十八大之后，我国行政体制改革思路进一步理清，“大部制”呼之欲出。这将是改革开放以来我国行政体制改革又一次大动作，是“深水区”的作业，面临着四道难题。
    首先是权力整合难。本届国务院机构组成，除办公厅外，共有27个部门，特设机构1个、直属机构16个、办事机构4个、部委管理的国家局16个、直属事业单位14个，另外还有100多个议事协调机构，数量之多、类型之多、分工之细超过世界许多国家。
    这么多机构都是上一波改革的既得利益者，每个部委办局手里都掌控显赫的权力，掌管着丰厚的公共管理资源。实行大部制，解决政府机构职能交叉、重叠引发的政府管理问题，就要从现有行政机构把职能交叉、重叠的行政资源合并重组，变“九龙治水”为“一龙治水”。这些交叉、重叠的职能部门盘根错节，要整合这些行政资源，就像剥蚕丝一样，每一根丝都会触动一大片官场神经，稍有不慎，不是形成权力真空，就是形成新的权力交叉、重叠。大部制下，相关几个部的权力重新洗牌，整合到一块，既要大刀阔斧，又要心细如麻，做到平稳过渡，无缝衔接，无不是对改革者的政治智慧和操作水平的严峻考验。
    其次是人员分流难。在大部制下，机构减少了，官位势必也减少。这势必带来人员分流。而分流人员是历次机构改革最为棘手的事。毕竟，公务员是国家整体运行宝贵的人力资源，是维护正常国家秩序的保障和基础，公务员队伍的稳定，关乎社会稳定。
    若以1998年机构改革人员分流为鉴，则基本办法有带职分流、定向培训、加强企业和优化结构四种，显然都有不小的局限性。带职分流，就是定编定员后，超编人员保留职级，离开机关。那么保留职级后到哪里去呢？如果另外设置一些事业编制机构或者官办的中介、行业协会等消化这部分人员，搞体外循环，既增加了改革成本，又增添了新的“准”管理机构。定向培训，就是对离岗公务员进行会计、审计、法律、经济管理、教育管理等方面知识的正规培训，为走向新的岗位作准备。这个渠道仅是权宜之计，参加培训的人如果是年轻骨干，本应留在新组建的大部里，如果是“恶补”性质的培训，原本“底气不足”，培训后又能去哪里呢？而加强企业，就是选调定向培训后的人员首先充实工商企业、金融企业，以及财税、政法、市场管理等执法机构，文化、教育、卫生等单位和适应社会主义市场经济发展的社会中介组织。这又使上述这些机构人员膨胀。至于优化结构，就是通过人员分流，调整政府和企业、机关和基层人员的年龄结构、知识结构和专业结构，达到优化组合，全面提高公务员队伍和基层工作人员的整体素质。这一点是机构改革成败的关键。
    1998年的机构改革，人员分流大多流产。因此，机构改革人员分流的方法恐怕不可再继续沿用，而需要谋划新的分流方式。
    再次是机制磨合难。追踪溯源，大部制组织架构设想并非是机制上的创新。早在上世纪50年代，已有国家经委这样的大部委设立；2003年国家设立商务部，就是将原外经贸部、国内贸易部以及原国家计委、国家经贸委的部分职能整合组建之举，可以视作大部制的“热身”。一个整合了不同部门利益的强势大部委，可打破现有部门利益格局，消解部门之间挈肘因素，压制部门利益追求冲动，从更宏观和科学的角度进行政策决策、执行和监督。
    可是，专家们担心，大部制不是简单地等同于部门拼凑，而应有更深刻的理念跟进。过去的大部委运行之所以不尽如人意，原因就在于与旧有的行政思维过多妥协。新的大部委理应具有新的执政内涵，避免以新“大”代替过去的旧“大”。
    大部制绝非几个“小部”的简单叠加，如果是那样的话，在大部制下，原来的“部”降格为“司”，但手中的权没有变，仍然行使过去“部”的职权，改革就没有意义。在大部制下，机构内部、外部，上下之间的磨合，与上级机构设置如何对接，怎样才能不重复、不重叠等等，都是改革非得解决不可的问题。
    此外，还有运行监督难。实行大部制管理后，权力和财力势必更加集中，一个部门的权力更大了，能不能建立起有效的权力约束机制，能不能有效遏制部门利益，怎样防止因权力过度集中而产生的腐败问题，成为影响改革的一大关键因素。
    大部制机构设置，有可能通过改变组织形态来抑制部门职能交叉、政出多门、相互扯皮的问题。但也有人担心，大部制改革也可能把分散的部门利益，积聚为集中的部门利益。如果某部门变为一个权力很大的超级部门，难免“尾大不掉”，对它监督恐怕会更加困难。
    无疑，如何建立健全决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调的权力结构和运行机制，是大部制改革最为关键之举。