日本农产品流通有很多中间环节。从农家到消费者之前，奶产品需经过酪农农协、乳业加工厂商；蔬菜需经过农协、市场；大米需经过农协、政府、米谷业者。为了保障农户在产品流通中的利益，政府这只“手”始终发挥着作用。
早在1966年，日本就出台了《蔬菜生产上市安定法》，建立蔬菜基地，适时调节蔬菜价格，并保护菜农的利益和积极性。2010年3月，日本内阁会议通过了新的《食品、农业和农村基本计划》，提出要从增加农民收入的角度出发，创造新的商业模式。
目前，为了减少流通环节雁过拔毛，日本地方政府提倡农产品直销。比如山梨县政府，提供补贴和援助，鼓励农民发展第三产业，自己寻找直销渠道或者建立直销店。不少蔬菜直销店位于交通要道上，方便司机休息时购买。由于直销店产品比超市便宜不少，而且是新采摘的最新鲜产品，所以不少东京市民专程到这里来购物。
日本的农产品直销形态各异，有农民把产品放在自己家里，通过网络等现代科技手段直接销售给客户，目前，在日本网上购物流行，蔬菜网上销售也成为新生事物，只是消费者一次购买量要大，少了运输成本太贵，不划算。有的在农协的帮助下多家出资建立农产品直销设施，把农产品拿到设施里直接销售。记者去年曾参观过千叶县神崎町的农产品直销设施，面积仅几十平方米，大约有几百家农民的蔬菜和加工食品在这里销售，附近的市民徒步或开车到这里购买农产品，由于神崎町提倡有机农业，这里的蔬菜和加工食品大多是有机的，强调不用农药和化肥，虽然看上去这里蔬菜个头并不大，但由于确保食品安全，每天下午，这里人来人往显得十分热闹。
农产品直销，可把流通费用降到最低，市场价格可成为农民的全部收入，农民收入大幅提高；农产品直销，农民可直接定价，一般情况下低于经过诸多流通环节的商店零售价格，深受消费者的欢迎；农民在销售农产品的过程中可直接听到消费者对农产品的评价，对提高农民种田的积极性有很大帮助。这是一个增加农民收入降低菜价的最好方式之一。但日本小型城镇农产品直销搞得相对成功，大都市圈农产品消费因为需求量大，小规模经营的多数农家难以满足需求，大多要通过农协代理销售，经过诸多流通环节。总起来说，在日本蔬菜直销的数量还不够大，约为蔬菜总产量的10%左右。大米的直销量最大，截至2009年已占全国大米产量的36%。
日本的流通环节多虽然在一定程度上推高了菜价，但总体来说各个环节推高菜价的空间不大，因为无论农协还是批发商所占的比例都是固定的，农协因为不是盈利机构，而是代表农民利益的类似于工会的组织，不可能从中牟取暴利，批发商根据市场价格与农协谈判，最终只能赚取7%至8%的手续费，到了商场也只能在进货的价格上加40%左右，太高了卖不出去，同时也受日本反暴利法的限制。因此，日本的菜价总体来说是比较稳定的。主要影响菜价的因素是季节和气候。冬天新鲜蔬菜多在大棚里种，农民种菜成本高，自然新鲜蔬菜价格比其它时间要高上一倍左右，夏天干旱或发生水灾、虫灾等天灾，蔬菜收成不好，价格会贵一些。但这种情况不是太多，因为有进口蔬菜补充。进口蔬菜价格相对便宜。
日本的蔬菜自给率可达60%，剩下的部分依赖进口，日本为了控制外国蔬菜冲击本国蔬菜，进口外国蔬菜时关税很高，检查严格，而且限量，如果某种蔬菜收成不好，日本会根据情况调整蔬菜进口比例。日本的蔬菜价格居高不下主要原因是政府保护农民利益限制进口外国农产品的政策所致，好处是有关法规和制度比较健全，各个流通环节都不能牟取暴利，哄抬物价，农民利益也可以得到保护，菜价相对稳定。