今天，虽然中国的金融市场和金融机构都呈现出快速发展的势头，但小微企业金融和农村金融始终是金融的两大短板、两大难点，特别是农村金融，受高单位成本与利润导向之间矛盾的影响，存在供给严重不足的难题。要促进农村金融的供给、完善服务于“三农”的农村金融市场，就必须克服这种内在的矛盾和冲突，而在这种克服，一方面需要监管的放松和改善，另一方面需要优惠政策的支持。
农村金融长期都是中国金融体系中的薄弱点和完善的难点。过去很长一段时间，我国农村金融以国有商业银行和农村信用社为主体，其他类型金融机构非常少。而国有商业银行的农村信用社计划经济色彩明显、经营机制落后、风险控制能力弱，长期带病运行，最终不但未能为“三农”提供理想的服务，反而成为全社会的一个包袱，整体农村金融服务可以用“量少质差”来形容。
本世纪初，随着几家大型国有商业银行先后进行股份制改造，并走向资本市场，这些银行开始逐步收缩县域以下的网点。虽然随后的农业银行股份制改革，确定了
“面向三农、整体改制、商业运作”的总体要求，但作为主要面向“三农”的唯一国有商业，农行的服务能力仍然非常有限。近几年，在市场需求和政策支持下，其他各类农村金融机构获得了较快的发展。到目前为止，农村金融已形成了一个由农业银行、农村信用社、村镇银行、资金互助社、资产管理公司、小额贷款公司、中国邮政储蓄银行构成的多层次金融服务体系，金融服务能力有所加强，但还远远不能满足“三农”经济发展的需要。根据农业部对2万多个农村固定观察点的统计，2010年，农户借贷资金来源于银行贷款的比例为20.31%，比2003年增加了6.45个百分点，信用社贷款占到25.59%，比2003年增加了6.69个百分点，但非正规金融，即民间借贷仍然是农民获得信贷的首要来源，占比为52.91%。另外，银监会的调查表明，截至2010年全国有2312个乡镇没有任何金融机构的存在。
除此之外，农村金融中的结构性问题也非常明显，并且结构问题还有可能随着金融改革和一些机构的改制“升级”而加重。
一是农业银行改制上市后可能会进一步追求利润较高的批发业务。农行改制后对“三农”的金融服务总体上会有所提升，但服务对象的“层级”提高也是一个不可回避的事实。监管部门将涉农贷款划分为农村企业及各类组织贷款、城市企业及各类组织贷款和农户贷款三大类，显然，农行在前两类贷款中具有相当强的竞争优势，而批量大、单笔业务小的农户贷款，其重要性可能会出现下降。
二是农村信用社升级为农村商业银行，草根色彩也有进一步淡化的趋势。近几年，全国各地的农信社掀起了一轮改制为农商行的热潮，银监会数据显示，截至2011年末，全国共组建农村银行机构432家，其村商业银行259家，当年新组建农村商业银行154家，超历年总和。改制为农商行对农信社本身的好处是明显的，既可以健全体制，又可以通过募股可以迅速增强资金实力，扩大业务规模，抢占市场份额。但是，改制后农信社原来的合作互助性质也不复存在，商业化色彩进一步强化，农信社对“三农”的支持特别是对草根业务的支持会进一步削弱。
值得注意的是，继2010年重庆农商行成功赴香港上市之后，国内多家农商行正步其后尘走向资本市场，目前已有多家农商行申请A股上市。一旦农商行批量上市，他们就会受到来自股东更强的压力，虽然目前监管方面不允许农商行跨省拓展业务，但调整业务结构，强化非农的高利润业务是可以预料到的。
农村金融之所以成为一个难点，根源在于它本身所固有的两对矛盾：成本与利润的矛盾和服务与发展的矛盾。
农村金融特别是草根金融，面向的是千家万户，与批发业务相比，单位服务成本要高很多。同时，农村金融又具有区域化、社区化特点，要给客户提供优质服务，就要求经营做到本地化，而本地化又限制了金融机构的做大，而金融机构的规模做大，才能开展多种多样的交叉业务，降低经营成本，也才能更有利地抵抗金融风险。小机构向大机构发展，小银行往大银行发展，从利润动机上看是对的，但他们的发展壮大反过来使服务弱化，形成令人困惑的悖论。例如，如果对农商行跨区经营、拓展业务限制过多，他们进入资本市场的积极性就会下降，如果允许他们从事更多的经营范围，他们就一定会去追求更高利润的业务。
因此，发展农村金融一定要紧紧抓住这两对固有矛盾，加以化解，一要从收入方面入手，提高其自主定价权；二要从成本着手，降低其经营成本。既要让现有的农村金融机构如农商社、农信社在从事涉农业务时能获取平均收益，从而刺激他们增加对涉农金融服务的供给动机，又要广开渠道引入活水，大力发展新型金融机构，特别是草根金融。
由于金融机构的收入主要来自贷款利息和服务收费，要鼓励机构从事农村金融服务，一定要给予其在贷款利率和服务收费方面更大的定价自主权，以使其能有效地覆盖农村金融中特有的高成本以及特有的高风险。目前，监管中的高利贷红线，对村镇银行、小额贷款公司等新型金融机构仍构成一个制约，因此有进一步放松的必要。
成本方面，可以通过开办补贴、差别存款准备金、涉农业务税收优惠等渠道来降低其经营成本。比如说，在当前的形势下，存款准备金主要是用于对冲外汇占款增加而采取的货币政策工具，但农村金融机构或金融机构涉农业务很少成为外汇占款增加的来源，对他们实行差别准备金率不仅是一种优惠，而且理论上也有依据。对村镇银行来说，可以提出一定的备付金监管要求，而存款准备金则可以完全取消。再如，税收方面，可以在建立更严格、更科学、更完整的涉农业务统计体系之后，将涉农业务的营业税优惠全面推开，并固定下来，使机构在从事涉农业务时有稳定的预期，刺激其提供充分的服务。
大力发展草根金融机构是破解农村金融矛盾的有效途径。村镇银行、资金互助社、资产管理公司、小额贷款公司等都是扎根于基层的草根金融，机制十分灵活，没有农信社这类传统机构的弊端。银监会曾有一个“三年计划”，即在2009年至2011年间在全国建立1294家新型农村金融机构，其中村镇银行的目标为1027家。从实际效果看，截至2011年底全国已组建新型农村金融机构786家，其中村镇银行726家，离原目标还有一定距离，因此政策和监管方面还要进一步放开，采取的措施应该更灵活。只有一大批面向农民的、真正的草根金融繁荣起来了，长期困扰我们的农村金融短板问题才能解决。