中国的改革是从农村起步的，现在改革到了一个关键时期，而三农问题的制度创新要放在顶层设计的突出重要位置。所谓顶层设计，就是要以全局视角，准确把握与农民、农业和农村相关联的各种要素，进行统筹协调，选择正确的目标，制定正确的路径，避免农民增收更加艰难，农业发展更为复杂，农村稳定更为严峻。
一、顶层设计应当在农村产权制度上破题，不能总是回避这个实质问题。否则，用尽补贴、免税等办法也只能头痛医头，脚痛医脚。
２００４年以来，中央发了七个“一号文件”，每年都会强调一个重要的政策意图，就是告诉农民多种粮食，为此几乎用尽了补贴、免税等各种各样的扶持手段。应该说这个出发点是好的，１３亿人口的大国，吃饭毕竟是头等大事。但由于政策执行过程中出现了偏差，粮食增产不增收的状况很普遍，全国８００个产粮大县无一例外都是财政弱县和农民穷县。再看看江阴、昆山和张家港这些百强县，没有一个是因为种粮而强的。笔者还发现，黑龙江省７０个产粮大县中，有４３个财政收入不足亿元，有２１个还没有摘掉贫困县的帽子，有６０个仍靠财政转移支付维持政府运转。
笔者看到这种情况后心情很沉重，中央要粮食安全、地方要可用财力、农民要增加收入三者之间是有矛盾的，不设法解开这个结，产粮大县就会认为“一号文件”是让听话的老实人吃亏。
笔者算了一笔账，全国２．５亿个农户承包了１８亿亩耕地，平均每个农户的经营规模大约为７亩，人均大约为１．３９亩。但平均数不代表大多数，现在有１４个省份人均占有耕地不到１亩，６６０多个县人均耕地不足０．５亩，也就是说这些省和县的农户经营规模已经很小。这些数据，不包括各地侵占耕地后以次充好的情况。我还算了一笔账，农民种稻谷、小麦和玉米三大粮，扣除农资成本上涨因素，２０１０年的亩均净利润是１８５．２元。也就是说，即使按每个农户７亩地的平均数计算，每年夏秋两季的种粮净利润不到２６００元（１８５．２元×７亩×２季）。这就是农民种粮收入的家底。
从笔者去过的地方看，农民的土地有的干脆撂荒，有的租给别人，自己种地大多就为了收获点自用口粮，并不指望从中能有多少收入。每年夏秋收获季节，新闻媒体都会拿一两个农民种粮食的事例进行宣传。笔者想说的是，这种小概率事例不能证明全局。
这种情况，实际上就提出了一个顶层设计问题。增加农民收入连续七年是“一号文件”的核心目标，但年年讲年年落不到实处。用农民的话说：“听中央讲话满怀希望，看自己生活还是老样。”农民为什么穷？穷就穷在没有合法、稳定的财产收入。要改变这种状况，就应该思想更解放一点，动真格地改革农村产权制度。农村产权这层窗户纸不捅破，三农问题就只能是头痛医头，脚痛医脚，找不到发病的症结所在。市场经济的前提是产权清晰，但农村土地集体所有制虚化了产权主体，农民不是自己宅基地和承包地（林地、牧场）的所有者。笔者去过很多农民家庭，父老乡亲们两手空空，除了简单的生活和生产资料外，甚至连一件像样的贷款抵押物都拿不出来。要知道，现在很多行业的前景都取决于农村的购买能力。农民的腰包鼓不起来，整个国家就会失去内需拉动力。
要让农民增加收入，就必须挖穷根，把土地所有权归还农民，在这个问题上树根不动，树梢白摇。
有些学者提出，把土地所有权归还农民，有可能造成土地买卖失控，导致严重的贫富分化和对立。个别人还提倡一种“候鸟”模式，需要农民打工时就进城，不需要时就回乡下种地。笔者认为这些人看问题的角度有偏颇，他们总是替农民拿主意。
其实，农民心里有杆秤，他们知道土地是命根子，怎么会简单、幼稚到卖地谋生呢？我们必须从法律上明令禁止兼并农民的土地，优先保护农民的产权。尤其关键的是，所有出于商业目的的用地，必须与农民对等谈判地上物请求权、自由处分权和相邻关系权等，让农民与开发商共享永久的商业利益，而不是像现在这样一次性补偿了事。至于公共建设用地，也应该尊重农民的意愿，或者更换其它地块，或者按市场价给予补偿。这是一步活棋，走好了就会盘活全局，困扰多年的“三农”矛盾不仅得以化解，还可以顺利实现农村土地升值、农业资本盘活和农民收入增加三大目标。
现在，一些地方借口“非经政府征地，任何农地不得转为非农用途”，肆无忌惮地侵占农民的宅基地和承包地，暴力事件给人越来越悲怆的压迫感。针对这种情况，中央提出要明确农村承包关系的政策含义和实施办法，要研究出台农村土地承包经营权流转的指导意见。笔者认为，如果不进行顶层设计，把土地所有权主动归还农民，只能是这样步步往后退。平心而论，房地产开发商在农民土地上盖起的房子，一转手就有了“合法的”产权证，这种道理是讲不过去的。
二、顶层设计应当明确支持工商资本下乡，进行适度规模经营。长期缺乏科技创新、资本投入和产业提升，导致农业基本上靠天吃饭。
以农户为经营主体的传统农业，根本无法承受经济社会发展之重，十分有必要引进工商资本进行适度规模经营，让工业反哺农业能够真正落地，引工业之水灌农业之田。对工商资本下乡总拿不定主意，只会造成弱势的农业走不出困境。
笔者认为，在这个问题上应当导向明确，措施过硬，行动坚决。在山东安丘，同样是种菜，从引导农民种什么，到培训农民怎么种，一批企业家在这里制定了３３个生产规程、２００多个国际生产标准，建起了５０万亩标准化蔬菜基地，产品源源不断走向世界。
依笔者看，现在最大的问题是农民手里没钱，农民在过去６０多年为工业化无偿奉献了３０万个亿，其中７５．１％来自工农业产品价格剪刀差，１３．２％来自农业税，１１．７％来自银行储蓄。在过去３０多年里，农民还为城市化被强制剥夺了土地级差收入３０多万个亿。解决三农问题，需要下决心纠正“先工业、后农业，先城市、后农村，先市民、后农民”的习惯性做法。笔者了解到，下乡的工商资本９０％以上都是民营企业，他们之所以选择下乡，是因为垄断性行业挤压了他们的生存和发展空间。因此，对这些企业家应该高看一眼，厚爱三分，伤害他们本质上就是伤害农民。
笔者在沂蒙山老区了解到，一亩地的花生仁产量在２５０公斤上下，出油率为５０％左右，某食用油企业能够产出１００多公斤的食用油，比大豆、菜籽高出两倍还多。但由于花生没有补贴，在价格上也是随行就市，老区农民好多年不敢种花生，该食用油企业自然也就吃不饱，设备闲置率高达４０％以上。
道理是明摆着的，给花生补贴有利于提高老区和贫困山区的农民收入，有利于开发贫瘠干旱地区的非耕地资源，有利于保障我国食用油５０％的自给目标。加入世界贸易组织后，国内外市场连成一体，农业国际竞争已不再是初级农产品的竞争，而是整个产业体系的竞争，分散的农户很难应对这种大风大浪。类似“公司＋基地＋农户＋合作社”的模式，笔者认为是发展现代农业的根本出路所在。
三、顶层设计应当围绕县城和重点镇建设，让农民过上和谐、富足而有尊严的生活，直接体现新农村建设的总体水平。
以“新农村建设”为切入点，应该说这个脉号得很准，但不足之处在于，尽管文件提出了指导性的２０字方针，却没有告诉村两委干部和农民做什么、怎么做，也没有说清新农村与小城镇建设之间究竟是什么关系。就笔者了解的情况看，这几年各地搞的“新农村建设”典型，通常原有经济实力很强，有的搞钢铝大型企业，有的吃矿山资源老本，很少是真正从土地上站起来的。比如，个别典型主要靠大工业起步，又凭借资本优势在房地产等领域扩张，兼并了周围的１０多个村庄。笔者有一种担忧，一旦处理不好利益关系，就有可能造成中心村受益，被兼并村受穷。这种情况应加以疏导和防范，否则很容易产生矛盾和冲突。
小城镇是连接城乡和工农的纽带，可以让农民过上和谐、富足而有尊严的生活，直接体现着新农村建设的总体水平。按照笔者的理解，小城市可以指县城，也就是小城镇当中的城关镇。为了不引起歧义，应该把城镇化制度创新的目标明确指向小城镇，但这个意见没有得到应有的重视。后来不出笔者所料，政策和资金继续偏向直辖市和计划单列市，地方政府加速偏向省会城市和地级市，笔者没看到哪个城市真正为农民放宽进城落户条件的，倒是看到了很多城市把权力所能控制的资源，大量投入到要地不要人的加速扩张中。从笔者掌握的情况看，国土部批准的２４个城乡建设用地增减挂钩试点省份，用地指标大多被中等城市拿走，并没有按“一号文件”要求在县域范围内使用，也没有用于改善小城镇的生产生活条件，提高小城镇的综合承载能力。
笔者现在很忧虑的是，目前疯了似的土地兼并，尽管不是小城镇建设惹的祸，却有可能把洗澡盆里的孩子和洗澡水一起倒掉。小城镇建设刚露头就被咔嚓一刀，“一号文件”所说的城镇化制度创新很有可能夭折，笔者所向往的“农村—小城镇—城市”之路很有可能中断。我们都应该看到，２．５亿外出农民工以及他们身后的８７００万留守老人、儿童和妇女，只有小城镇才能真正托付他们的未来。换句话说，透支未来总是有限度的。没有什么政绩、增长或者发展，值得用这些人的命运去换取。
小城镇是所有城市的母体，这是笔者经过反复对比、认真调研所得出的结论。把新农村与小城镇建设结合起来，笔者认为是解决农民、农业与农村问题的必然选择。从各国现代化的一般规律看，农民通常占总人口的１０％以下，农业就业大约只占就业总量的５％以下。但中国国情不同，农民占总人口的７０％以上，农业就业占就业总量的５０％以上。如果农民下降到３０％，就要从农村转移５亿多人口；如果农业就业下降到１０％，就要从农业转移２亿多劳动力。在这样一种基本国情的框架内，大中城市所面临的人口、资源与环境之间的矛盾越来越严重，解决自身的问题已十分困难，低收入人群和边缘人群需要更为充足的就业岗位。相比之下，只有小城镇才能容纳未来２／３的农村转移人口。比如，北京市在确定３３个小城镇提升服务功能后，就一举解决了４０多万农民就地就业难题。
当落后的农村与发达的城市并存时，农民在政策硬约束下又不能进入城市，那就会选择县城和小城镇建设自己的家园。因此，以县城和小城镇统筹城乡发展，是继家庭联产承包责任制、市场经济体制改革之后的又一次制度变革，应上升为可持续发展的国家战略，成为“一号文件”的永恒主题。
笔者坚持认为，城镇化制度创新的核心内容，就是要把新农村与小城镇建设结合起来，在这件事上来不得半点含糊，千万不能半途而废，一任问题日积月累而不警觉。从户籍制度创新看，要放宽落户条件，允许有稳定住所和收入的青壮年农民及其子女首先成为县城和小城镇人口，为他们提供平等的居住和就业机会，做好由土地保障向就业保障和社会保障的衔接，最终全面完成人口城镇化。从行政管理制度创新看，对人口超过１０万人的县城和小城镇，应该进行县辖市性质的强镇扩权试点，赋予这些镇相应的社会管理和公共服务职能，提高基本财力保障水平，合理设置机构和配备人员编制。笔者相信，这会有利于缩小城乡差距，国家的经济结构、发展方式和生产力布局必然因此发生积极而深刻的变化。这也是我国所拥有的一个长远优势，寄托着９亿农民追求幸福生活的世代梦想。
当前，收入分配中最突出的矛盾是城乡收入差距还在拉大，农民缺少工资性和财产性收入，靠种地过不上富裕的生活；产业发展中最复杂的矛盾是农业基础薄弱，基本上还是靠天吃饭，涝灾一条线，旱灾一大片；社会结构中最尖锐的矛盾是城乡二元治理，城市像欧洲，农村像非洲，农村行路难、饮水难、看病难和上学难等状况迟迟得不到改善。这些情况纠结在一起，困难之多、压力之重和挑战之大前所未有，靠某一个单项的措施很难见效。三农问题从基础地位到重要地位，如今又成为重中之重，因此改革的顶层设计，需作出自上而下、以难带易的制度安排，系统地解决农民、农业和农村的根本问题。