改革开放以来，我国已有2.53亿农业人口转移到非农产业，成为处于城镇中的特殊群体——农民工。如果说农业人口非农化转移与永久性乡城迁移相脱离，以低劳动力成本支撑了中国工业化发展，那么在新的历史条件下，这种分离的负面效应日益显现。推进农业转移人口市民化已成为现阶段转变经济发展方式，促进中国二元经济转型的关键。
农业转移人口市民化受到城镇综合承载能力的制约。受中西部中小城镇就业承载能力不足的影响，农业转移人口大多流向东部地区和大城市。2011年在东、中、西部务工的农民工分别为16537万人、4438万人和4215万人，分别占农民工总量的65.4%、17.6%和16.7%。流入东部地区的农民工绝大部分进入了京、津、沪三个直辖市和广东、浙江、江苏、山东等省份。发达地区和大城市虽然就业机会较多，但生活成本也高，农业转移人口难以永久性迁入。受资源环境承载能力的限制，大城市、特别是特大城市的户籍门槛随着外来人口的增加也日渐提高。
就业稳定差、收入水平低，与在城镇永久定居、承担高生活费用的矛盾。2011年农民工从事现职累计不满1年的占22.7%，1-2年的占43.1%，二者合计高达65.8%。由于对非农就业没有长期稳定预期，农业转移人口缺乏人力资本投资的动力和融入市民社会的意愿，也难以放弃农业经营。而企业培训、社会保障、进城落户等都与农民工的就业年限高度相关。2011年农民工家庭人均工资收入为10508元，远低于城镇居民人均消费支出的15161元。由于工资水平低，农民工难以承担举家定居城市的生活成本，不得不让老、妇、幼留守农村。
土地制度及其功利性改革措施，与推进农业转移人口市民化相矛盾。现有征地制度征地范围广，补偿标准低，土地补偿款难以弥补市民化成本，低价征地高价出售又抬高了房地产价格，增加了农业转移人口的居住成本；收回承包地的规定提高了农业转移人口市民化的机会成本；包括宅基地在内的集体建设用地的流转限制，不仅使农业转移人口无法获得土地及房产的增值收益，不能为其定居城市提供财力支持，还导致农村土地资源的严重浪费。
近年来各地土地制度改革多把着眼点放在争取更多的城镇建设用地上，具有很强的功利化色彩。第一，发达地区的征地补偿远高于国家规定的补偿标准，由于缺乏对土地增值收益的合理分配，有些农民一夜暴富，加大了发达地区征地农民与城市居民、边远地区农民的利益矛盾，而且由于土地增值预期的提高，农民更加不愿转让土地；第二，现阶段我国许多地区实行的“土地换社保、土地换住房”改革难以得到农民的积极配合。随着土地增值潜力的不断增长，农业转移人口放弃土地获得市民身份的机会成本越来越高。据国务院发展研究中心的一项调查，84%的农民工希望进城定居后能保留承包地，67%的农民工希望能保留宅基地。第三，当前城镇建设用地增加与农村建设用地减少相挂钩的政策，没有与吸纳农业转移人口的数量结合起来，造成人口输入地与输出地之间人口与土地资源配置的严重失衡。
公共服务均等化需求受地方政府满足需求的动力和财力不足的制约。尽管农民工已在城镇就业，却只能分享城镇基础设施、公共交通、社会治安等非排他性公共服务，却不能享有与城镇户籍捆绑在一起的政府补助性住房、子女在公立学校就学等排他性公共服务。农业转移人口享有与城市居民相同的排他性公共服务，必将大幅度增加地方政府的财政支出；随着农业转移人口规模的扩大，非排他性公共服务供给也必须大幅度增加。但是城镇公共服务经费依户籍人数而定，地方政府没有动力、很多地方政府也没有多大潜力为农业转移人口提供公共服务。
农业转移人口市民化是一项宏大而复杂的社会系统工程。既要根据各地实际提出具体对策，又要根据我国二元经济转型与现代化建设全局，进行战略谋划与顶层设计。
把城乡、产业、城镇、区域结构调整结合起来，提高城镇综合承载能力，为农业转移人口提供就业岗位和生活空间。引导产业向中西部中小城市及镇梯度转移；以城市群为主体，实现大中小城市协调发展；注重资源节约与环境友好，实现城镇可持续发展；统筹城乡发展规划、产业布局和公共服务。
把劳动力市场建设，与对农业转移人口的人力资本投资相结合，提高农业转移人口的市民化能力。应建立统一开放、竞争有序的劳动力市场，切实保障农业转移人口的合法权益；同时应建立完善农业转移人口的人力资本投资机制，提高其从业竞争力。
深化土地制度改革，在保护农业转移人口土地权益的同时，促进农业规模化经营。第一，处理好城镇建设用地与粮食安全、农业现代化的关系。完善耕地补偿制度，加强耕地质量建设，建立健全耕地保护和建设的长效机制；科学规划、集约用地，限制城镇用地盲目扩张。第二，合理界定公益用地范围，根据同地同价原则，按照土地市场价格确定征地补偿标准。第三，培育城乡统一的建设用地市场，保障农民依法享有集体建设用地的收益分配权。第四，在不改变所有权性质的前提下，强化承包地和宅基地的用益物权属性，积极探索农业转移人口依法处置承包地和宅基地的有效形式。
把加强公共服务供给与财政体制改革相结合，逐步实现公共服务均等化。第一，探索过渡性农业转移人口的公共服务制度，逐步实现城镇基本公共服务全覆盖。第二，构建财权与事权相匹配的财政体制。提高地市与县级财政能力，增加市辖区公共服务的财政投入力度，提高经济强镇税收留成和土地出让金的比例，逐步实现人均公共财政支出大体相等。第三，通过按常住人口安排财政转移支付和增加直接税等改革措施，形成地方政府吸纳外来人口的激励机制。第四，设计与土地流转、土地增值，以及与土地使用有关的税种，规范土地财政为税收财政，合理分配土地转变用途后的增值收益，为公共服务均等化提供财力支持。