一是如何实现低收入群体收入倍增。对低收入群体而言，其收入来源主要是工资性收入、经营性收入和财产性收入等，来源门路不广、渠道不多，且多在整体平均工资较低的行业就业，加之劳动技能水平低且固化，使之成为城乡居民收入倍增的“短板”。其中又以城镇低收入者、困难家庭户、农村低收入群体增收问题最为突出。
　　二是如何协调职工收入提高与企业成本压力矛盾。能否实现城乡居民收入倍增战略目标，在很大程度上取决于工资性收入能否有一定幅度的增长。而随着工资水平的提高，企业用工成本势必增加。如果企业“增薪提价”，则工资——物价轮番上涨的成本推动型通胀将部分抵消收入增加效应。因此，如何通过提高劳动生产率以及政府和企业间的利益调整，在不增加企业用工成本的前提下，还能推进员工工资提高和兼顾产业结构优化是又一难点所在。
　　三是如何处理城乡居民收入(消费)提高与投资水平关系。尽管改革开放以来居民消费保持了较快增长，但居民消费率(即居民消费占GDP比重)却呈不断下降趋势：1978年居民消费率为488%。20世纪80年代基本在50%左右波动，90年代后逐年下降，2007年以来一直维持在35%左右，而投资率则不断提高，2009年达到46.8%，消费和投资增速比例的扩大已经成为居民收入增长缓慢，进而内需不足，尤其是消费需求不足的重要原因。如何将投资转变为消费，通过城乡收入倍增，提高城乡居民消费率，实现宏观经济“三驾马车”，即消费、投资、出口协调拉动，是收入倍增计划的重点和难点。
　　四是如何突破农村土地、房屋、资源等产权制度。长期以来，城乡二元户籍制度不仅造成城乡居民在众多基本公共权益方面的不平等，而且使农村资源与生产要素价格被严重低估，农村资源与要素所有者或使用者的权益不是被剥夺，就是得不到实现。如何通过城乡联动的户籍制度改革，进一步理顺和明晰城乡各类资源与要素的产权关系，尤其是对包括征地制度、农用地制度、集体建设用地制度、宅基地制度在内的农村土地制度，农民住房制度以及农村社区集体经济收益分配等制度进行改革，以探索农村集体所有制的有效实现形式，进而实现和提高农民被低估的财产性收入，既是实现农村居民收入倍增的难点，又是突破口。
　　五是如何既实现居民收入倍增，又缩小城乡、行业、区域、阶层间收入差距。城乡二元户籍制度是城乡一体化发展的体制障碍，是造成城乡居民收入差距悬殊的主要原因；行业垄断，尤其是行政性垄断，则是导致我国行业间收入差距的主要原因；区域资源禀赋、基层设施和产业发展基础的差异导致了区域间居民收入的差距；而社会各阶层成员的劳动技能差异和权利不平等因索，是阶层之间收入差距悬殊的重要原因。如何破解上述体制性障碍，既是实现城乡居民收入倍增，又是缩小城乡、行业、区域、阶层间收入差距的关键和难点。