2013年3月1日起，厦门市、区财政所属全部11家公立医院实施医药分开，所有药品取消加成改革，公立医院信息系统切换运行于3月1日零时开始。
　　据厦门市卫生局局长杨椒禹介绍，厦门公立医院西药加成以500元为界，单价500元以下的西药加成不超过15%；单价超过500元的西药最高加价50元。2011年7月厦门已经降低5%药品加成率，目前现行的药品加成率为：西药、中成药为10%；中药饮片、中草药为20%。这次彻底取消药品加成，就是对全部公立医院所有药品全部实行零差率销售，即按实际进价销售。
　　厦门实施这项改革本着不增加群众就医负担、不降低医务人员收入的原则，对公立医院因为取消药品加成减少的收入，从三个方面弥补：财政承担10%，厦门市财政局2013年为此安排相关经费预算1400万元；公立医院承担8%，促进加强管理，压缩开支、提高效率；另外82%通过提高诊察费弥补，调整后诊察费增支部分本市参保居民由医保统筹基金支付。　
　　杨叔禹称，在市场经济条件下，药品加成政策在一定程度上刺激医疗机构和医生用药动机，负面影响日益突出，增加了群众的医药费用负担，损害了医务人员的职业道德和社会形象，成为看病贵的因素之一，厦门市为切断医院、医生开方与药品销售收入之间的直接经济利益联系，减轻广大患者药品费用负担实施这一改革，有助于合理用药和提高公立医院和医生的社会形象。