省联社在2004年以来的农信社改革过程中，充分发挥了管理、指导、协调和服务的行业管理职能，发挥了积极的历史作用。在管理目标多元化（目标之间还不完全一致），可用的有效工具不足的情况下，省联社管理难免出现“越位、错位和缺位”的现象。随着大量农信社转制为农商行后，省联社与农商行之间的冲突开始增加，主要集中在以下三个方面：
一是中后台的效率问题。分散的小规模农信社很难实现金融业务发展所需要的规模效应，省联社具有集中全省力量提供中后台服务的规模优势。但不同地区农信社业务水平差异较大，特别是城郊区转为农商行的机构，其对中后台（主要是清结算等IT系统和产品开发）的效率提出了更高的要求。省联社从成本考虑，同时当心农商行最终脱离省联社的管理
（目前并不明确），并没有动力为效率较高的农商行提供高规格的中后台服务。这些农商行或者自己开发中后台系统，或者积极与其他股份制银行合作。省联社的中后台服务能力与部分农商行的需求出现了差异，冲突逐步累积。
二是人、财、物的管理问题。为了有效控制风险，省联社往往从人（有些省联社只管高管，有些管到一般员工，有些则对任何人员包括临时工都管）、财（包括对闲置资金的集中使用和超过一定金额的贷款审批）、物（主要是对固定资产的管理）等三个方面对县级农信社（农商社）进行管理。在这种管理方式下，有利于防止地方政府干预以及控制风险，适合于管理能力较弱的农信社，但对于效率较高的农商行，特别是股东有较强管理能力的农商行，则带来了一定的冲突。
三是农商行股东利益和省联社利益的冲突。股份制是从单个法人机构出发，以股东利益为重点，兼顾社会、员工等利益，与农信社（农商行）的部分政策属性、省联社的主管
（考虑全省行业的发展）及监管（即包括业务上的监管，也承担着省政府风险化解的职责）目标并不完全一致（与行业服务和银行总行的职责相一致的较多）。省联社市场化的管理手段有限，通过服务实现管理的观念还没有形成，有一些省份行政性手段运用得较多，甚至存在过分干预的现象，加剧了两者之间的利益分歧。
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政府在农信社系统中角色转变需要尽快推动农信社系统改革 |
政府尤其是省政府在2004年以来的农信社系统改革中发挥了重要作用。一是协助农信社收回不良贷款，尤其是政府融资性不良贷款；二是协助农信社化解历史包袱，包括通过税收返还、现金捐赠以及资产置换等方式提供扶持资金，协助推动农信社增资扩股，部分省市甚至筹集专项风险资金，为农信社系统建立风险资金；三是省政府管理为农信社提供了信用保证，事实上提供了隐性担保，提升农信社的信用度；四是帮助解决了土地、房产等资产确权工作等历史遗留问题；五是部分省市取消歧视性政策，并给予一定的业务支持和补助。允许涉农部门和单位在农信社开立存款账户，允许将各类涉农资金通过农信社管理和发放，允许财政预算外资金存入农村信用社。
但农商行（农信社）经营状况好转后，政府对发展好的法人机构开始有诉求了，对其支持地方建设有一定的要求。此外，地方各种外部检查频繁，有更强的干预动机。除省联社和银监局加大检查力度外，人行、税务、财政、审计、行风评议、效能监察等，对其日常工作开展有一定的影响。部分地方甚至出现某一年所有的县级信用社理事长全部由监管部门指派的现象。为此，需要尽快推动农信社系统的改革，用制度的方式明确政府各级管理部门与农信社之间的关系。
农信社目前面临的困境，有相当部分是行政性宏观政策以及宏观部门政策不协调带来的，是所有金融机构都普遍面临的问题。如贷款规模管理给农信社的业务拓展带来额外约束。除部分地区
（如内蒙古）信用社（含农商行）的存贷比较高外，大部分地区的存贷比普遍较低，但受贷款规模的严格限制，制约了农信社（农商行）业务的扩张。
其次，省联社市场化的管理手段有限，通过服务实现管理的观念还没有形成，有一些省份行政性手段运用得较多，甚至存在过分干预的现象，加剧了两者之间的利益分歧。
另外，县级法人的治理机制与其运行模式存在差异性。我国地方差异较大，并不是所有县都具备设立法人机构，也不是所有经营好的农信社都应转化为农商行，放弃农信社原有的品牌和管理模式。实际上，相当部分农商行的内部治理机制的约束力有限，有些甚至只是具备形式。农信社选择改制为农商行，除了政府和监管部门大力推动外，一方面是为了能获得跨区经营的便利，另一方面则是希望引入外部股权，通过溢价的方式解决资本和历史包袱（经营好的农信社也有溢价，通过改制来增资扩股的意愿并不强烈）。但是设立农商行后，需要按照股份制银行设立部门，强调组织的完整性，管理人员从原来的三四个增加到十几个，管理成本（工资和协调成本）大幅增加。由于农信社吸引的大部分外部股东的金融知识和管理能力有限，不能很好发挥股东的约束作用，但更加强调盈利和关联贷款要求。在股份制改造过程中，还涉及股东人数不能超过200人，员工持股比例受到严格限制等。
从农信社改革方面，不同管理部门对农信社（农商行）的不同理解，导致不同的政策设计，影响了农信社的改革。如农信社与农商行在服务“三农”及小微企业方面，政策并没有根本改变，都要求“两个不少于”，这反映了监管部门对农信社和农商行的业务定位。但农信社转制为农商行后，不再享有农信社的法定存款准备金率（一次性提高了4个百分点，显著增加了农商行的综合成本）和所得税优惠（农信社不需要缴纳所得税，农商行需要缴纳），改制的直接成本是很高的。在全国范围内，虽然高度认可农信社支农的政策性意义，但在具体政策方面，却不能享有与国有银行一样的政策优惠。如农信社接收、处置抵债资产，农信社向资产管理公司出售不良资产，不能享有税费减免政策。