农业产业化最大的问题就是不安全的现代农业引发的食品安全问题。而之所以出现这样的问题，是因为我国目前农业产业化模式出现了问题。
目前我国的农业产业化主体上基本分为两类，一类是“农户+龙头”，另外一类是“生产基地+中介+批发市场”。这两种模式从其本质来讲，可以保证我国农产品数量上的充分供给，但无法满足质的需要，难以提供安全的农产品。
第一类模式基本上都是半截子的产业化。龙头企业通过收购农户的产品，然后加工出售。龙头与农户这两个冤家基本上是互殴，企业在市场上收购农产品时会拼命压价，而有些农民为了多赚点钱也会采取各种方式增加农产品的数量，比如往肉里加水。分散的农民在与强势的龙头企业谈判时一直处于弱势，但弱势者也有弱者的反抗武器，这种反抗的结果，只能让消费者作冤大头。所以目前这种半截子的农业产业化，因为源头的产品有问题，后续的加工再安全也无法提供安全的食品。
第二种模式由于从田头到餐桌经历了太多的环节，每个环节都无法辨识农产品质量的高下，所以也无法解决质量安全问题。农民为了提高产量或者为了减少病虫害，过量施用农药、化肥、生长激素及抗生素，这种行为防不胜防。这种局面还会造成劣币驱逐良币效果，那些不用不安全农药的农民反倒吃亏，产品难以在市场上卖到好价钱。
如何解开目前的死局？只能对目前的农业产业化方式进行重塑。
第一种方式是变半截子产业化到全产业链产业化，目前已有不少呼声，包括最近炒得很热的新概念“新农业”，联想、汇源、中粮老总们都在提，丁磊、京东商城也都在做。需要有一批新进入者，通过全产业链，通过品牌塑造，区分与老品企业的区别，从而满足消费者的需要。我国出现那么多的空心村，农村的土地一直在低效率地经营，应该引导农民进行土地流转，让那些真正愿意到农村搞全产业链的企业能够拿到土地，改变目前半截子的产业化行为。
第二种方式是变多环节批发为产销直接对接。这种模式核心目标就是减少中间环节，减少作假机会，也让消费者能够直接见到生产者，通过第三方的监管形成对生产者产生压力，减少地方保护主义，形成正向效应。其实北京上海等地的一些单位都在搞特供基地，也是一种产销直接对接的模式。意大利的中小学午餐原材料直供模式、美国的社区支持农业等都是在减少中间环节。产销直供有一个前提，那就是分散的小农户必须组织起来，通过发育专业合作组织，提供专业化的服务。比如一个养猪的农民专业合作组织可以专门往城市小区天天供应猪肉，一个黄瓜的专业合作组织专门供应黄瓜。通过直供，市民完全可以到专业合作组织的农田里监督他们是否是安全生产行为，如果违法添加不安全的东西，直接取消直供资格。
