随着新三板市场扩容、交易活跃度的提升，新三板业务将为券商增加新的收入来源，但同时也给券商带来了新的业务风险。
　　新三板扩容缘何牵动券商的神经？这是因为，新三板扩容后的业务蓝海，包括定增财务顾问、发行私募债、直投项目、做市商等在内的延伸业务无不被寄予厚望。有券商研究员做过如下估算，假设新三板每年新挂牌企业约1000家左右，每年能带来的挂牌费收入约5亿元左右，如果后续再融资保证在300亿~1000亿元之间，将为投行带来承销收入15亿~50亿元。
　　有收益就有风险。除了相关政策的兑现存在不确定性之外，券商还需要注意包括挂牌项目、业务模式、持续盈利以及做市商等业务风险。
　　首先在推荐挂牌的项目上，随着新三板制度的日益完善，对挂牌企业无论从准入门槛还是持续盈利等方面的要求也将趋于严格。在推荐挂牌项目的选择上，券商开始意识到，要选择优质项目而不是一味比拼项目数量，而部分储备项目很有可能因不符合相关条件而被拒绝挂牌。此外，挂牌企业也存在因经营不善而倒闭的风险，从而给主办券商带来损失。
　　其次，目前对于大部分券商而言，新三板所在的业务部门几乎都简单复制投行部门的运作模式，从投行部门抽调人手。实际上，投行业务和新三板业务有着天渊之别。主承销制下的投行业务将花费大部分精力在发行上市前的准备上，而新三板挂牌企业的门槛相对较低，主办券商对新三板挂牌公司进行持续督导的必要性和迫切性要更高于创业板和中小板市场。
　　此外，做市商制度对券商而言也存在一定业务风险。
　　众所周知，做市商最基本的义务是保持市场报价的流动性，如果作为主办券商的做市商报出某挂牌企业的卖价后，持续有价无市，做市商就必须进一步降低卖价甚至低于当初的买入价，直至该只股票出现成交。由此可以看出，做市商也并非一本万利，券商的专业定价能力也将遭受考验。
　　在撮合数量上，做市商也并非每次都能如数撮合。如果出现单方或双方成交数量不同，就会给做市商带来一定的存货风险。