开设柜台交易，必然涉及登记结算服务由谁承担的问题。笔者的意见是，证券登记、存管和结算服务所必需的场所和设施不宜重复建设。
　　在目前的管理框架下，如果证券公司从中国证监会获得的资格较为齐全，通常就会有针对下列业务的场所和设施：证券经纪，证券投资咨询，与证券交易、证券投资活动有关的财务顾问，证券承销与保荐，证券自营，证券资产管理，证券投资基金代销，直接投资，融资融券，为期货公司提供中间介绍等等。此外，证券业协会还授予证券公司代办股份转让和股份报价转让业务资格。如果由证券公司为柜台交易提供集中登记、存管与结算服务，就要有相应的场所和设施，需要一定的投入。而中国证券登记结算有限责任公司则有现成的场所和设施。一般说来，最大限度地获得“全牌照”，是证券公司追求的目标，柜台交易当不会例外。因此，没有必要让争取开展柜台交易业务的有近百家证券公司去重复建设。
　　提供证券登记结算服务，与经营证券业务截然不同。《证券法》第一百五十五条规定：“证券登记结算机构是为证券交易提供集中登记、存管与结算服务，不以营利为目的的法人。”而证券公司必然是以营利为目的。在《证券法》第一百二十五条规定的证券公司业务中，并无任何证券登记结算字样，但第七项为“其他证券业务”。笔者认为，它应该包括证券投资基金代销、直接投资、融资融券、为期货公司提供中间介绍、代办股份转让和股份报价转让等业务。
　　那么，“其他证券业务”是否能包括证券登记结算服务呢？《证券法》第一百五十八条规定：“证券登记结算采取全国集中统一的运营方式。”如果“其他证券业务”能够包括证券登记结算服务，那么，情况就会发生很大变化。多数省（自治区、直辖市）有两家或两家以上证券公司，连辖区内集中统一运营都无法做到。如：获准从事证券经纪业务的，广东有22家证券公司，北京13家证券公司，上海有11家证券公司。证监会《证券登记结算管理办法》第十九条规定：“投资者开立证券账户应当向证券登记结算机构提出申请。”如果全国近百家有证券经纪资格的证券公司都兼有证券登记结算机构的职能，将来，一些投资者可能会有近百张证券账户。证券账户的管理因此会复杂化，“集中统一的运营”更将成为一句空话。只有证券公司的“其他证券业务”不包括证券登记结算服务，才能符合“集中统一的运营”的规定。这也意味着，柜台交易的证券登记结算服务依旧要由中国证券登记结算有限责任公司提供。目前，代办股份转让系统（俗称“老三板”）和股份报价转让系统（俗称“新三板”）股票交易的登记、存管与结算服务，即由中国证券登记结算有限责任公司提供。
　　由中国证券登记结算有限责任公司为柜台交易提供集中登记、存管与结算服务，便于证券市场的集中统一监管。根据《证券法》和《证券登记结算管理办法》，如果证券公司就柜台交易提供集中登记、存管与结算服务，其章程和业务规则也必然要经国务院证券监督管理机构批准。如果证券公司登记、存管与结算服务的业务规则如出一辙，那么，还不如由中国证监会发布后由证券公司执行；如果证券公司登记、存管与结算服务的业务规则各有特色，就不便于统一监管。而由中国证券登记结算有限责任公司为柜台交易提供集中登记、存管与结算服务，就不会产生这方面的问题。
　　由中国证券登记结算有限责任公司为柜台交易提供集中登记、存管与结算服务，还有利于挂牌证券的出质。《担保法》第七十八条规定：“以依法可以转让的股票出质的，出质人与质权人应……向证券登记机构办理出质登记。”就证券登记、存管与结算而言，作为独立第三方的中国证券登记结算有限责任公司的公信力，必然高于集主办券商与证券经营机构为一身的证券公司。这样，包括非上市证券投资基金在内的挂牌证券的优势，就更能体现出来。大部分金融机构不愿意接受非上市证券为担保的现状将会得到显著的改变。
　　再说，《证券法》施行后，证券公司从事股份托管业务，已经不合法了。而《证券登记结算管理办法》第四条规定：“证券登记结算业务采取全国集中统一的运营方式，由证券登记结算机构依法集中统一办理。”证监会《关于未上市股份公司股票托管问题的意见》进一步提出：“证券经营机构不得从事未上市公司股份托管业务”。基于这样的大背景，在相关法律条款和部门规章等未作修改前，显然不宜采纳证券公司为柜台交易提供集中登记、存管与结算服务的建议。