构建财权与事权相顺应、财力与事权相匹配的财税体制，是“十二五”时期公共财政体制改革的关键，是推进基本公共服务均等化的体制保障，也是完善社会主义市场经济体制的应有之义和重大事项。笔者认为，改革的主要内容包括：合理调整政府间财政收入划分；以房地产税、资源税等充实地方税体系；完善纵向财政转移支付制度和改进横向转移支付制度；完善税源总分制度等。
财政体制中的财权配置是保证各级政府有效履行职能的重要制度安排。需要按照贯彻落实科学发展观、推进和谐社会建设的要求，考虑税种属性，兼顾各地区间利益分配关系，理顺中央与地方收入划分，促进经济发展方式转变与统一市场形成。
从总体上看，应努力使税基划分合理化，酌情减少共享税。同时，将有利于收入分配调节、推动经济发展方式转变、促进资源永续利用以及统一市场形成的税种，确定为中央固定收入。
具体而言，中央政府为履行宏观调控职能，应当掌握有利于维护统一市场、流动性强、不宜分隔、具有收入再分配和宏观经济“稳定器”功能的税种，如个人所得税；有利于贯彻产业政策的税种，如消费税；与国家主权相关联的税种，如关税。地方政府为履行提供区域性公共产品和优化辖区投资环境的职能，应当掌握流动性弱、具有信息优势和征管优势、能与履行职能形成良性循环的税种，如不动产税等。2011年初已在重庆、上海启动的“房产税”改革试点，将具有多方面的、长远的正面效应，其中之一是可望由此为起点逐步打造中国地方税体系中作为主体税种、财源支柱的房地产税制度框架。
在逐步完善税制过程中，应充实地方税体系，适当壮大地方税收收入，提高地方公共服务的保障能力。地方税主体税种税基应较广、收入稳定、规模较大、具有非流动性且税负不能转嫁，使本地的税负落实到本地居民身上，把地方公共物品的成本和效应较好地联系起来。一段时期，我国地方税主要税种可考虑主要由以下四项组成。
一是营业税。随着经济发展水平提高，第三产业的发展动力加大，与此密切相关的营业税也有较大的增长空间。作为省级为主掌握的税种，有利于调动地方协调推进辖区第三产业发展的积极性。但此税将逐步被增值税“扩围”改革所取代，以助益于减少第三产业中现存的重复征税因素，促进第三产业更好地发展和实现总体产业结构升级优化。
二是积极试点开征房地产税，即已进行“空转”试点的物业税（不动产税），也即重庆、上海从现行“房产税”切入的改革试点。从前景看，将房地产税、土地使用税合并为物业税后，由于计税依据、税率、课税范围等发生变化，收入数量将会有显著增加。特别是有利于把地方政府主要注意力，引导到按市场经济要求优化本地投资环境和公共服务上面，形成地方政府行为与经济发展、市场机制不断完善的良性互动长效机制。作为财产税类主体税种的房地产税还有利于促进房地产业健康发展和优化调节收入分配。
三是城市维护建设税。其计税依据的改变和课税范围的扩大，方向是适当提高其在地方财政收入中的比重，适应城镇化过程和经济社会发展，成为地方税体系中的主体税种之一。
四是适时实施和扩展推进资源税改革，在促进资源合理开发节约使用和环境保护的同时，增加地方特别是中西部具有资源比较优势而经济欠发达地区的税收收入。2010年下半年，此项改革已在新疆先行。今后工商业不够发达然而资源富集的西部，可望以此税打造地方税体系的支柱。
此外，正税清费，进一步推进税费改革，应研究赋予地方政府对某些税种的选择权，以及适当调整地方税种、税目、税率等税收政策的管理权。
加快发展健全规范的中央、省两级自上而下的财政转移支付制度以及必要的“对口支援”等横向转移支付，发挥其作为有效的财政均衡制度的功能。
“十二五”时期，完善政府间转移支付制度应突出三项内容：一是继续扩大一般性转移支付资金规模，对一些名不副实的专项资金进行撤并。二是清理整合专项转移支付项目，尽可能减少项目支出的交叉、重复，严格控制新设项目，必须设定的项目要做到资金安排和制度建设同步进行。同时，进一步完善“三奖一补”政策，调动地方克服县乡财政困难的潜力，强化基层政府服务“三农”的能力。三是完善现行的转移支付，尽量采用客观的量化公式和能够反映各地客观实际的统计指标，针对各地区不同的主体功能，把对于农业区域、生态区域的转移支付支持，进一步制度化、规范化。
同时，应加快研究建立生态补偿的横向转移支付制度，即在经济和生态关系密切的同级政府间建立区际生态转移支付基金，通过辖区政府之间的相互协作，实现生态成本在区域间的有效交换与分担。区际生态转移支付基金由特定区域内生态环境受益区和提供区政府间的财政资金拨付形成。拨付比例应在综合考虑人口规模、财力状况、GDP总值、生态效益外溢程度等因素的基础上确定。生态基金必须用于绿色项目。如果实行区际生态基金的区域内有国家级的生态保护工程，中央政府也应在生态基金中拨付一定的财政资金作为管护费用的补偿。此外，在特定流域的上、下游之间，生活用水的水源地和使用地之间，还可通过上级协调、专家参与谈判，建立“一对一”的横向生态补偿制度。
完善企业所得税税源总分制度，破除制度壁垒。实行法人所得税制度是新的企业所得税法的重要内容，为了有效解决法人所得税制度下税源跨省市转移问题，财政部等部门制定了《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》（财预[2008]10号）等文件，规定跨区企业的总分机构当期应纳税额，地方分享部分分成三块：25%由总机构所在地分享，50%由各分支机构所在地分享，25%按一定比例在各地间进行分配。
跨省市企业总分机构实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的纳税方式。该方式在一定程度上促进了地区间税收公平，但造成了总机构与分支机构主管税务机关的不一致，进而引发跨区总分机构的企业所得税归属和征管权之争。今后应当从平衡两套征管系统和地区之间利益博弈角度进一步改革税源总分制度，将收入任务、管理事项等相关责权利进行合理配置，调动分支机构主管税务机关的管理积极性，并实现更为合理的利益均衡。