在人类历史进入知识经济时代以后，科技创新对于国民经济发展、国家综合实力的提升尤为重要。财政要把支持科技创新放在首要的地位，这既有重要的现实意义，又有可持续发展的战略意义。
科技进步与创新是经济结构调整和升级的主要驱动力。按照内生增长理论的观点，科技创新具有两方面的特点：一是科技创新产品的消费具有非竞争性和非排他性。二是科技创新活动的风险性和不确定性很高，一般物品的生产都具有投入与产出对等的特性，但科技创新生产投入巨大，而获得收益是以随机概率的形式取得的，从而阻碍了厂商进行科技创新活动。
由于科技产品具有公共产品的特征，同样会产生“市场失灵”，公共财政的主要职责之一就是提供公共品，弥补“市场失灵”，越是具有公共产品属性的物品的生产，越是需要公共财政的支持。同时还应该看到，科技创新产品也是可以产生社会效益的，根据OECD在1999年的结论，政府提供1美元的原始投入资金支持企业的科技创新，会带来1.7美元的社会收益。所以，政府需要采取激励与引导的公共财政政策来支持科技创新，如直接向科技创新企业或政府研究机构拨款、给予积极进行科技创新的企业税收优惠等财税政策，还可以综合采取产业政策、贸易政策来最大程度的避免“市场失灵”。
我国财政对支持科技创新是非常重视的，不仅制定了各种支持优惠的政策措施，而且科技投入的力度不断加大。由1978年的52.89亿元增加到目前的2113.5亿元，增长39.96倍，年均增长13.56%。现有财政政策所依托的体制和机制仍然存在着不足。
第一，政府科技资金投入管理体制和运行机制具有浓厚的计划色彩，掌握科技资金的政府部门和部门内部缺乏有效沟通，形成“部门资源壁垒”，客观上形成了以国家政府部门为单位、以司局处室为单元、以项目申报管理为特点的粗放型多部门分散管理体制，导致“项目重复和支持不足同在、成果研发和成果应用分离、投入不足与浪费低效并存、绩效考评和问责机制薄弱。
第二，科技三项费用以无偿拨款为主要方式的财政资金支持模式不利于发挥财政资金杠杆效应，不利于扩大扶持范围和加大扶持力度，不利于提高财政资源有效利用。目前我国政府各类科技计划支持企业科技创新的方式虽然包括无偿拨款、贷款贴息、股权投资等多种方式，但总体来看以无偿拨款为主，其根本原因源于计划经济时期对科技三项费用使用的方向性规定。政府财政资金应从战略和全局的高度考虑以何种方式扶持企业才能更有效提高国家整体竞争力。
第三，缺乏有效的科技经费监督管理体制，科技经费绩效考核评估问责机制有待进一步完善。每年我国有超过2000亿元的科研经费，但这些经费的监督管理体制基本处于自我监督状态，缺乏有效的考核评估问责机制。我国目前也尚未建立科技政策评估修正体系和完善的政策评估机构和机制。
促进科技创新的财政政策及相关体制应进一步予以调整，一是符合企业科技创新的特点和规律；二是符合公共财政的发展要求；三是符合世界贸易组织成员国规则；四是符合提高国家竞争力的要求；五是符合我国的基本国情；六是符合全球经济一体化的发展趋势。
财政政策的调整原则：一是服务于国家战略目标的原则。政府支持科技创新，必须要服务于国家整体战略目标；二是不干预竞争原则，政府支持科技创新需要以不干预市场竞争为原则，资助范围以竞争前研发阶段为限；三是杠杆放大原则，尽可能以财政资金来吸引调动社会资金为促进企业科技创新服务，提高财政政策支持的有效性；四是分类支持原则，处于不同阶段的项目，其所遇到的问题、生存发展的关键点是不一样的，需要政府按照项目所处不同阶段和创新形式进行分类支持，提高政策的针对性和有效性；五是以人为本原则，财政政策的设计与制定应紧紧围绕如何提高人才的创新动力进行设计；六是系统支持原则，在制定财政政策时要贯彻系统支持的原则，政策制定者要考虑其它政策的适用范围与内容是否冲突，有效支持企业科技创新。
在调整我国现行的财政政策原则同时，要进一步完善我国财政支持科技创新的管理体制与政策措施。首先，在科技资金管理体制上和运行机制上，铲除“部门资源壁垒”。其次，科技三项费用实行有偿拨款为主要的财政资金支持模式，充分发挥财政资金的杠杆效应。财政资金的支持模式应按照基础研究、共性技术研究、应用研究、竞争前研发等不同类型的项目采用不同的支持模式。再次，完善科技经费监督管理体制，特别是科技经费绩效考核评估问责机制要尽快完善。