结构性减税将成为2012年积极财政政策的重心。证监会主席郭树清多次表示，要努力推动资本市场的结构调整，显著提高公司类债券融资在直接融资中的比重。市场发展、产品创新，需要制度建设和市场推动，这其中税收是非常重要的变量。未来要大力发展债券市场，同样需要税收政策的鼎力支持。
对于债券投资的税收政策，要分两个维度来进行区分，一是按照券种来区分，二是通过投资者类型来区分。
从券种来看，明确享受免税优惠的是国债利息收入，不论持有债券的是机构投资者，还是个人投资者都可免税；而对于金融债券，如果为个人投资者持有，则对利息收入免征所得税，公募基金持有此类债券等同样免征所得税；对于其他品种，如企业债、公司债等，其利息收入均需缴纳所得税。
从投资者结构来看，个人投资者（和公募基金）对非免除之外的债券交纳20%的利息税率，对于银行等机构投资者来说，利息收入一般作为投资收益，进入机构投资者的损益表，成为税前利润的一部分，进行必要的纳税调整后，再缴纳企业所得税（目前税率一般为25%）。同时，由于国内尚未开征资本利得税，对于个人投资者（和公募基金）进行债券交易所获的资本利得免税，但是对于银行等机构投资者来说，同样作为投资收益进入损益表，需缴纳企业所得税。此外，银行等机构投资者债券投资所获得的利息和资本利得收入，均需缴纳营业税。
以上税率未考虑财政部、国税总局对某类金融机构提供的税收优惠，如目前部分地区农信社等机构在所得税、营业税等方面可能享受税收减免，其实际税率可能相对低一些。
从债券定价来看，税收因素对债券收益率有较大的影响。一般来说，以国债利率为基准利率，对于信用债券来说，其收益率应该在国债收益率之上加信用利差、流动性利差和税收利差。以政策性金融债为例，由于具有政府隐性担保，实际上其信用资质基本等同于国债，流动性也基本接近，其高于国债的利差更多反映的是税收因素。
由于税收对债券定价的明显影响，在符合国家法律法规、产业和区域政策等前提下，针对某类债券或机构投资者推出相应的结构性免税政策，有利于提升投资者的债券需求、降低发行人的融资成本、推动债券市场更快发展；也有利于提高资源配置效率，支持相应产业和地区的快速发展，推动国内经济的结构化调整。
2008年下半年以来，为应对国际金融危机冲击，国家出台了一系列保增长、扩内需、调结构、惠民生的结构性减税政策。债券市场作为国内企业直接融资的主要渠道之一，对企业筹集资金、促进经济增长发挥了重要作用，是“金融服务实体经济”的重要体现。未来，要大力发展债券市场，结构性减税仍将发挥积极作用。
首先，对于中小企业债券的结构性减税。支持中小企业融资是近年来中央关注的焦点和重点问题，如果能对中小企业发行债券实施一定的减税政策，则将明显提高此类债券的吸引力，使中小企业融资渠道更加顺畅。
具体来看，对于已有相关券种，包括中小企业集合债、中小企业集合票据以及中小企业金融债等，可以考虑对其所得税、营业税进行部分或全额减免，从而推动此类债券市场的跨步发展；对于酝酿中的品种，如高收益债券，同样可以通过税收减免来提高其吸引力。
第二，对地方融资平台债券的结构性减税。地方融资平台目前已经成为国内债券市场主流发行人之一，但由于市场对其信用资质的担忧，中西部地级城投债的发行利率较高，一般被认为是国内准高收益债。事实上，大多数城投债融资的主要投向是城市基础设施建设等公益性项目。2011年以来，城投债的发行大多为当地保障房项目进行融资，此类项目具有公益性或正外部性。地方政府融资平台作为准市政债，公开融资并无任何税收优惠，与美国等发达国家对市政债券免税的做法有很大的差异。因此，为尽可能地用资本市场的力量来化解地方政府融资压力，建议参考美国的建设美国债券模式（BABs，美国政府为此类债券利息收入提供35%的补贴），在未来的一段时间内，在地方政府融资平台公开融资时给予一定的税收政策支持。尤其是对于中西部省份一些财政收入来源相对较少的市县级政府所发行的城投债，通过税收减免有利于降低其融资成本，营造更为有利的融资环境，进而提供更为优质的公益性产品。
第三，对未来地方政府市政债券的结构性减税。当前发行的中央代偿的地方政府债均享受与国债相同的税收待遇，即免征所得税。随着市场的发展，如果真正意义的市政债券实现发行，建议同样借鉴国际经验，免征所得税或进行一定的税收返还，以此推动市政债券的健康发展。
第四，对个人债券投资的结构性减税。根据国务院的决定，自2008年10月9日起，对储蓄存款利息所得（包括人民币、外币储蓄利息所得）免征个人所得税，然而个人持有企业债券所获得的利息收入，仍然征收个人所得税。这种“歧视性”政策，明显不利于个人投资者参与债券投资，因此建议对于个人的债券投资利息收入，同样可实施免税。这样一方面可以提高个人投资者（包括公募基金）参与债券市场的积极性，另一方面也有利于提高个人税后所得，有助于促进国内消费的增长。