企业承担的税费负担是不是很沉重，一直是财政税务机关和学术界及企业争论的话题。大多数财政税务部门，包括一部分学者认为，中国企业的税负并不沉重，许多企业偷税逃费严重，需要加强税费的征管。而企业界以及一部分学者认为，中国企业的税费负担太重，影响了企业和投资的积极性，影响了企业的经营，进而也影响了就业岗位的扩大。我认为，中国企业的税费负担水平，在世界都属较高水平。
首先，我们从税收的来源结构方面进行讨论，税收负担主要集中在企业投资经营方面，是一种抑制和不鼓励创业、投资和经营的税制结构。
从税收的对象看，可以对企业征税，可以对劳动者征税；可以对经营征税，可以对财产征税；可以对实物征税，也可以对消费资源和环境的行为征税。从中国税收结构的设计看，主要征税对象是企业，以及企业的投资经营活动。2007年，对企业所征的仅增值税、消费税、营业税和所得税四项为40229．04亿，占到当年全国税收总收入49451．8亿元的81．35％。
与世界上大多数国家相比，房产和遗产等财产税、土地矿产淡水等资源税、排污行为税、个人所得和劳动保障税等税种的比例过低。如遗产税没有开征，房产税仅为575．4亿，占全部总税收的1．16％；而排污收入，比如对自来水征收的排污费，排放烟尘费等，可能没有列入财政收入之中，有的可能没有开征，但是，即使征了，比例也很低；2007年资源税仅收了261亿，为总税收的0．053％；个人所得税为3184．94亿，也只占总税收的6．44％。
这样一种税收结构，其作用的结果及其特征是：负担主要集中在创业、投资和经营方面，是一种抑制和不鼓励投资开办企业的税制；资源税几乎是象征性的，是一种鼓励浪费性开采和使用能源、矿产和淡水等资源的税制；对污染几乎不征税，或者征税很轻，是一种鼓励排放污染环境的税制；几乎不征房产税和遗产税，是一种鼓励居民有钱不要创业、投资办厂和经营，而去购买住宅，倒卖房子，或者出租房产进行食利的税制，简言之，办企业不如倒房子。目前的这种税制结构，与现代的鼓励创业、增加就业、保护生态环境、节约利用资源、抑制食利阶级产生和谋求共同富裕等现代理念是格格不入的。
其次，在各地区税务部门的征税行为中，实际上存在着没有严格按照税法征税的情况，加重了中小企业的税收负担。主要有三个方面的问题：一是各地政府和税务部门不论当年经济发展情况如何，不论企业经营状况好坏，不论企业是不是增多，实际上实行年财政收入和税收总额硬性高速度增长的计划指标和任务制度。比如，上年税收和财政收入增长30％，本年做计划时，不低于25％，实际收税是按照年初制定的计划去收，而不是按照实际中有多少税源去收。二是许多地方不按照税法对个体、微型和中小企业收税，而是进行比实际税率要高，甚至高得多的包税进行收税。
例如，一个中小企业，不按照增值税率、营业税率、所得税率等规定征税，而是按照总营业额的13％，或者更高比率进行征税，加重了中小企业的税收负担。
三是更大的问题，各地方政府和税务部门对征务人员进行超额完成税收任务实行奖励的制度，以刺激税务人员收过头税，迫使企业今年将明年的税收交上来，用贷款交税，不顾企业经营状况征税，从而满足税务人员得到奖励的私利。从我在各地调查的情况看，税务部门和人员这种不规则的征税行为，使大量的中小企业陷入经营困难甚至倒闭关门的境地。国家审计署审计到的，当然是规模较大的企业，2008年有13个省的62个县级国税局为完成税收任务，违规向169户企业提前征税和多征税款共23．4亿元。
2006年笔者在某地实际调查中记录过这样一个案例：一国企职工1999年下岗失业后，当时地方政府鼓励“自谋出路”，为了养家，他响应政府号召，筹资创业办了个包装厂，年产值200万—300万元，辛辛苦苦7年多了，至今投资都没收回来。究其原因，一方面，市场竞争激烈，利润微薄，另一方面，税费很重，增值税外还有个保底税。举例说：某月销售是20万，进项是18万，差额是2万，按增值税交20000／1．17?．17＝2905．98元，但税务部门规定不得少于销售额的3％，也就是20万?．03＝6000元．这就是保底税。也就是说20万的销售必须有40000元的毛利。在企业的经营中怎能保证有不低于20％的毛利？我在调查时，原料涨价，产值虚高，利润下降，但是税务部门的保底税也随着增加，显得非常不合理。这还是在没有实行劳动合同新法之前的调查，并且没有包括政府各部门和各行政性事业机构收取的其他费项。其实，这个中小企业，在税务机构和人员这样的征税方式中，已经处于破产倒闭的边缘。
《福布斯》计算税负痛苦指数的方法，是根据各地公司税率、个人所得税、富人税率、销售税与增值税，以及户主和员工的社会保障贡献等6种税项的最高税率合计计算。《福布斯》公布的2009年税负痛苦指数排名中，中国得分159。其中增值税为17％，企业所得税25％（两税统一以后），个人所得税收45％，个人收入中的23％作为社保缴款，企业则配套上缴员工个人收入的49％作为社保基金缴款。与2008年相比，由于社保基金方面税负的增加，中国的税收痛苦指数上升了7点，排名从上年的第五名上升至第二名，仅次于法国。《福布斯》对中国税负的测算中，没有包括收费和罚款等项目，如果加入这方面的政府收入，实际中国内地税负的痛苦指数可能会高居世界首位，是世界上创业、投资、经营税费负担最痛苦的区域。