及利益输送也很难界定。成熟的场外债券二级市场一般分为交易商间市场、交易商和客户间市场，在我国这种合理分层的市场结构还没有形成。目前，我国做市商大部分大多是在被动报价，未能显示价格的形成机制，这也是“灰色寻租”可以存在的重要基础。
市场监管分割易产生监管盲区。目前我国的债券市场分为两个市场，一个是银行间市场，即场外市场；另一个是由证监会监管的交易所市场，即场内市场。市场的分割、监管机构的割裂以及监管理念的差异性，难免出现监管各方难以协调到位的“三不管”盲区，使得利益输送现象频发。
重业绩轻内控引发道德风险。固定收益产品基金经理一再卷入到债市灰色交易中，其根源之一还在于目前基金行业盛行的业绩排名。由于债基和货基投资的属性，不同基金产品的真实收益率很难拉开差距，这导致部分基金经理不得不借道债券“代持”来放大杠杆，从而实现收益率的高增长。这种过度比拼业绩的风气，最终导致的结果很可能是债基呈现给投资者的收益率很大程度上并不取决于基金经理的投资能力，而是取决于基金经理‘违规’的大胆程度。
违规事件爆发与规范的“问题导向”，通常也会成为推动制度、机制完善的契机。如何在不伤害市场效率的前提下查疏堵漏，推进债券市场交易制度与监管体系完善，显得尤为迫切。
进一步完善做市商制度。从国际债券市场的发展经验来看，债券交易绝大部分在场外市场进行，而在场外市场中做市商居于“核心”位置，发挥着活跃市场、稳定市场的重要作用。我国的银行间债券市场已于2001年开始实施做市商制度，但由于种种原因，目前仍处于“象征性”报价状态。着重培养和完善做市商制度，改变一对一询价交易为主的场外模式，减少点对点交易之间偏离均值的“例外交易”行为，使其真正承担起场外交易的“核心”任务，将为提高债券交易效率、提升交易公平透明度和稳定市场运行，提供切实有效的制度保障。
推动债券发行机制的市场化。一级市场与二级市场巨大的价差，为一级半市场套利者创造了丰厚的利润空间，其背后的症结在于一些优质债券品种的审批制度和发行环节的腐败行为。审批制度意味着债券品种的有限供给，很容易给审批人、发行人和承销商留下寻租空间，少数丙类账户便有机会参与其中，上下其手谋取不当利益。
规范丙类账户，斩断利益输送通道。丙类账户设立的初衷是为欠缺流动性的债券市场增加活力，扮演做市、撮合等重要的角色。正是因为有丙类账户的存在，才造就了银行间市场多元化的市场生态环境，推动了银行间债券市场快速发展。但无论是代持、养券还是倒券，丙类账户都是重要的通道，因此，要想治理债券市场乱象，就需要对丙类账户进行严格管理。当前监管机构亟须对丙类户如何参与银行间市场制订新的规定，对其注册资本金、保证金、违约惩罚措施等都将有进一步明确的规定。
构建银行间市场统一监管体系。当前，我国债券市场主要矛盾之一是缺乏统一监管规则的问题，也凸显出债市统一监管规则的必要性与迫切性。债券市场集合了银行、券商、基金、发行企业和政府等各类主体，代持、养券和倒券等行为牵扯到这些主体内的多个层面的人员，规范和监管非常复杂，不同的问题需要不同的解决办法，多方合力方能收到监管之效。当前，相关监管机构应需理顺监管关系，统一监管规则，根除债市发展顽疾，为建立统一互联债市打下基础，并通过完善相关游戏规则，避免其在市场监管中出现职能重叠、冲突或矛盾。
强化交易机构风控制度执行。推进交易机构内部控制监督机制建设与完善，包括完善交易决策与实施的合规风控制度流程并得到严格执行，完善金融机构、企业内部的董、监事会以及管理层之间的法人治理，完善管理层对具体职能实施部门及关键人员的监督责任制度落实。构建以价格监控和交易、投资分离流程为重点的风控体系。除了修正“唯业绩论”外，更不能将风控流程流于形式。