由工业化和城市化引发的新三农问题的争论，主要围绕以下三个焦点：关于农用地的流转和规模经营问题、关于农村土地的非农使用和农民离乡进城务工。在上述三个焦点问题中，唯有农地的非农使用，由于直接牵动着城市人、资本、农民和政府几方利益，成为争论和利益冲突的焦点。
在农地的非农使用上，目前在实践中出现了混乱景象。一方面，中央政府在政策上鼓励和推动农地的流转，但推行最严格的耕地保护制度和土地用途管制的法令，由国家来垄断非农业用地的征收和规划，并严格控制农用地乃至非利用地的非农使用，严格控制农村集体建设用地特别是农民宅基地的扩大，禁止以农村土地建设“小产权房”和严格限制农民宅基地的转让。同时，面对人们日益增长的对政府垄断农村土地征用的压力，既开始似乎接受但又不敢放开让主体不是很明确、来源难以界定清楚的农村部分集体建设用地进入流转和流通。鉴于在集体土地上出售给城市居民的小产权房已积重难返，出于社会稳定的考量，既一再三令五申坚决不容许再兴建小产权房，又声言要保护已购小产权房群众的利益，这种自相矛盾和欲禁不能的政策信号，进一步激发了一波又一波抢建小产权房的热潮。
另一方面，土地又是地方加速经济发展最重要的载体和生财之道。地方政府往往在“发展是硬道理”的推动下，巧立名目，破坏土地用途管制制度，扩大农村土地的使用范围，很多地方借农民集体建设用地使用权流转、土地整理折抵和城乡建设用地增减挂钩等名义，想方设法擅自扩大建设用地规模。在中央政府实行行政问责制后，利用法不责众和国家在农村基层执法能力衰减的漏洞，土地违法行为的主体由省、市、县政府，向乡、镇和村级组织蔓延。至于在经济发达和外来打工人员集聚的地区，农民自己利用宅基地乃至承包农地，根本不管有关规划管制，兴修多层商住两用楼房，出租给经商单位和外来务工人员，形成一种准贫民窟的城中村或城郊村，政府更是鞭长莫及。
面对在农村土地问题上的这种种尾大不掉乱象，有人忧心忡忡，也有人不以为然。有人进而认为，土地管理上今天的众多违法违规，就如改革开放初期的家庭承包一样，当初也是非法的，但因为代表了改革的方向，最终成为主流。因此，他们认为小产权房本来就应当合法化，农民的宅基地本来就应当可以自由转让，所有农村土地就应该确权到户，这样农民才能将中国最大的财富———土地资本化，乡村干部才不能利用集体土地中饱私囊。学术界和舆论界的多元导向，显然在中央和地方、城市和乡村本来就复杂的多重利益博弈中进一步增添了发散的因素。
进一步看，农村土地如何非农使用，既直接影响农民工移居城市的方式，也间接制约了农地流转和规模化经营的步伐。现行的土地制度和管理办法遭到普遍破坏和广泛责疑，确实反映了它已经漏洞百出。