当前，以大规模耗用自然资源和破坏生态环境为代价的发展模式已难以为继，世界各国更加注重科技创新，培育战略性新兴产业，抢占未来科技和产业制高点。胡锦涛同志指出，“建设创新型国家，加快转变经济发展方式，赢得发展先机和主动权，最根本的是要靠科技的力量，最关键的是要大幅提高自主创新能力。”近年来，我国科技发展较快，科技实力明显增强，但科技发展水平与发达国家还有较大差距，与经济社会发展需求还不相适应。我国正处在全面建设小康社会的关键时期和深化改革开放、加快转变经济发展方式的攻坚时期，必须抓住新一轮科技革命的战略机遇，进一步深化科技体制改革，创新科技体制机制，为科技发展提供制度保障。
　　创新产学研结合机制。促进企业、高校和科研机构以科技攻关为重点，通过技术入股、股份合作等形式，形成权责明确、风险共担、利益共享的长期合作机制，激发各种科技创新要素的活力。一是股权激励机制。产学研各方以产权为纽带合作建立股份制企业，在企业内部整合资源进行合作创新活动，明确科技成果产权和合作各方的责权利，在企业内部分配中合理体现各方利益。二是政策激励机制。政府通过信贷、价格、财税等政策对企业产学研合作给予支持，使企业通过产学研合作获得市场竞争优势。政府可以设立技术创新风险基金、产学研合作奖励基金等，推进产学研深度合作。三是风险管理机制。建立和完善技术创新风险预警机制与风险共担制度，分层次、分阶段分解风险责任。研发阶段的技术风险主要由学、研方承担；转化过程的技术风险由双方共同承担；营销阶段的市场风险则主要由企业承担。四是利益分配机制。分配方案应体现责权利对等原则，体现产学研各方的贡献大小，同时注意无形资产在利益分配中的适当份额。五是协同机制。产学研结合是技术创新上、中、下游的对接，是技术创新所需各种要素的组合。企业、高校和科研机构的协同能力越强，创新绩效就越显著。应强化各方的协同合作，形成统筹各方资源协同创新的机制和流程。
　　创新科技创新绩效评价机制。一是建立科技进步目标责任制。把提高区域科技创新能力纳入政府工作日程，作为各级领导干部政绩考核的重要内容。制定科技创新评价指标体系和考核办法，系统评价监测科技创新水平。二是建立企业技术创新绩效评估制度。把技术要素参与分配作为企业产权制度改革的重要内容，保证技术创新取得合理收益。制定企业技术创新评估体系，对企业技术创新项目、人才、经费投入、成果转化等方面的成效进行定期评估，明确国有企业负责人对自主创新的领导责任。探索完善以政府奖励为导向、企业奖励为主体的科技创新奖励制度。三是完善高校、科研院所科研绩效考核评价机制。加强原始创新与集成创新，把获取自主知识产权、建立产学研结合的创新平台作为绩效考核的重要指标。建立科学的科研资质和科研能力评价制度。完善政府资助项目评估指标体系和绩效考核办法。四是创新人才考核评价体系。引导和鼓励科技人员创新创业，在职称评定、岗位聘任、高层次人才选拔培养、研发经费等方面给予适当倾斜。鼓励企业通过股权、分红、奖励等方式激励科技人才为企业作出更大贡献。
　　创新科技管理机制。一是建设资源型科技管理部门，提升科技管理能力。将过去以项目管理为主的项目型科技管理部门转变为以统筹科技资源为主的资源型科技管理部门，跳出单纯的项目管理，有效集聚和运用高校、科研院所、企业的科技资源，构建具有核心竞争力的区域创新体系。二是实施主题计划和专项工程管理模式。构筑基于共同目标的不同技术领域相互协作机制。各类科技计划服务于主题计划和专项工程，加强协同创新，切实解决科技发展的重大问题。三是完善项目管理监督机制。实行重大项目立项、管理、验收相分离的管理模式，科学设计、严格规范项目评审，确保评审结果的公正性。加强过程管理，落实项目承担单位的法人责任，加强项目中期评估、验收和档案管理。加强科技项目经费管理，提高经费使用效益。四是完善科技投入体制。坚持政府引导与市场机制相结合，创新投入方式，优化投入结构，构建多元化、多层次、多渠道的科技投融资体系。发挥财政资金的杠杆作用，确保财政科技投入的增幅高于当年经常性财政收入的增幅。完善科技成果转化类项目政府投入的有偿使用机制。逐步扩大科技投入参股、贴息范围，引导社会资金投入科技创新。