中国的城市化进程是与工业化和国际化同步的新型城市化，作为城乡二元结构的特殊主体，迁移农民成为转型过程中制度变迁的核心。迁移农民一方面为城市化发展提供了必要的土地和人力资本，推动中国经济快速发展；另一方面，没有得到有效保障的迁移农民带来了“城中村”等社会问题。如何切实保障迁移农民的权益，实现城乡协同发展，将成为影响未来区域经济发展和公共政策制定的关键。
衡量城市化发展水平的静态指标是城镇人口的比例，而指标背后承载的则是人口的迁移、生活方式的改变以及文化的融合。
形成农民迁移的原因主要有两种类型：一种是被动迁移，处于转型期的地方政府，出于对区域产业布局优化及城镇发展的需要，通过征地补偿和集中安置的方式，将农民与自身的土地使用权相分离；另一种是农村富余劳动力从土地中自发解放出来，进入第二三产业获取更高的经济收益，此时也会出现离开本土的外出主动迁移情况。
当原有土地的农业投资收益或征用补偿难以满足未来职业转换的资本积累和养老需求时，迁移农民事实上已经失去了“农民”的身份，只能依靠自身的人力资本获取未来收益，此时迁移农民就处于难以返乡的“半边缘化”状态。进入城市后，如果能够通过长期劳动合同获得稳定的经济收益，并享受教育、卫生等公共资源，获得城市的身份认同，那么“半边缘化”状态就会消除。相反，如果迁移农民受到收入、文化特别是户籍制度等限制，不能享受就业地区的公共福利，就会造成既不能融入城市又难以返乡的两难境地，被“完全边缘化”。为了生存，被“边缘化”的迁移农民会在消费相对较低、文化氛围接近的地区聚集，形成“城中村”等特殊的城市化弊病，成为制约和谐社会发展的瓶颈。
当前迁移农民“边缘化”的根源在于城市化进程中没有很好地缓解城乡二元体系下公共资源供给水平的差异。由于城乡之间存在社会福利缺口，农民在迁移过程中就面临两重的公民待遇：如果就高标准，会给城市发展带来巨大负担，城市不得不通过设置迁入门槛减低人口数量；如果就低标准，又会给农民适应城市生活带来障碍，农民的迁移权没有得到很好保障。
由于当前城市经济社会发展的平均水平远高于农村，社会整体的公共服务还处于相对缺乏的状态，因此学界解读农民迁移权的时候突出了对农民入城后的权益保障，而忽略了作为农民所具有的潜在收益水平，也就是农民迁移的机会成本，例如农村宅基地使用权、土地承包经营权等原有利益。如果能够有效地将农民迁移的机会成本与城市社会公共服务资源进行合理的转移和置换，将大大缓解农民迁移过程中面对的城乡社会福利缺口。
另一方面，正常的城市化进程都会经历城市化、郊区城市化、逆城市化、再城市化的过程，农民迁入城市仅是城市化发展的前期阶段，随着大城市病的涌现和中小城镇的发展，可以预见的过程是迁入城市的农民还会选择性地迁出城市，此时如何将城市的公共福利获取权转换为城郊、甚至农村的收益权利，也是农民迁移权益保障的重要内容。因此，切实保障农民迁移权的关键不是尽量降低城乡之间的社会福利缺口，这个缺口会随着社会整体发展水平的提升而逐步缩短，而是建立城乡二元体系下的公民权利价值转换体系，即农民如果进城放弃农村的相应收益，就将获得城市居民的相应权利，相反城市居民要进入村镇也能获得对应的权益。
我国城市化是立足于工业化和信息化不断发展，而区域经济发展水平差异较大、市场经济体系尚不完善的背景下的产物，因此难以推行完全市场经济国家所采用的土地私有和名义户籍制度。保障迁移农民权益必须将政府的行政协调与市场的价值规律有机结合起来，优化现有的户籍以及相关配套政策，逐步建立和完善城乡之间的要素配置市场，其中最为关键的就是土地流转市场和劳动力配置市场。
土地是农民拥有的最重要资本之一，如何将农民的土地转换为入城的资本，现有的途径往往是通过政府向集体征地，再进行补偿分配的方式完成，这种方法最大限度地发挥了区域土地布局统筹和优化，但难以解决个别农民迁移的土地置换补偿要求，因此政府可以通过建立土地资源流转中心等职能组织，将分散的小块土地吸纳、置换、整合，再进行流转、补偿分配，将农民的土地收益权，特别是农村宅基地使用权、土地承包经营权等转换为城市中经济适用房、廉租房等公共配套资源，完成流转农民的权益保障。
人力资本有机转换机制也是迁移农民权益的重要保障机制，对于具有专业技术或对于迁入地经济社会发展有所贡献的外来务工人员，通过相应的人才评价机制对其人力资本进行衡量并赋予相应的城市公共资源。这也是当前许多城市改革的方向。
此外，对于城市化发展水平较高、城乡公共服务资源水平接近的地区，也可以采用一元化的户籍制度改革，即实现城乡统一公共服务和社会保障，这最大限度降低了农民迁移利益上存在的城乡差别，让农民的迁移决策更多地取决于个人因素而非制度的约束。一元化户籍的优势在于保障城乡之间的双向通道，对城市化后期的发展进行了开放性的制度创新。