营改增被认为是我国税收改革最重要的抓手，也是日后我国税收、公共财政的风向标。
营改增的目标是减轻企业负担，发展服务业。减轻企业负担是为了让利于企业，发展服务业是为了调整经济结构。更重要的是，营改增是调整地方与中央财政税收分成的先兆。
根据试点情况，营改增存在两大问题：一是某些行业税收增加；二是地方财政收入减少。如果不改变这些问题，将衍生出两大负面效果：税收增加的企业抵制营改增，进而误解税收改革；地方财政收入下降将导致地方更加依赖土地财政，地方政府或者暗中反对营改增，或者放开手发展房地产业，两者必居其一。
营改增后交通运输行业的物流企业负担大增。
据测算，上海启动“营改增”试点后，物流行业的实际税负成本增长了近一倍。原先适用3%营业税的交通运输业，其税率上升到11％，由于交通运输企业的大型运输工具不需要每月采购，燃油费、过路费等在抵扣增值税时相对严格，营改增意味着物流企业税收负担上升8个百分点左右。据武汉市国税局介绍，试点仅一个月，物流运输行业试点首月申报缴税8260万元，平均税负达到了5.55%，较原3%的营业税税率偏高。
营改增之后，地方税收收入将减少。为推广营改增，目前的权宜之计，是将营改增之后的收入全部返还给地方政府，此举不可能长久。即使保持目前营改增收入全部纳入地方财政篮子的格局不变，营改增的降税负担也将落到地方政府头上，从理论上地方政府要补贴税收负担加重的企业。2013年许多试点省市纷纷下调财政收入目标，为未来改革留空间。从长远看，营改增后，不可能保持目前的返还制度，地方与中央政府的分成比例必然重新划分。
如果不降低物流等行业税负，不改变地方政府补贴的复杂，很难摆脱指责；如果不尽快建立地方政府的合法合规的税费、预算体制，营改增将加剧地方财权与事权不匹配的沉疴，地方政府依靠土地收入、隐性负债平衡财务的现象将愈演愈烈。
营改增在试点过程中的微调值得关注。微调能够体现中央政府减税与加强服务业的决心，也能够细致地体现出改革主导者改善中央与地方税制、建立合法合规的地方税收体制的努力。目前微调未现端倪。
1月11日，《21世纪经济报道》披露，“江苏省财政厅厅长刘捍东在全省财政工作会议上表示，营改增中涉企税负增加的现象，将从2013年起得到彻底的解决，在交通运输物流业，将全部执行一般纳税人的简易征收办法，增值税率为3%。”
此消息引发其他试点省市与交通运输业内巨大的反响，企业翘首以盼。然而，三天后《羊城晚报》报道，“江苏省财政厅有关人士表示，刘捍东在会上只是表达，要就营改增交通运输企业税负增加问题向国家财税部门提出实行简易征收办法的建议。”看来，交通运输业负担上升、补贴手续繁杂还将上演。
中央与地方政府必须划分新的税收分成机制，同时在严格预决算的基础上，建立能够满足地方财政所需的新税种。如果地方政府财政收入下降，而地方投资规模并未因此下调，房地产市场价格更高、风险更大，各地地方政府将继续通过盘活土地资产的方式解决目前的收入困境。另一方面，如果中央政府掌握财权越重，转移支付的力度越大，各地财政空间越小。
未来，必须有一套税费体系应付地方财政所需，地方政府才能在合法合规的基础上治理。营改增是在不引发大的利益调整的前提下转变经济结构，而房产税未来必然是高房价地区的重要税收来源。