制度有根本性、全局性、稳定性和长期性，是防治“小金库”最有效、最持久的手段。
　　在党中央、国务院正确领导下，2009年开始的“小金库”治理工作取得了重要阶段性成效，不仅严肃查处了一大批“小金库”违纪违规案件，依法追究了相关人员责任，还初步建立了防治“小金库”长效机制，“小金库”问题高发多发势头得到了明显遏制。
　　在加强教育方面，各地区、各部门深入开展政策法规培训，加强警示教育，提高各单位领导干部的认识和财经纪律意识。在完善制度方面，中央纪委监察部、财政部等制定或完善了78项制度，各地区各部门共制定和完善制度8327项。在深化改革方面，财政部发布了一系列文件，深化财政预算管理、国库集中收付、国有资产管理等多个方面的改革。一些地区和部门推进行政事业单位国有资产统一管理改革，从源头规范国有资产经营、配置和处置行为。在强化监督方面，中央纪委监察部会同有关部门明确了相关的党纪政纪处分规定；财政部、审计署等五部委联合发布《企业内部控制配套指引》，建立健全企业内部控制规范体系。
　　制度有根本性、全局性、稳定性和长期性，是防治“小金库”最有效、最持久的手段。从源头上防治“小金库”必须强化制度建设，建立健全长效机制。今后一个时期，防治“小金库”长效机制建设要深入贯彻中央的部署和要求，按照标本兼治、纠建并举的原则，通过对“小金库”问题的深入剖析、系统研究，查明诱因、找准症结，积极推进体制改革、完善制度规定，采取切实有效措施逐步建立一套内容科学、程序严密、配套完备、有效管用的防治“小金库”的制度体系，强化制度执行力，努力从根本上解决这一问题。加强制度建设，建立长效机制具体应从以下几个方面着手：
　　一要建立和完善齐抓共管的责任机制。长效机制建设是一项复杂的系统工程和长期的工作任务，是各地区各部门的共同责任，需要各部门的共同参与和努力。无论是中央还是地方或部门，无论是机关还是社团或企业，都应积极主动推进这项工作。各地区各部门要从实际出发，统筹考虑、系统研究，逐步推进长效机制建设。要明确责任、加强指导，一级抓一级，层层抓落实。
　　二要建立和完善源头治本的创新机制。加强体制机制和制度创新，不断深化财政、金融、国有资产管理和社会组织管理等体制改革，积极寻求防治“小金库”问题的新途径；创新监督管理方式，特别注重运用现代信息手段，做到实时动态监控，切实提高监督管理效率。
　　三要建立和完善群众参与的监督机制。要坚持集中治理与日常监管相结合，不仅把查处“小金库”问题当作日常监管的重要工作内容，而且注重充分发挥群众监督的作用。要坚持公开透明，积极推进政府财政预算、单位财务等政务、厂务公开制度建设，自觉接受各方面监督；要加大宣传力度，不断拓宽举报渠道，认真受理和办理群众举报案件；要建立健全有关资产财务管理的民主决策制度，防止权力失控、行为失范。
　　四要建立和完善纠建并举的预防机制。要把严肃查处案件当作更直接、更有效的预防手段，针对重点领域、重点部门和重点单位，加大执法力度，严肃查处并公开曝光“小金库”问题；认真抓好整改落实工作，确保已发现问题整改落实到位，并注重举一反三，避免同类问题反复发生；必须不断完善制度措施，把专项治理寓于各有关政策措施和制度规定中，全面梳理分析检查发现的问题，剖析产生“小金库”的制度根源，找准薄弱点和风险点，重点针对会议费、培训费、咨询费、劳务费和现金、账户、资产、非税等容易产生问题的部位，尽快出台或完善一批具体制度办法，充分发挥制度建设的治本功效。