加入世界贸易组织10年来，我国的加工贸易发展势头良好，要不要发展加工贸易已经不再是问题，而怎样才能够更好发展加工贸易才是最值得关注的焦点，特别是要将产业安全、环境保护、产业升级、研发能力等方面作为提高加工贸易整体水平的重点。
　　现阶段，我国的加工贸易发展正在与过度依赖数量扩张的粗放模式渐行渐远，而与提高加工贸易水平上的要求则渐行渐近。不过，从当今我国在国际产业分工中所处的地位来看，要摆脱在国际产业链条上的低端位置，未来加工贸易的发展还要面临许多挑战需要应对，而最有效的办法就是加大加工贸易转型升级的力度。
　　一方面，加工贸易的“转型”要侧重于转变加工贸易的发展方式，如加工贸易的主体转型要体现出由外资企业向国内企业转变，加工贸易的对象转型要体现出由大量进口加工对象向扩大国内采购转变，加工贸易的方式转型要体现出由加工出口向加工、生产并举转变，而加工贸易的区域的转型要体现出“腾笼换鸟”的思路，利用腾空的土地资源，东南沿海加工贸易要向中高端产品或生产环节延伸和发展。
　　另一方面，加工贸易的“升级”则要侧重于不断提升在全球价值链中的地位，即由价值链的低端向高端迈进，如在产业链上由低端的加工装配向高端的产品研发升级，促进加工贸易产业由劳动密集向技术和资本密集升级，实现加工贸易相关产业的适度聚集。从这个意义上讲，更加需要通过出口退税、加工贸易、海关监管等一系列政策调整措施的相互配合，提高加工贸易准入门槛，限制或禁止“两高一资”产品、低附加值加工贸易产品的进出口。在此基础上，通过采取一系列政策鼓励手段，不断优化加工贸易产品结构，促使加工贸易的技术含量与附加值得到提高。
　　目前来看，积极推进加工贸易转型升级的成效显著，但内在的问题还很多，要力戒浅尝辄止。目前看来，我国加工贸易的重点领域已不再局限于传统的轻纺产品，2010年机电产品的加工贸易已经占全部加工贸易的59.2%，而中国90%的高技术产品也都采用加工贸易的方式出口。但我们千万不能够为这些表面上看得过去的数字指标而沾沾自喜。
　　事实上，无论是机电产品，还是高技术产品的加工贸易，在中国加工部分的技术含量和附加值都有待提高。更进一步看，即使近些年来我国的加工贸易增长率总体不断走高，增值率的这种提高在很大程度上又转换为原材料的国内采购支出增加，其中，一部分加工贸易增值率的提高体现为国内各种生产因素价格的提高，另一部分加工贸易增值率的提高则体现为对低端料件的进口替代，而出于对国内资源环境保护的考虑，这种低端料件的进口替代未必都符合资源优化配置的原则。
　　从未来加工贸易的发展方向看，今后若干年将是我国加工贸易实现转型升级的一个关键时期。应当强调的是，随着加工贸易对我国相关产业的带动能力不断强化，一部分加工贸易也有可能在一定条件下转换为一般贸易，而这种转换并不是对加工贸易的否定，而恰恰是我国加工贸易发展到一定水平的必然产物。当然，这种转换只有顺其自然才符合经济规律。如果短时间内不具备转换为一般贸易的条件，加工贸易向一般贸易的转换也不必急于求成。