随着“国五条”细则在各大城市的落地，房地产市场也出现了一些微妙的变化。从政策出台后的市场反应及效果来看，“国五条”面临四方面挑战。
其一，20%房地产所得税与稳定房价之间的矛盾。“国五条”要求住房交易严格征收20%的所得税的初衷是遏制房价，但其实际结果可能是推高房价。笔者认为，在房地产总体处于卖方市场的情况下，税负肯定要买方承担部分或大部。
从税收征管的角度看，只有综合性的个人所得税才是真正的直接税，才不会转嫁。而中国的个人所得税是分类课征。房产转让所得税是基于交易而课征的，存在税负转嫁的机会和可能。很多房地产中介机构的固定合同上一般都有这样的条款“因为政策变动所增加的税收成本应该由买方承担”。
可见，征收20%的所得税刺激房价上涨的观点是不无道理的。可能出现的情景是，在政策生效的初期，二手房交易市场会陷入僵局，因为买方无法承受新增加的20%成本而暂时采取观望的策略，而卖方同样不会承担新增加的税收成本。但二手房交易的成本大大增加，至少会刺激新房价格上涨。
其二，该政策促使很多家庭选择离婚的方式避税。根据各地的实施细则，家庭唯一住房可以免征所得税，因此，如果一个家庭有两套房子，离婚后每人名下只有一套房子，通过该方式可以减少税收损失。
相信绝大多数人在采取通过离婚的方式进行避税时，只是假离婚，但这样的行为是存在法律风险的，只要离婚的一方不愿意复婚，则这个家庭就难以“破镜重圆”。家庭和婚姻是社会的重要组织细胞，如果因为避税的需要而导致很多家庭解体，将带来社会不必要的混乱。
在房地产调控的同时如何不冲击现有的社会秩序？“国五条”的实施不得不面对这样的难题。
其三，20%所得税面临如何落地的难题。对住房交易征收所得税并不是什么新规定，2006年政府就出台了该项规定，2011年修订的《个人所得税法》也明确住房交易需要征收20%的所得税。这次“国五条”不过是重申了这项规定而已。
从2006年该项政策出台后的实施情况看，地方政府对此并没有积极性。因为征收20%所得税可能会影响投资住房的积极性，从而影响地方政府出让土地的收入。相比土地出让金的收入而言，征收20%所得税在政府财政收入中的比重是微不足道的，如果因为征收住房交易的所得税而影响到土地出让金的收入，则是因小失大之举。
从各地的实施细则看，大多数城市对20%的所得税政策都采取回避态度。即使是态度最积极的北京市对此也采取“弹性”处理：明确20%计征的条款，同时确定除商品房之外的保障房和公有住房等
“特殊住房”的原值认定方式。但在现实操作中，对于确不能提供房屋原值相应凭证，且主管税务机关通过税收征管、房屋登记等信息系统也未能核实房屋原值的，北京地税明确，依然可以以房屋交易价格按核定征收率1%计算个税。
“国五条”最具杀伤力的20%所得税政策可能是“重拳打在棉花上”。
其四，稳定房价与稳增长之间的矛盾。2011年第三季度之后，由于采取了有效措施，楼市价格的上涨势头得到很好遏制，但同时房地产投资也出现明显的下滑，尤其是住房新开工面积大幅度下滑，经济增长出现明显的下滑。受此影响，与房地产投资相关的诸多行业都出现了严重的产能过剩问题。
不仅如此，在房地产投资减缓的同时，土地出让金收入也减缓，地方财政出现困难，局部的、区域性金融风险隐患不断涌现。
房地产投资不仅关系到钢铁、建材等相关产业，而且关系到财政金融的循环。控制房价确保经济快速增长之间存在难以调和的矛盾。
从今年第一季度宏观经济运行看，消费、出口都不景气，唯有房地产投资出现较快的增长，楼价出现快速反弹的真实原因并不是所谓的“刚性需求”，而是货币放得太松了，2013年第一季度的社会融资总量达到了6万多亿，仅次于2009年第一季度。要控制房地产价格的快速上涨，最有效的途径是控制信贷和货币的投放，但这些都会影响经济复苏的步伐。
在全球经济依然不振的背景下，如何平衡稳增长与稳房价的矛盾是摆在执政者面前的一项重大挑战。