日本农业致力于打造农产品品牌，有一个庞大而高效的农业科研体系。
日本农业科研力量主要由五部分组成。一是“国家队”，最大的研究单位是挂靠在农森水产省的独立行政法人“农业食品产业技术研究机构”，简称农研机构。农研机构为农业、食品生产、农村健全的发展进行开发研究，从名称上来看或许认为只是研究农作物，实际上研究领域非常宽泛，包括食品加工、流通、消费相关技术，畜产技术，动物卫生、农业工学技术、培养经营农业的人才等。2011财年，日本政府提供给农研机构的科研费为371.32亿日元，加上设备费、委托研究费等，可支配开支为451.98亿日元。农研机构总共有1600多名研究人员，目前在全国跨学科研究有124重大项目。
除农研机构外，国家级的农业研究机构还有农业生物研究所、农业环境技术研究所、国际农林水产业研究中心。它们都是独立行政法人，都分别拥有一支庞大农业科研队伍。
第二梯队是地方农业研究队伍，日本全国47个都道府县都有农业研究中心。各地农业研究中心的经费主要由地方政府承担。地方农业研究中心研究成果很多。以熊本农业研究中心为例，推出过水稻新品种“熊本425号”、“北陆193号”，黑毛和牛种牛“平茂幸”、褐毛和牛种牛“光晴重”等，对当地农业发展做出很大贡献。
第三部分是大学农业科研队伍，主要是大学农学部老师和大学生物科学研究人员。很多日本综合性大学都有农学部，大多有自己的农场。每个学部都有数十名老师，除上课外，其主要任务是利用尖端设备进行农业科学研究，从理论上对农产品进行科学论证和解析，得出让人信服的结果，帮助日本农产品打开销路，创出品牌。
第四部分队伍是公司科研人员，日本有三家大型农业科技公司(TAKIY种苗公司、SAKATA种子公司、雪印种苗公司)，通过向农民用户提供开发新的农产品品种赚钱。这三家公司全是自负盈亏，而且和普通公司一样，要缴纳税收。
第五部分农业研究队伍是社团法人和非营利组织，如日本农业研究会，日本农艺化学会等，这类不以营利为目的的组织很多，多是提倡符合时代发展方向的农业，如有机农业等。
日本农业科研对中国的启示有以下几点：
一是日本农业科研重品牌质量，一个新的品种出来后，在此基础上不断进行改良，没有最好，只有更好。二是日本农业科技注重推广，属于国家和地方政府的科研机构，好的研究成果就是要推广，要回报社会，很少有利用国家科研经费研究的成果变为个人专利并大发其财的例子。三是日本的研究机构是开放的，国家的研究设施，对外开放，其它研究人员必要时通过申请可以利用各种先进的仪器和设备。四是日本农业科研成果相对偏重实际应用，各种发明力争尽在日常食物中反映出来，使日本人平常消费的粮食和水果品种不断改善，惠及所有国民。最后，日本农业研究注意食物的安全，不搞转基因技术食品，注意可持续发展，环保型农业是今后所有科研人员努力的方向。