村镇银行是新型的农村金融机构，旨在解决现有农村地区金融机构覆盖率低、金融供给不足、竞争不充分、金融服务缺位等问题。截至2012年3月末，全国共组建村镇银行740家，村镇银行在机构数量、资产规模、盈利能力等方面均有了较大突破。但是，村镇银行在发展过程中也暴露出一些问题，其中最为突出的问题就是冠以“村镇”之名的村镇银行即不进村也不入镇，机构和服务对象都停留在县城、甚至在地级市，村镇银行徒有虚名。
　　村镇银行定位主要体现在建立的地点，地点决定了服务对象。从已经成立的村镇银行来看，其总部大多设在各试点地区的行政中心所在地，周边的金融和经济环境比较理想，主要是集中在县城，这并不完全符合在金融服务空白地区布局的经营思路，村镇银行呈现“冠名村镇，身处县城”的格局。以辽宁省为例，建立的24家村镇银行，基本上都注册在县城。
　　发展思路偏离办行离宗旨。城商行和农村合作金融机构发起成立的村镇银行大多数类似发起行的分支机构，领导班子往往由发起行相关人士直接担任，很大一部分的经营模式几乎拷贝了发起行的模式。这就造成村镇银行除了独立小法人的身份、规模和经营范畴不同外，与其他的金融机构没有太多的区别。
　　村镇银行处于探索起步阶段断，银行网点少、人手不足、结算不通，缺乏农村金融服务经验，并在农信社、邮政储蓄银行的夹击之下，市场空间较为狭小，且缺乏核心竞争优势。村镇银行基于对股东投资报酬的考虑都不同程度地存在急于扩张规模、高速发展、创造收益的现象，直接造成信贷投向偏离“三农”。
　　社会认知度不高。大部分农户比较信任传统的商业银行和信用社，对村镇银行始终抱有观望和不信任的态度，对于到村镇银行存贷款还持有排斥的心态，也导致村镇银行业务发展缓慢。
　　村镇银行要实现可持续发展，就要定位在服务“三农”上，原银监会副主席史记良认为，首先，村镇银行一定要眼睛向下、机构向下、业务向下，要深入村镇、社区、农村，不能够往大城市上靠。
　　村镇银行要确定自己的目标客户群，即广大农村市场是其服务主体，为“三农”经济发展提供金融支持。监管部门对于已成立的村镇银行，可以采用在农村地区设立新的分支机构来为农村经济提供金融服务。对于没有批准设立的机构，监管部门应从严把住市场准入门槛，村镇银行必须设在县（市）以下，或者是农村乡镇，甚至是村级。村镇银行的定位一定要准，即服务大银行不愿意服务的小企业和“三农”等低端客户和困难群体。央行、银监会应该改变目前很少讨论村镇银行服务主体的现状，积极引导村镇银行去服务于小企业和“三农”等低端客户。
　　由于对象的特殊性，如何保持村镇银行的盈利能力是实现村镇银行可持续经营的前提，国家在政策上应该给予一定的优惠和扶持：加大对村镇银行的税收优惠和财政扶持力度；发挥财政扶持作用，建立贷款风险补偿基金制度；对地方优势农业生产，采取贴息贷款方式，引导农户加大投入，防范信贷风险；对村镇银行实行相对较低的差别法定存款准备金率，给予村镇银行一定的再贷款支持。