经济发展，表现为连续不断的产业结构调整、转型和升级的过程，这个过程必须以科技创新和技术进步为基础。要真正实现科技推动经济发展，提升我国经济的科技含量，科技体制改革是前提。

　　（一）科技体制改革的目标：科技与经济相融合

　　多年以来，我们对国家科技改革注重中间过程和手段，对科技创新的评价也是如此。一是我们在科技方面投入了多少，科技投入占GDP的比重是什么状况，与国外的差距有多少；二是我们的投入以多种国家重大科技计划的形式，完成了多少个课题和项目，而这些项目获得了哪些奖励、发表了多少篇论文、申请了多少专利，而这些科技项目的市场化、产业化情况则往往无人问津。
　　科技体制改革应有两个重要使命：一是推动基础科学的发展，为应用型科技研发提供后续支撑，提高我国科技的国际竞争力和主动权；二是实现科技成果产业化、市场化，加快科技与经济的融合，而不是满足于无法产业化的论文、实验室成果。第一个使命最终也是为第二个使命服务的，但是在长期意义上的。不以产业化为导向的应用型科研是对有限财政资金的极大浪费。把科技成果市场化、产业化定位为科技体制改革的目标，这是从根子上改变科技与经济“两张皮”的必由之路。只有真正实现科技成果产业化，科技是第一生产力才会变成现实。否则，无论怎样的科技体制改革都将是失败的。
　　科技与经济相融合有一个过程。这其中有历史文化、社会传统观念、经济体制、教育体制以及科技创新风险等诸多因素的影响。但科技体制改革及其目标的确立，直接制约着科技与经济相融合的程度。强调科技投入、强调企业在科技创新中的主体地位、强调开放合作，等等，这些都是必要的，但这些也只是路径，不是目标。只有明确了科技体制改革的目标，才可能避免迷失方向。“条条道路通罗马”，只要有了清晰的目标，达到目标的路径和方式是多样化的，可以做出各种选择。对于科技投入、产学研结合、企业创新中心的设立等等，都应当围绕科技与经济 “两张皮”是否得到缓解，科技与经济融合度是否得以提高为最终衡量标准，而不能把投入了多少、产学研项目有多少、企业创新中心设立了多少等等这些东西当作目标本身。只有这样，才能避免形式主义的改革，避免科技体制为改革而改革。

　　（二）科技体制改革的起点：政府定位

　　科技体制改革如何起步，关键在于政府的定位，即在整个科技创新过程中，政府到底应担当一个什么样的角色？其发挥作用的领域到底在哪里？应发挥怎样的作用？等等，这是科技体制改革的基础。一旦出现政府错位、越位和缺位，科技体制改革的目标将无法达成。
　　从科技领域来说，政府与市场的分工应当是：政府领方向，市场为动力。政府要紧紧把握国家科学技术研究的战略方向，为各类科技创新主体创造良好的环境。就像“蘑菇理论”所说的，政府应当是为蘑菇的生长创造良好环境和条件，而不是直接去干预一个个蘑菇。有了适当的温度、湿度、土壤和载体，蘑菇自然就会生长出来，而且可以长出不同的蘑菇。科技创新同样如此。科技体制改革就是要形成这样的环境和条件，让科技创新如雨后春笋般自然成长和发展。
　　从全球科技发展现状和我国现实情况来看，政府应重点抓一下几个方面：
　　一是国家科技创新的整体战略。这包括国家科技创新的方向、重点、主体及相关的科技产业政策。为了保证科技创新发展战略的科学性和避免政府部门之间的掣肘，有必要成立国家科学技术咨询委员会，将现在实际上从属于科技管理部门的咨询系统转变为直面向国务院的科技战略决策智库，形成超脱于部门的独立科技咨询系统。国家科技咨询委员会由来自政府、科技界、经济界、企业界及其他相关领域的战略专家组成，为国家提供科技发展战略和科技政策方面的决策咨询，在重大科学技术问题和发展方向的选择、布局等方面发挥实质作用，形成科技咨询系统、政府科技管理部门与财政部门相互协调支持、相互制约的国家重大科技决策体系。同时成立若干专门委员会，由各个学科领域的杰出科学家组成，针对经济社会发展中凸显的重大科学与技术问题向政府提出包括重大计划和项目立项等相关建议；设立动态专家库，尽量囊括各个学科领域的优秀专家，就相关科学与技术问题为政府提供多层次的咨询服务，并参与科技计划与项目执行过程的技术监督。
　　二是完善科技创新的法律体系建设，建立有效的知识产权制度来保护创新。知识产权制度是一个国家推动科技创新的重要保护制度。如果没有这样一个有效的制度安排，创新主体在对创新的成本和收益进行权衡时，很轻易就会终止创新行为。知识产权保护体系应该包括对知识产权的所有权、收益权的保护和对知识产权的使用权和交易权的保护。要让法律覆盖研发活动从起始到中间产学研合作，再到研发成果转移和新兴企业产生的整个过程。只有在完善的法律体系保护下，中小企业和创新型企业才能获得良好的发展环境。如，它们可以更加便捷地通过技术转移获得新的科研成果；它们可以与科研机构和大学合作研发，将科研成果用于自身发展；知识创业企业可以通过产权交易来获得充足的启动资金，降低创业风险，等等。
　　三是打破垄断，建立创新、开放、竞争、有序的市场环境。科技创新中，政府应是科技创新的保护者、相关配套制度的建设者、创新文化的倡导者、重要基础设施的投资者以及具体科技创新与产业政策的制定者，而不应是科技创新工作的具体从事者。政府发挥作用的着力点应是巩固和加强基础研究和重点共性技术研究工作，为技术突破提供支撑；加强互联网、通信、数据库等基础设施建设，为科技创新提供基础条件；推进重点领域和关键环节的体制机制改革，着力消除历史形成的行业性垄断和部门分割对科技创新带来的约束和限制，在全社会建立一种有利于创新的社会氛围，让所有创新者都有动力和条件从事各种创新活动。

　　（三）科技体制改革的中心环节：建设以企业为主体的创新体系

　　企业是价值创造的主体，是科技成果转化为现实生产力的最终落脚点。有研究表明，发达国家技术创新动力中，有22％源于科学与技术自身的推动，47％源于市场的需求，31％源于生产上的需求，也就是说近80％的技术创新成果源于市场或生产上的需求。由此可以看出，建立起以企业为主体的技术创新体系是市场经济条件下的唯一选择。这些年来，“以企业为主体、市场为导向、产学研用相结合的技术创新体系”得到了国务院的高度重视。中央各主管部门在各自领域也进行了一些相关的政策实践。
　　但是，在条条块块相互分割的科技行政管理体制下，以企业为主体的技术创新体系建设存在诸多形式主义倾向，表现在：
    一是以企业为主体更多地是强调了企业的投入。从一般逻辑的角度看，没有问题，企业对科技投入多了，证明以企业为主体的技术创新体系初步建立了。但考虑到体制因素后，这个逻辑就有问题了，因为目前我们很多科技计划项目都是政府确定的，而不是以企业自身的技术创新需求为主导。在这一体制背景下，企业在政府的引导下加大投入，是企业帮助政府分担了科技创新的风险，而不是政府分担企业的风险。
　　二是“企业被参加”。一些国家重点科技计划申请过程中，从申报资格上要求申报单位中要有企业参加，但这些项目本身一般是国有科研院所为主导，企业参加，很多时候是为了申请项目的需要，是为了获取得政府的科技经费，而不是真正意义上的源于企业的生产或市场上的技术创新需求。有钱大家分，企业当然也乐意参与。这种做法异化了参与者的目标，不是创新，也不是产业化，而是合伙获取政府科技资金。科研院所有了项目，就有了资金，大家就有事情干，科研院所的运转和科研人员的福利也就有了保障。在这种体制下，真正的科技创新通常是偶发的，难以形成普遍的活动，更谈不上科技与经济的融合了。
　　三是在政策支持的具体对象上，“以企业为主体”中的企业，更多强调了国有企业，而忽视了民营企业；更多地强调了大企业，而忽视了中小企业。从科技创新的历史来看，民营企业、中小企业是科技创新的重要主体。例如，从爱迪生发明电灯泡，到贝尔发明电话，再从通用电气公司制造喷气式引擎到谷歌这样的互联网工具问世，都是民营企业、中小企业在唱主角，并成长为国际巨头。在我国，与民营企业相比，出于业绩考核及垄断等多种因素的影响，国有企业科技创新的动力不足，但在以政府为主导的科技资源的配置中，国有企业在获取科技资源方面，具有先天优势。如此方式支持企业的话，有限的科技资源难以发挥其应有的作用。
　　建立以企业为主体的技术创新体系，除国家整体战略确定的具有先导性、基础性的科学领域外，一定要打破目前由政府确定科研项目的行政管理体制，要建立以企业的技术需求为主导的市场化甄选项目的科技管理体制。在国家明确了优先发展的创新领域后，这一点可结合当前国家确定的以信息技术、新能源、新材料等领域为主的战略性新兴产业来进行。在管理体制上，各政府部门不是以科研专家为主确定重点科技项目和计划，而是以企业（强调国有和民营企业的同等地位）为主体在国家确定的重点领域范围内，结合企业的发展，提出技术创新需求项目自主确定。除了少数项目经过同领域的科学家、企业家和经济界相关学者组成的专家委员会联合评审确定，给予事先的资助外，大多数研发项目应当实行申请备案制，不设门槛，以科技券等形式政府给予资助承诺，鼓励社会各类创新主体从事科技创新活动，待到研发项目完成，达到研发预期目标，再到相关部门兑现政府资助。这样更符合产业化导向的要求，也更符合创新的本质，避免事先评审过程由于认识问题或利益关系而导致一些真正的创新项目被筛掉。
　　建立以企业为主体的技术创新体系，要理顺政府与科研院所的关系。无论是从中央正在推进的事业单位改革，还是从深化我国科技体制改革的角度，进一步深化科研院所改革都具有紧迫性。科研院所改革的基本原则，除了从事基础研究和公益性研究的科研院所，都要面向市场，而不是面向政府；而政府对科研院所的支持则不区分国有和民营，不区分是由哪个“条条”和哪个“块块”所主管的单位，要支持所有有兴趣进行基础研究和公益性研究的单位（包括重点创新基地和优秀创新团队）和个人，在明确职能、优化结构、科学评价的基础上，加大稳定支持力度，营造有利于科技人员潜心研究的良好环境。除此外，其他所有科研院所的改革都要面向市场，这里并不是说一刀切，所有的科研院所都要直接改制为企业进行产业化经营，而是根据各科研机构的特点，有选择性地选择改革路径。如可以采用将科研院所并入产业集团的做法；也可以是将中央所属的科研院所有针对性地下放到各相关省份，然后与地方高新区合作，成立高新区工研院（要按照企业化的运营方式，而不是事业单位体制），使之成为发展战略性新兴产业的技术平台。对不适合改制的科研院所，也要支持这些科研院所与民营企业合作，探索民营化路径，寻找技术与产业的最佳结合。总之，适合企业化经营的都直接改制为企业，不适合企业化经营的，科学研究项目也要与市场结合。
　　建立以企业为主体的技术创新体系，要转变国企功能，让其变为科技创新的辐射源。国有企业作为一种制度安排，体现了国家经济制度设计的一种社会价值取向，也是政府实施干预的一个重要手段。从其产生及存在的意义来说，国有企业不只是追求利润，更重要的是要实现国家的意志，如创新型国家战略的实施，国企就应当在其中发挥重要作用。国企的市场化改革取得了很大进展，但国企的使命到底是什么仍不甚清楚。国企的本质应当是国家的战略储备，如战略产业、战略资源、战略人才、战略科技等等，但是它是以市场化的方式存在。科技创新离不开市场，也离不开政府。而国企就是政府促进科技创新的一个重要载体，也是技术溢出的重要来源。因为国有企业特别是中央企业也是中央科技资源的集聚区之一，相比其他企业，国企争取中央科技资源的机会更多。但从现实情况看，国企的科技功能很弱，只剩下了单一的经济功能。特别是国企的垄断地位和对国企的考核导向，更是强化了国企的经济功能。在这种条件下，即使国家出台了一些科技创新的激励措施，但偏重于经济导向而非创新导向，国企的科技创新意愿仍然不强。