科技投入机制是科技体制的重要组成部分，科学合理的科技投入机制有助于促进科技创新、提高科技创新绩效。科技投入机制主要涉及投资主体和投资从何而来两个问题。完善科技投入机制，也应从这两个方面着手。
　　科技投资主体一般来讲是多元的，政府、企业、个人都可以成为投资的主体。那么，在一个国家或地区中，谁是科技投资的主要力量？在我国，目前政府是科技投资的主要力量。这种体制在短期内或在一些基础性、前瞻性和大型科技投资领域具有优势，但从长期来看也存在明显的问题和缺陷，主要表现为：第一，政府作为科技投资的主体，容易导致产业结构同质化。由于人们的有限理性，地方政府组织融资和操办项目，直接决定发展哪些产业、对什么项目进行投入，容易造成各地产业结构同质化。第二，政府作为科技投入的主体，不利于分散风险。例如，高新技术发展处在前沿领域，开发和应用风险大、失败率高。即使是风险投资比较发达的美国，成功利用高新技术发展成为世界500强大公司的也仅占5%—10%，而完全失败的达到30%。政府直接投入虽然规模大，但如果失败损失也大。
　　投资从何而来，在一定程度上决定着资金的使用效率。现实情况表明，这些年我们在科技方面的投资并不少，但取得的具有独创性的成果与预期相比还有较大差距。这其中的原因虽然是多方面的，但科技投入主要来自政府是一个重要原因。如果采用行政方式分配资源，那么，科技人员的眼睛就不是盯着市场而是盯着政府，就难以把科技人员的主要精力引导到科技创新和满足市场需求上。而激励机制的扭曲，必然导致科技投资效率低下。
　　我国的科技投入机制是在计划经济时期形成的，曾经发挥过重要作用。但随着我国社会主义市场经济的发展和经济科技发展水平的提高，政府主导的科技投入机制已不适应新形势新要求。因此，应加快改革调整，建立健全适应发展社会主义市场经济要求的科技投入机制。具体地说，可以从以下两个方面着手。
　　逐步使企业和个人成为科技投资的主体，改变政府投资所占比重过大的局面。在市场经济条件下，科技投入的主体应该是企业和个人，政府投资只能起激励和引导作用。经济学研究表明，公共投资的增长对私人投资有两种影响：一种是刺激私人扩大投资；一种是当公共投资额超过一定水平时，私人投资减少，即私人投资被公共投资“挤出”。从目前我国的情况来看，政府直接掌握过多的科技投资资源，既不利于形成科技创新的竞争择优机制，也不利于企业和个人增加科技投入。应加快科技体制改革，逐步使企业和个人成为科技投资的重要主体，政府投资则主要在基础性领域发挥作用。
　　进一步深化改革，引导更多的民间资本投入科技创新领域。近年来，我国民间资金更多地流向资本市场、资产市场，而不是实体经济和科技创新领域。应进一步加快综合配套改革，完善要素市场，降低准入门槛，健全激励机制，鼓励市场竞争，保护知识产权，吸引和鼓励民间资本进入科技创新领域，真正形成多元投入的市场化科技创新机制，进而促进科技创新、提高创新绩效。