需要用公共的理念、公共的规则、公共的轨道来管理具有公共性质的财政资金。
　　“小金库”形成的原因是多方面的。一方面，“小金库”具有时代特征，是经济体制转轨时期的产物。在计划经济体制条件下，我们的国民经济与国有制经济几乎是可以划等号的。当时的国家财政，主要来源是国有制经济，国家财政因而并非国家的财政，而是国有制财政。由于国有制经济主要分布在城市，国有制财政又表现为城市财政，它很难延伸到农村；国有制财政的主要聚焦点是生产建设，它很难延伸到民生。因此，在此范畴内形成的财政运作我们也将其视为自家院落内的收入与支出，并未把它理解成整个社会的收入与支出，也未把它还原为公共的收入与支出，只要在国有制范围内制订一个规范就可以，但这样的运作方式，一旦进入市场经济的条件，它就是非规范性的行为。
　　另一方面，“小金库”产生是“放权让利”改革的滞后效应。中国改革从放权让利开始，目的是激发改革积极性，给企业、居民还账。在还账过程中，出现了财政收入大幅减少，财政收入占GDP比重持续下降。同时，政府支出没有随之减少，相反，发展经济的积极性大为高涨，需要大量的资金，形成了支出规模未减而发展经济支出激增的现象，规范性收入不足。当时的情形是不给资金给政策，出现了允许政府部门自行创收的现象。只要通过政府部门或行政事业单位自身创收的钱，大家就认为这是自己赚来的钱，不是财政拨付的钱，理应进行专门的管理，这就是“小金库”。
　　“小金库”还是惯性思维的延续。一些单位觉得只要是为老百姓做事，只要没把钱装入自己的腰包，怎么收、收多少都相对不重要，再加上不科学或不正确的政绩观及加快经济发展的需要，于是在过去的30年中形成了大量的非规范性的收支行为。以此为基础，又形成了非规范性的收支机制，这就是“小金库”产生的基本背景。
　　这种情形与经济社会科学发展的时代要求已经越来越不相容。经济改革的进程和市场化发展的阶段已经让我们不能不进入公共财政的时代。这种变化需要一种新的制度安排，改变游戏规则，由旧的拓展为新的公共的制度规范。需要用公共的理念、公共的规则、公共的轨道来管理具有公共性质的财政资金。
　　所以，从根本上治理“小金库”，要从严守三个“底线”入手：
　　第一，行政事业部门经费实行“供给制”。行政事业单位行事的唯一准则应该是追求公共利益最大化，不能心存敛财的念头，行政事业部门经费要着眼于实行财政统一“供给制”，全部由财政预算拨款，不允许自己创收。即便出于现实国情的考虑，难以一下子消除“双轨制”，也要将“供给制”作为目标，逐步创造条件逼近“供给制”。
　　第二，全部财政性收支纳入预算。预算本身不只是计划，而是财政管理的重要线索和渠道。全部财政性收支进预算，凡是预算外和制度外收支都是非规范性收支。行政事业单位掌握的钱一旦脱离预算的控制，就容易出现问题。要建立完整统一的公共预算，消灭预算外收支，铲除制度外收支，形成一个覆盖整个财政性收支的公共预算。
　　第三，由财政部门专司财政管理权。掌管全部财政性收支是财政部门的天职所在，设置财政部门的根本初衷，就是避免本应以追求公共利益为宗旨的政府行为异化为以利润最大化为动机的企业行为，不允许其他政府部门发生任何以直接向企业、居民收钱为代表的财政性活动。即便出于工作便利的考虑，也要纳入“收支两条线”的制度框架，实行所谓“代收”、“代征”。
　　如果能做到这三条，各个行政事业单位就会在规范化的环境内，在干净的土壤上运作，“小金库”治理工作也就可以获得坚实的基础。