促进农民工市民化，对于统筹城乡发展、推进城镇化进程具有重要意义。2006年《国务院关于解决农民工问题的若干意见》颁布以来，各级政府对农民工市民化问题高度重视，相关制度创新明显加快。但由于城乡二元结构等因素导致一些制度协调性不够，影响了农民工市民化制度创新的成效。
　　农民工市民化过程中的制度协调性不够主要表现在两个方面：一是户籍制度与附着其上的就业和社会福利制度的不协调。实践表明，统一城乡户籍制度相对容易，但统一城乡就业和社会福利制度较难。二是社会保障制度与土地制度、就业制度的不协调。随着来自土地的收入占农村家庭收入比重下降，以及“铁饭碗”和“大锅饭”就业制度的打破，土地制度和就业制度的社会保障功能呈现下降趋势，而农民工社会保障制度仍不完善，这就造成了农民工市民化过程中社会保障不足与土地和就业保障功能下降的矛盾。
　　造成上述制度不协调的原因主要在于：首先，制度创新目标选择差异。在城乡二元结构下，不同的制度安排体现了不同的利益关系，对各个主体来说具有很大差异。这些差异的存在使相关制度创新的目标选择难免产生不协调。其次，制度创新进程快慢的差异。这主要是由于制度创新采取了渐进推进的方式；不同制度涉及的利益主体不同，利益关系的复杂程度和矛盾大小不同，因而利益协调的难度和博弈结果存在差异。第三，制度创新阶段性重点定位的差异。在农民工非农化阶段，制度创新在户籍制度创新和消除行政门槛方面取得了重要突破。但在农民工市民化阶段，很多地方的制度创新重点仍然放在户籍制度方面，而对其他关键性制度创新重视不够。第四，制度创新的地区差异。各地在经济发展水平、人口压力、市民化社会成本的承担能力等方面差异较大，导致了不同地区的制度差异。
　　推进制度创新，加快农民工市民化进程，需要加强制度协调。具体来说，应在以下方面努力。
　　制度创新目标选择的协调。建立利益冲突协调机制，包括利益表达机制、协商机制、获取机制和补偿机制等，缩小不同利益主体的利益差别；进一步发挥政府作为全局利益代表者、协调者的作用，统筹兼顾各方利益；发展壮大新经济组织、社会组织，增加农民和农民工的话语权。
　　制度创新进程快慢的协调。缩短制度创新的过程，需要政府发挥组织和引导作用，如加强利益引导，积极推动新的制度创新方案的提出、评估、选择和实施，并推动各个过程的转换和衔接。
　　制度创新阶段性重点定位的协调。根据社会经济发展状况、农民工市民化所面临的主要制度障碍、相关制度涉及利益关系的复杂程度等因素，明确不同阶段的制度创新重点；处理好重点制度创新与其他制度创新的关系，促进各项制度创新整体设计、协调推进、相互配套、相得益彰；根据社会经济状况特别是劳动力转移的变化，加强阶段性重点制度创新的转换和衔接。
　　地区差异的协调。加强对地区利益差异的协调。通过整体性设计，尽量从制度上协调各地的利益诉求，促进利益的基本平衡；加强统一规划、指导和监督；加快欠发达地区经济发展，缩小地区发展差距。